More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0271 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0271  site-specific tyrosine recombinase XerC  100 
 
 
351 aa  698    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28022  normal  0.462537 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0553  site-specific tyrosine recombinase XerC  92.71 
 
 
329 aa  609  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.172687  normal  0.167276 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0177  site-specific tyrosine recombinase XerC  89.16 
 
 
323 aa  574  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0180  site-specific tyrosine recombinase XerC  81.01 
 
 
324 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0401  site-specific tyrosine recombinase XerC  81.94 
 
 
324 aa  492  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.145415 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0536  site-specific tyrosine recombinase XerC  81.67 
 
 
300 aa  489  1e-137  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.538013  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0426  site-specific tyrosine recombinase XerC  75.31 
 
 
321 aa  483  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0247  integrase family protein  64.01 
 
 
322 aa  389  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.121071  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3124  integrase family protein  64.82 
 
 
323 aa  386  1e-106  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0163  integrase family protein  64.92 
 
 
342 aa  377  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70922  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3189  integrase family protein  63.32 
 
 
320 aa  367  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00303256 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4805  tyrosine recombinase XerC  60.94 
 
 
367 aa  365  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.104736  normal  0.146847 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4655  tyrosine recombinase XerC  62.06 
 
 
365 aa  363  3e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.223284 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4288  tyrosine recombinase XerC  61.59 
 
 
365 aa  362  5.0000000000000005e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.710874 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0928  integrase family protein  65.66 
 
 
326 aa  354  1e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.669409 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1177  integrase family protein  61.22 
 
 
329 aa  345  7e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.151473 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4114  site-specific tyrosine recombinase XerC  56.59 
 
 
322 aa  318  7e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0942  site-specific tyrosine recombinase XerC  55.84 
 
 
315 aa  317  1e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1844  site-specific tyrosine recombinase XerC  55.84 
 
 
315 aa  315  9.999999999999999e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.104424  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1916  site-specific tyrosine recombinase XerC  55.52 
 
 
315 aa  314  1.9999999999999998e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391518  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3403  site-specific tyrosine recombinase XerC  58.78 
 
 
313 aa  311  9e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3661  site-specific tyrosine recombinase XerC  56.72 
 
 
311 aa  311  1e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0083  site-specific tyrosine recombinase XerC  52.86 
 
 
322 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3960  site-specific tyrosine recombinase XerC  56.07 
 
 
311 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.011638  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2933  site-specific tyrosine recombinase XerC  54.75 
 
 
313 aa  301  9e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83049  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1457  integrase family protein  53.42 
 
 
326 aa  299  6e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2809  phage integrase family protein  53.04 
 
 
311 aa  289  5.0000000000000004e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_5002  hypothtical protein  51.82 
 
 
308 aa  281  1e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0748381  hitchhiker  0.0000000255834 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1220  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.42 
 
 
330 aa  268  8e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1222  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.11 
 
 
306 aa  266  5.999999999999999e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.120622 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1030  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.32 
 
 
307 aa  266  5.999999999999999e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2501  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.82 
 
 
312 aa  264  2e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.504706  normal  0.936606 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0563  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.75 
 
 
306 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.792208  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2215  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.75 
 
 
306 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2381  site-specific tyrosine recombinase XerC  50.5 
 
 
311 aa  263  4.999999999999999e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0238  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.25 
 
 
306 aa  255  7e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0625179  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0259  phage integrase  48.48 
 
 
297 aa  241  2e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.389161 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2064  phage integrase  45.82 
 
 
297 aa  233  3e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0222  phage integrase family protein  46.98 
 
 
308 aa  226  5.0000000000000005e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1191  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.83 
 
 
313 aa  225  8e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0602  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.06 
 
 
324 aa  224  1e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00926796 
 
 
-
 
NC_002978  WD0752  phage integrase family site specific recombinase  37.42 
 
 
309 aa  217  2.9999999999999998e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.232674  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0666  Phage integrase, N-terminal SAM- like  38.28 
 
 
310 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.555034  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0341  phage integrase family site specific recombinase  35.64 
 
 
311 aa  209  8e-53  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  41.21 
 
 
335 aa  205  1e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0447  phage integrase family site specific recombinase  38.18 
 
 
307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.74 
 
 
300 aa  188  1e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3374  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.75 
 
 
328 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3697  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.31 
 
 
328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  38.58 
 
 
332 aa  183  3e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  40.91 
 
 
304 aa  183  3e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  37.57 
 
 
373 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3133  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.98 
 
 
306 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0052  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.05 
 
 
329 aa  182  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.578512  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2996  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.98 
 
 
306 aa  182  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0374572 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0194  tyrosine recombinase XerC subunit  38.46 
 
 
295 aa  181  1e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  40 
 
 
298 aa  181  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  38.93 
 
 
299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3082  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.24 
 
 
306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.633641  normal  0.120316 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  41.04 
 
 
304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0273  tyrosine recombinase XerC  37 
 
 
300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.007038  normal  0.809464 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.69 
 
 
303 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0010  tyrosine recombinase XerC  35.23 
 
 
299 aa  179  9e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2473  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.34 
 
 
306 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2689  tyrosine recombinase XerC  41.54 
 
 
311 aa  178  1e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.147909 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0840  integrase family protein  35.12 
 
 
294 aa  178  1e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.774041 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3087  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.34 
 
 
306 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  37.34 
 
 
296 aa  178  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.7 
 
 
299 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.65 
 
 
299 aa  177  2e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2528  tyrosine recombinase XerC  40.26 
 
 
294 aa  177  2e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.237042 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0347  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.54 
 
 
307 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.693124 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1624  phage/XerD family site-specific recombinase  38.66 
 
 
341 aa  177  2e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.389199 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  38.98 
 
 
298 aa  177  2e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3104  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.66 
 
 
306 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.494742 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.69 
 
 
303 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1299  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.33 
 
 
291 aa  177  3e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  37.54 
 
 
291 aa  176  4e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3433  phage integrase family protein  37.72 
 
 
345 aa  176  4e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1060  phage integrase  37.58 
 
 
358 aa  176  5e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.219086  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  38.21 
 
 
294 aa  176  6e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0497  tyrosine recombinase XerC  38.28 
 
 
324 aa  176  6e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.237269  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.65 
 
 
299 aa  176  7e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.65 
 
 
299 aa  176  7e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.65 
 
 
299 aa  176  7e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.65 
 
 
299 aa  176  7e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0611  integrase family protein  33.64 
 
 
337 aa  176  7e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3550  integrase family protein  37.97 
 
 
324 aa  175  9e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.74971  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.67 
 
 
294 aa  175  9.999999999999999e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0074  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.02 
 
 
307 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  35.24 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.44 
 
 
299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0392  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.54 
 
 
310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6437  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.26 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.798094 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.54 
 
 
310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0170  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.22 
 
 
306 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.32 
 
 
299 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3428  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.54 
 
 
310 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.32 
 
 
299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3258  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.54 
 
 
310 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.706598  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>