More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3124 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_3124  integrase family protein  100 
 
 		 323 aa  638    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1177  integrase family protein  71.2 
 
 		 329 aa  420  1e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.151473 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0401  site-specific tyrosine recombinase XerC  63.66 
 
 		 324 aa  394  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.145415 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0177  site-specific tyrosine recombinase XerC  62.73 
 
 		 323 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0271  site-specific tyrosine recombinase XerC  64.82 
 
 		 351 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28022  normal  0.462537 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0180  site-specific tyrosine recombinase XerC  62.21 
 
 		 324 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0553  site-specific tyrosine recombinase XerC  63.55 
 
 		 329 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.172687  normal  0.167276 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0536  site-specific tyrosine recombinase XerC  64.53 
 
 		 300 aa  385  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.538013  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0426  site-specific tyrosine recombinase XerC  61.81 
 
 		 321 aa  381  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0247  integrase family protein  64.36 
 
 		 322 aa  376  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.121071  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3189  integrase family protein  62.54 
 
 		 320 aa  358  5e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00303256 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4805  tyrosine recombinase XerC  59.62 
 
 		 367 aa  358  8e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.104736  normal  0.146847 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0163  integrase family protein  62.96 
 
 		 342 aa  357  9.999999999999999e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4655  tyrosine recombinase XerC  59.29 
 
 		 365 aa  355  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.223284 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4288  tyrosine recombinase XerC  59.29 
 
 		 365 aa  355  5.999999999999999e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.710874 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0928  integrase family protein  61.74 
 
 		 326 aa  330  3e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.669409 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4114  site-specific tyrosine recombinase XerC  56.19 
 
 		 322 aa  327  1.0000000000000001e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0083  site-specific tyrosine recombinase XerC  52.56 
 
 		 322 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0942  site-specific tyrosine recombinase XerC  56.68 
 
 		 315 aa  318  9e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3661  site-specific tyrosine recombinase XerC  57.43 
 
 		 311 aa  317  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1916  site-specific tyrosine recombinase XerC  56.03 
 
 		 315 aa  312  4.999999999999999e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391518  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1844  site-specific tyrosine recombinase XerC  55.7 
 
 		 315 aa  311  6.999999999999999e-84  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.104424  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3960  site-specific tyrosine recombinase XerC  56.76 
 
 		 311 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.011638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3403  site-specific tyrosine recombinase XerC  55.87 
 
 		 313 aa  300  2e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2933  site-specific tyrosine recombinase XerC  56.76 
 
 		 313 aa  296  3e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2809  phage integrase family protein  52.35 
 
 		 311 aa  289  5.0000000000000004e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1457  integrase family protein  50.81 
 
 		 326 aa  284  2.0000000000000002e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_5002  hypothtical protein  51.61 
 
 		 308 aa  283  3.0000000000000004e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0748381  hitchhiker  0.0000000255834 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1220  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.08 
 
 		 330 aa  276  4e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2501  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.77 
 
 		 312 aa  272  4.0000000000000004e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.504706  normal  0.936606 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1030  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.56 
 
 		 307 aa  266  5e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0238  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.99 
 
 		 306 aa  264  1e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0625179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1222  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.68 
 
 		 306 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.120622 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2381  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.31 
 
 		 311 aa  256  5e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2215  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.68 
 
 		 306 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0563  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.68 
 
 		 306 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.792208  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0259  phage integrase  48.83 
 
 		 297 aa  249  3e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.389161 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2064  phage integrase  47.18 
 
 		 297 aa  249  4e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0222  phage integrase family protein  47.33 
 
 		 308 aa  243  3.9999999999999997e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1191  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.41 
 
 		 313 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0666  Phage integrase, N-terminal SAM- like  38.19 
 
 		 310 aa  223  3e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.555034  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0341  phage integrase family site specific recombinase  36.19 
 
 		 311 aa  203  3e-51  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0602  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.71 
 
 		 324 aa  201  9.999999999999999e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00926796 
 
 
-
 
NC_002978  WD0752  phage integrase family site specific recombinase  37.42 
 
 		 309 aa  196  4.0000000000000005e-49  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.232674  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0273  tyrosine recombinase XerC  37.38 
 
 		 300 aa  192  5e-48  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.007038  normal  0.809464 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  37.46 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  38.76 
 
 		 335 aa  187  2e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  38.61 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  40.13 
 
 		 303 aa  187  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.79 
 
 		 299 aa  186  4e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.17 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  40.13 
 
 		 303 aa  185  9e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  40.71 
 
 		 332 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0447  phage integrase family site specific recombinase  35.86 
 
 		 307 aa  184  3e-45  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1585  site-specific recombinase XerD-like  37.5 
 
 		 332 aa  181  1e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.264485  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1624  phage/XerD family site-specific recombinase  37.62 
 
 		 341 aa  180  4e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.389199 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  38 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.41 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.41 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.41 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.41 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.41 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.08 
 
 		 299 aa  176  3e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.16 
 
 		 299 aa  177  3e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  38.78 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.87 
 
 		 301 aa  176  6e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.08 
 
 		 299 aa  176  7e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  37.79 
 
 		 294 aa  175  9e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2528  tyrosine recombinase XerC  39.6 
 
 		 294 aa  175  9.999999999999999e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.237042 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1762  phage/XerD family site-specific recombinase  33.96 
 
 		 338 aa  175  9.999999999999999e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.08 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.08 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0264  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.87 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0688  integrase family protein  34.69 
 
 		 336 aa  172  5.999999999999999e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3474  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.12 
 
 		 296 aa  172  5.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.486058 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.72 
 
 		 298 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03687  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.72 
 
 		 298 aa  172  9e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.446663  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03636  hypothetical protein  36.72 
 
 		 298 aa  172  9e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.487194  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0242  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.12 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.322874  normal  0.826572 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  36.3 
 
 		 290 aa  171  1e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0564  tyrosine recombinase XerC subunit  34.94 
 
 		 328 aa  171  1e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0582  integrase family protein  32.05 
 
 		 330 aa  171  2e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.132855 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  38.26 
 
 		 373 aa  170  2e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4168  tyrosine recombinase XerC  36.39 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4036  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.39 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4330  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.39 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4196  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.39 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0689633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4271  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.39 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.39 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0208532 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  38.41 
 
 		 294 aa  169  4e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4336  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.82 
 
 		 300 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4229  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.82 
 
 		 300 aa  169  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4159  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.82 
 
 		 300 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.937296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4277  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.82 
 
 		 300 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3450  tyrosine recombinase XerD  35.6 
 
 		 322 aa  168  1e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.8 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  37.54 
 
 		 295 aa  168  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  39.93 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4009  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.29 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.29 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279091  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>