More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1177 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1177  integrase family protein  100 
 
 		 329 aa  643    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.151473 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3124  integrase family protein  71.2 
 
 		 323 aa  436  1e-121  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0247  integrase family protein  66.23 
 
 		 322 aa  379  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.121071  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4288  tyrosine recombinase XerC  62.66 
 
 		 365 aa  365  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.710874 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0177  site-specific tyrosine recombinase XerC  58.36 
 
 		 323 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0401  site-specific tyrosine recombinase XerC  60.77 
 
 		 324 aa  367  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.145415 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4655  tyrosine recombinase XerC  62.66 
 
 		 365 aa  366  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.223284 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0271  site-specific tyrosine recombinase XerC  61.22 
 
 		 351 aa  363  2e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28022  normal  0.462537 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4805  tyrosine recombinase XerC  62.01 
 
 		 367 aa  363  2e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.104736  normal  0.146847 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0553  site-specific tyrosine recombinase XerC  60.38 
 
 		 329 aa  360  1e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.172687  normal  0.167276 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3189  integrase family protein  63.14 
 
 		 320 aa  360  2e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00303256 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0536  site-specific tyrosine recombinase XerC  61.62 
 
 		 300 aa  356  2.9999999999999997e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.538013  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0180  site-specific tyrosine recombinase XerC  59.42 
 
 		 324 aa  356  3.9999999999999996e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0426  site-specific tyrosine recombinase XerC  58.97 
 
 		 321 aa  354  1e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4114  site-specific tyrosine recombinase XerC  59.54 
 
 		 322 aa  350  2e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0163  integrase family protein  57.45 
 
 		 342 aa  347  2e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0928  integrase family protein  61.17 
 
 		 326 aa  335  7.999999999999999e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.669409 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3661  site-specific tyrosine recombinase XerC  57.33 
 
 		 311 aa  330  3e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3960  site-specific tyrosine recombinase XerC  56.35 
 
 		 311 aa  322  5e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.011638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3403  site-specific tyrosine recombinase XerC  58.5 
 
 		 313 aa  319  3.9999999999999996e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2933  site-specific tyrosine recombinase XerC  57.24 
 
 		 313 aa  318  6e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0942  site-specific tyrosine recombinase XerC  54.87 
 
 		 315 aa  316  3e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1916  site-specific tyrosine recombinase XerC  54.22 
 
 		 315 aa  310  2.9999999999999997e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391518  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1844  site-specific tyrosine recombinase XerC  53.9 
 
 		 315 aa  309  5e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.104424  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0083  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.94 
 
 		 322 aa  303  3.0000000000000004e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1457  integrase family protein  53.09 
 
 		 326 aa  299  5e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2809  phage integrase family protein  53.02 
 
 		 311 aa  285  5.999999999999999e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2381  site-specific tyrosine recombinase XerC  54 
 
 		 311 aa  281  1e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1030  site-specific tyrosine recombinase XerC  52.19 
 
 		 307 aa  275  1.0000000000000001e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1220  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.06 
 
 		 330 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0238  site-specific tyrosine recombinase XerC  50.17 
 
 		 306 aa  265  8.999999999999999e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0625179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_5002  hypothtical protein  51.68 
 
 		 308 aa  263  3e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0748381  hitchhiker  0.0000000255834 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2501  site-specific tyrosine recombinase XerC  50.64 
 
 		 312 aa  259  3e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.504706  normal  0.936606 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0563  site-specific tyrosine recombinase XerC  53.85 
 
 		 306 aa  258  7e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.792208  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2215  site-specific tyrosine recombinase XerC  53.85 
 
 		 306 aa  258  7e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1222  site-specific tyrosine recombinase XerC  52.81 
 
 		 306 aa  256  3e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.120622 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0259  phage integrase  49.33 
 
 		 297 aa  243  3.9999999999999997e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.389161 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2064  phage integrase  47.7 
 
 		 297 aa  238  2e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0222  phage integrase family protein  46.03 
 
 		 308 aa  232  6e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0666  Phage integrase, N-terminal SAM- like  38.39 
 
 		 310 aa  229  6e-59  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.555034  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1191  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.47 
 
 		 313 aa  227  2e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0341  phage integrase family site specific recombinase  37.1 
 
 		 311 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0752  phage integrase family site specific recombinase  34.88 
 
 		 309 aa  200  3e-50  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.232674  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0447  phage integrase family site specific recombinase  37.83 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0602  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.44 
 
 		 324 aa  196  4.0000000000000005e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00926796 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0564  tyrosine recombinase XerC subunit  35.54 
 
 		 328 aa  191  1e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  41.81 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  41.81 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  41.53 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  39.42 
 
 		 335 aa  184  2.0000000000000003e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.54 
 
 		 300 aa  184  3e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  40.27 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0688  integrase family protein  36.19 
 
 		 336 aa  181  2e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1762  phage/XerD family site-specific recombinase  34.18 
 
 		 338 aa  179  7e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  34.92 
 
 		 290 aa  179  7e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  38.23 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0840  integrase family protein  34.9 
 
 		 294 aa  176  3e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.774041 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0242  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.46 
 
 		 299 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.322874  normal  0.826572 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0611  integrase family protein  35.51 
 
 		 337 aa  177  3e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5291  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.46 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0194  tyrosine recombinase XerC subunit  37.92 
 
 		 295 aa  176  4e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5230  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.8 
 
 		 299 aa  175  8e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  37.71 
 
 		 298 aa  175  9e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  39.67 
 
 		 304 aa  175  9e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2528  tyrosine recombinase XerC  41.2 
 
 		 294 aa  175  9.999999999999999e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.237042 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0264  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.8 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5139  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.8 
 
 		 299 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1624  phage/XerD family site-specific recombinase  37.22 
 
 		 341 aa  173  3.9999999999999995e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.389199 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3474  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.54 
 
 		 296 aa  173  3.9999999999999995e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.486058 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  40.67 
 
 		 299 aa  172  5e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  39.3 
 
 		 373 aa  171  1e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5501  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.46 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  39.94 
 
 		 304 aa  169  6e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0582  integrase family protein  33.23 
 
 		 330 aa  169  9e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.132855 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0273  tyrosine recombinase XerC  35.31 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.007038  normal  0.809464 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  34.62 
 
 		 306 aa  166  4e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  37.42 
 
 		 317 aa  166  4e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0082  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.9 
 
 		 339 aa  166  4e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.472951  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  37.74 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1299  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.45 
 
 		 291 aa  166  5.9999999999999996e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3133  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.98 
 
 		 306 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2695  tyrosine recombinase XerC  40 
 
 		 342 aa  165  8e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.400065  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3082  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.01 
 
 		 306 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.633641  normal  0.120316 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2996  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.66 
 
 		 306 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0374572 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1585  site-specific recombinase XerD-like  35.99 
 
 		 332 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.264485  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4229  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.22 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.22 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.225708  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2544  tyrosine recombinase XerC  36.27 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.774585  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03687  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.16 
 
 		 298 aa  164  3e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.446663  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4277  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.22 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  40.86 
 
 		 294 aa  164  3e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2689  tyrosine recombinase XerC  40.63 
 
 		 311 aa  163  3e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.147909 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0409  Phage integrase  35.41 
 
 		 317 aa  164  3e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.383536  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4159  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.22 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.937296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  35.02 
 
 		 291 aa  163  3e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03636  hypothetical protein  36.16 
 
 		 298 aa  164  3e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.487194  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  38.78 
 
 		 317 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4336  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.89 
 
 		 300 aa  163  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.83 
 
 		 298 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  39.22 
 
 		 332 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>