More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_1134 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_1134  tyrosine recombinase XerD  100 
 
 		 308 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2172  tyrosine recombinase XerD  89.58 
 
 		 309 aa  501  1e-141  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0616277  normal  0.178894 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  78.38 
 
 		 332 aa  461  1e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  78.72 
 
 		 328 aa  451  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  79.05 
 
 		 328 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0677  integrase family protein  75.86 
 
 		 291 aa  412  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.92563 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1847  integrase family protein  65.13 
 
 		 314 aa  361  9e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  61.18 
 
 		 325 aa  350  2e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7575  tyrosine recombinase XerD subunit  60.91 
 
 		 308 aa  345  6e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440547  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0488  tyrosine recombinase XerD  60.5 
 
 		 319 aa  342  5e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0530  tyrosine recombinase XerD  58.07 
 
 		 320 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.931339  normal  0.0955198 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0296  tyrosine recombinase XerD  58.6 
 
 		 351 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0393  tyrosine recombinase XerD  60.9 
 
 		 319 aa  335  3.9999999999999995e-91  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543195  normal  0.555297 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0507  tyrosine recombinase XerD  59.87 
 
 		 339 aa  333  2e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  57.32 
 
 		 319 aa  332  7.000000000000001e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0533  tyrosine recombinase XerD  59.24 
 
 		 347 aa  331  1e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.95 
 
 		 308 aa  317  2e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1634  integrase family protein  56.59 
 
 		 354 aa  310  2e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.280587  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2031  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.54 
 
 		 307 aa  298  7e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  53.16 
 
 		 313 aa  298  8e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1953  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.21 
 
 		 307 aa  297  1e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0907  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.9 
 
 		 307 aa  296  2e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3598  site-specific tyrosine recombinase XerD  53.25 
 
 		 317 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4056  site-specific tyrosine recombinase XerD  51.88 
 
 		 332 aa  286  2.9999999999999996e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111498  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3891  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.6 
 
 		 317 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125291  decreased coverage  0.00274094 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3738  tyrosine recombinase XerD subunit  54.75 
 
 		 328 aa  278  1e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  52.05 
 
 		 321 aa  273  2.0000000000000002e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0039  tyrosine recombinase XerD  48.68 
 
 		 312 aa  267  1e-70  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  47.39 
 
 		 317 aa  258  9e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0724  integrase family protein  50.16 
 
 		 308 aa  253  2.0000000000000002e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.971464 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1468  phage integrase family protein  51.01 
 
 		 304 aa  251  9.000000000000001e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  47.85 
 
 		 311 aa  249  4e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  46.73 
 
 		 308 aa  248  1e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  50.51 
 
 		 304 aa  246  4e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2815  integrase/recombinase XerD  46.73 
 
 		 311 aa  245  8e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1279  phage integrase family protein  48.14 
 
 		 323 aa  239  4e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0644752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1481  phage integrase family protein  45.93 
 
 		 311 aa  239  5e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0281722  normal  0.205606 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0401  integrase family protein  50 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.966282 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1797  phage integrase  51.02 
 
 		 303 aa  230  2e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.742134 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  45.07 
 
 		 295 aa  224  2e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  46.28 
 
 		 292 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  45.08 
 
 		 292 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  46.8 
 
 		 295 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.16 
 
 		 299 aa  219  6e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.39 
 
 		 298 aa  218  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.39 
 
 		 298 aa  218  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.39 
 
 		 298 aa  218  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.39 
 
 		 298 aa  219  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.39 
 
 		 298 aa  218  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.41 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  44.41 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.41 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.37 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.41 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.41 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.41 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  44.41 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.92 
 
 		 299 aa  215  7e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  46.64 
 
 		 295 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.08 
 
 		 298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5431  tyrosine recombinase XerD  46.82 
 
 		 299 aa  212  5.999999999999999e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.060431  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  37.54 
 
 		 295 aa  212  5.999999999999999e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.92 
 
 		 299 aa  211  9e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.55 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.55 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.55 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  45.57 
 
 		 295 aa  211  2e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1902  phage integrase  46.44 
 
 		 293 aa  210  2e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.162765  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  44 
 
 		 300 aa  210  2e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  46.23 
 
 		 295 aa  210  3e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  43.51 
 
 		 299 aa  209  3e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  43.85 
 
 		 305 aa  210  3e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.26 
 
 		 298 aa  209  5e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0011  phage integrase family protein  44.75 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.99 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  45.07 
 
 		 295 aa  206  4e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  43 
 
 		 300 aa  205  7e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.33 
 
 		 298 aa  205  9e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.9 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.61 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  43.75 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3012  tyrosine recombinase XerD subunit  47.65 
 
 		 295 aa  204  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146868  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  43.85 
 
 		 309 aa  203  2e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  42.19 
 
 		 300 aa  203  3e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  44 
 
 		 298 aa  202  4e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  43.52 
 
 		 309 aa  203  4e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  43 
 
 		 300 aa  202  5e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  43.48 
 
 		 303 aa  202  7e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  43 
 
 		 300 aa  202  8e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  43.33 
 
 		 321 aa  202  8e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  36.45 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0893  tyrosine recombinase XerD  42 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0105661 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  43.52 
 
 		 309 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  43.52 
 
 		 300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  42.05 
 
 		 301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  44.12 
 
 		 298 aa  199  3e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0116  Phage integrase, N-terminal SAM- like  34.84 
 
 		 309 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 		 303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3331  tyrosine recombinase XerD  42.67 
 
 		 300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  38.08 
 
 		 295 aa  199  5e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>