More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0011 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0011  phage integrase family protein  100 
 
 		 301 aa  591  1e-168  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1797  phage integrase  59.31 
 
 		 303 aa  314  9.999999999999999e-85  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.742134 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1902  phage integrase  59.09 
 
 		 293 aa  304  1.0000000000000001e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.162765  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  48.54 
 
 		 308 aa  240  2e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  49.67 
 
 		 304 aa  238  1e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  48.18 
 
 		 313 aa  236  2e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  47.52 
 
 		 319 aa  234  2.0000000000000002e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7575  tyrosine recombinase XerD subunit  44.81 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440547  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  44.48 
 
 		 317 aa  231  1e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0393  tyrosine recombinase XerD  44.55 
 
 		 319 aa  225  7e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543195  normal  0.555297 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0530  tyrosine recombinase XerD  44.69 
 
 		 320 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.931339  normal  0.0955198 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0488  tyrosine recombinase XerD  44.87 
 
 		 319 aa  224  1e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0724  integrase family protein  47.68 
 
 		 308 aa  222  4.9999999999999996e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.971464 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0039  tyrosine recombinase XerD  43.04 
 
 		 312 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  46.47 
 
 		 321 aa  221  1.9999999999999999e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0907  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.6 
 
 		 307 aa  219  5e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  46.38 
 
 		 325 aa  217  2e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0533  tyrosine recombinase XerD  43.97 
 
 		 347 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2815  integrase/recombinase XerD  43.89 
 
 		 311 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  43.42 
 
 		 311 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  44.9 
 
 		 328 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  44.9 
 
 		 328 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0507  tyrosine recombinase XerD  45.07 
 
 		 339 aa  212  7e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  44.22 
 
 		 332 aa  211  2e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2031  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.89 
 
 		 307 aa  208  7e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1481  phage integrase family protein  43.23 
 
 		 311 aa  208  7e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0281722  normal  0.205606 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3598  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.72 
 
 		 317 aa  208  8e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0296  tyrosine recombinase XerD  42.81 
 
 		 351 aa  208  9e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0677  integrase family protein  47.93 
 
 		 291 aa  207  1e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.92563 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1847  integrase family protein  44.19 
 
 		 314 aa  208  1e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3738  tyrosine recombinase XerD subunit  46.51 
 
 		 328 aa  207  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  39.26 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1953  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.57 
 
 		 307 aa  207  1e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1279  phage integrase family protein  44.69 
 
 		 323 aa  204  1e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0644752  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3891  site-specific tyrosine recombinase XerD  43 
 
 		 317 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125291  decreased coverage  0.00274094 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  42.21 
 
 		 308 aa  199  3e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0401  integrase family protein  47.06 
 
 		 304 aa  196  3e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.966282 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1239  hypothetical protein  40.47 
 
 		 299 aa  196  3e-49  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.968724 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2172  tyrosine recombinase XerD  46.76 
 
 		 309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0616277  normal  0.178894 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1634  integrase family protein  42.41 
 
 		 354 aa  189  4e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.280587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  39.4 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4056  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.8 
 
 		 332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111498  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1468  phage integrase family protein  43.89 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1134  tyrosine recombinase XerD  44.71 
 
 		 308 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.82 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.79 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.16 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.26 
 
 		 298 aa  179  4e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.59 
 
 		 298 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.59 
 
 		 298 aa  179  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.59 
 
 		 298 aa  179  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.59 
 
 		 298 aa  179  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.59 
 
 		 298 aa  179  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.26 
 
 		 298 aa  178  8e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  40.26 
 
 		 298 aa  178  8e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.26 
 
 		 298 aa  178  8e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.26 
 
 		 298 aa  178  8e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.26 
 
 		 298 aa  178  8e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.26 
 
 		 298 aa  178  8e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  40.26 
 
 		 298 aa  178  8e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.26 
 
 		 298 aa  178  8e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  34.11 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.83 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  40 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.11 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.07 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.83 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.83 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.83 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1283  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.21 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  37.95 
 
 		 299 aa  172  3.9999999999999995e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  36.51 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.84 
 
 		 305 aa  172  7.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1148  phage integrase family site specific recombinase  33.23 
 
 		 328 aa  171  2e-41  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0281308  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  37.95 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0772  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.54 
 
 		 324 aa  169  4e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1659  tyrosine recombinase XerD subunit  38.96 
 
 		 296 aa  168  9e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.538818 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0684  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.22 
 
 		 324 aa  167  2e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.631001  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  37.33 
 
 		 312 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  36.79 
 
 		 298 aa  167  2.9999999999999998e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  38.59 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0116  Phage integrase, N-terminal SAM- like  32.8 
 
 		 309 aa  165  9e-40  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0173  tyrosine recombinase XerD  33.12 
 
 		 309 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.861385  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  38.13 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0124  phage integrase family protein  34.2 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.776243  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2038  tyrosine recombinase XerD  39.66 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.487981  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2702  site-specific recombinase  36.33 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  33.9 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  41.89 
 
 		 292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  34.64 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.21 
 
 		 299 aa  162  6e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0010  tyrosine recombinase XerC  34.92 
 
 		 299 aa  162  7e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  34.43 
 
 		 310 aa  161  1e-38  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  39.6 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  33.44 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1118  tyrosine recombinase XerD  36.54 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  36.36 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  34.01 
 
 		 302 aa  161  2e-38  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  35.97 
 
 		 295 aa  160  3e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02665  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.7 
 
 		 336 aa  160  3e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>