More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2381 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2381  site-specific tyrosine recombinase XerC  100 
 
 		 311 aa  622  1e-177  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_5002  hypothtical protein  65.68 
 
 		 308 aa  389  1e-107  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0748381  hitchhiker  0.0000000255834 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1030  site-specific tyrosine recombinase XerC  65.35 
 
 		 307 aa  380  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1222  site-specific tyrosine recombinase XerC  64.36 
 
 		 306 aa  371  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.120622 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0563  site-specific tyrosine recombinase XerC  63.04 
 
 		 306 aa  352  5e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.792208  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2215  site-specific tyrosine recombinase XerC  63.04 
 
 		 306 aa  352  5e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2501  site-specific tyrosine recombinase XerC  54.13 
 
 		 312 aa  322  5e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.504706  normal  0.936606 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1457  integrase family protein  50.51 
 
 		 326 aa  288  6e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2809  phage integrase family protein  50.33 
 
 		 311 aa  286  2.9999999999999996e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1916  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.36 
 
 		 315 aa  286  4e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391518  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1844  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.04 
 
 		 315 aa  285  5e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.104424  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3960  site-specific tyrosine recombinase XerC  50.81 
 
 		 311 aa  285  9e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.011638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3661  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.68 
 
 		 311 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4114  site-specific tyrosine recombinase XerC  50.17 
 
 		 322 aa  280  3e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0942  site-specific tyrosine recombinase XerC  50.84 
 
 		 315 aa  279  4e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4805  tyrosine recombinase XerC  51.8 
 
 		 367 aa  277  2e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.104736  normal  0.146847 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4288  tyrosine recombinase XerC  49.69 
 
 		 365 aa  272  6e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.710874 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4655  tyrosine recombinase XerC  49.69 
 
 		 365 aa  272  6e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.223284 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2933  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.99 
 
 		 313 aa  269  4e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0083  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.3 
 
 		 322 aa  269  5.9999999999999995e-71  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0238  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.69 
 
 		 306 aa  268  7e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0625179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1177  integrase family protein  54 
 
 		 329 aa  268  8e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.151473 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0271  site-specific tyrosine recombinase XerC  50.5 
 
 		 351 aa  263  4e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28022  normal  0.462537 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3403  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.19 
 
 		 313 aa  259  3e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0553  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.17 
 
 		 329 aa  258  7e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.172687  normal  0.167276 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0401  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.5 
 
 		 324 aa  257  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.145415 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0180  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.19 
 
 		 324 aa  256  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3124  integrase family protein  48.31 
 
 		 323 aa  256  5e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0426  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.28 
 
 		 321 aa  255  6e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0536  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.17 
 
 		 300 aa  255  6e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.538013  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0177  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.8 
 
 		 323 aa  254  9e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0163  integrase family protein  47.23 
 
 		 342 aa  251  1e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0247  integrase family protein  49.36 
 
 		 322 aa  251  2e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.121071  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0928  integrase family protein  50.5 
 
 		 326 aa  249  5e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.669409 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2064  phage integrase  48.03 
 
 		 297 aa  238  6.999999999999999e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1191  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.78 
 
 		 313 aa  237  2e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0259  phage integrase  46.82 
 
 		 297 aa  236  5.0000000000000005e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.389161 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1220  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.01 
 
 		 330 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3189  integrase family protein  48.24 
 
 		 320 aa  231  2e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00303256 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0222  phage integrase family protein  45.1 
 
 		 308 aa  227  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0602  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.79 
 
 		 324 aa  222  6e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00926796 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0666  Phage integrase, N-terminal SAM- like  37.12 
 
 		 310 aa  218  1e-55  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.555034  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0341  phage integrase family site specific recombinase  37.67 
 
 		 311 aa  218  1e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0447  phage integrase family site specific recombinase  40.6 
 
 		 307 aa  211  2e-53  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0752  phage integrase family site specific recombinase  34.71 
 
 		 309 aa  206  4e-52  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.232674  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  42.62 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  39.93 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  40.94 
 
 		 293 aa  188  1e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  39.74 
 
 		 317 aa  188  1e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  40.6 
 
 		 293 aa  186  3e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  41.89 
 
 		 294 aa  186  4e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  36.69 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  35.84 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  38.26 
 
 		 332 aa  178  8e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1821  integrase family protein  31.31 
 
 		 307 aa  177  1e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0364742  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6437  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.97 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.798094 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.42 
 
 		 310 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0392  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.42 
 
 		 310 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3428  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.42 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3258  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.42 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.706598  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0170  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.42 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2169  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.42 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126979  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2920  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.42 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.510567  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0195  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.42 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0564  tyrosine recombinase XerC subunit  34.63 
 
 		 328 aa  176  5e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  33.55 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0409  Phage integrase  36.62 
 
 		 317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.383536  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2473  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.1 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  39.81 
 
 		 312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3087  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.1 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1585  site-specific recombinase XerD-like  35.4 
 
 		 332 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.264485  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  37.12 
 
 		 291 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  33.55 
 
 		 302 aa  173  3.9999999999999995e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  38.26 
 
 		 304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.08 
 
 		 294 aa  173  3.9999999999999995e-42  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3082  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.03 
 
 		 306 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.633641  normal  0.120316 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3104  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.1 
 
 		 306 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494742 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  40.92 
 
 		 303 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2996  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.34 
 
 		 306 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0374572 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1762  phage/XerD family site-specific recombinase  33.02 
 
 		 338 aa  172  6.999999999999999e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  37.21 
 
 		 373 aa  172  6.999999999999999e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3133  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.34 
 
 		 306 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  40.59 
 
 		 303 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.2 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  33.88 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2821  tyrosine recombinase XerD  38.83 
 
 		 313 aa  171  2e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.346068  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  38.36 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0727  tyrosine recombinase XerD  33.22 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0074  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.42 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  35.28 
 
 		 296 aa  170  3e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  39.79 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  38.91 
 
 		 324 aa  169  4e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03687  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.55 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.446663  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0688  integrase family protein  32.4 
 
 		 336 aa  169  5e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03636  hypothetical protein  38.55 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.487194  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.55 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0273  tyrosine recombinase XerC  34.44 
 
 		 300 aa  169  8e-41  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.007038  normal  0.809464 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2016  phage integrase family protein  34.97 
 
 		 333 aa  168  9e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4330  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.17 
 
 		 298 aa  168  9e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0611  integrase family protein  33.44 
 
 		 337 aa  168  1e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>