More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_5139 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_5139  site-specific tyrosine recombinase XerC  100 
 
 		 299 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5291  site-specific tyrosine recombinase XerC  97.99 
 
 		 299 aa  592  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5230  site-specific tyrosine recombinase XerC  97.66 
 
 		 299 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0242  site-specific tyrosine recombinase XerC  91.64 
 
 		 299 aa  554  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.322874  normal  0.826572 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5501  site-specific tyrosine recombinase XerC  76.92 
 
 		 299 aa  472  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345753  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  73.49 
 
 		 299 aa  454  1e-127  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  74.41 
 
 		 299 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  72.58 
 
 		 299 aa  427  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0264  site-specific tyrosine recombinase XerC  71.43 
 
 		 315 aa  421  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  69.46 
 
 		 303 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  69.13 
 
 		 303 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0318  site-specific tyrosine recombinase XerC  55.63 
 
 		 300 aa  313  2.9999999999999996e-84  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  53.61 
 
 		 304 aa  296  3e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3474  site-specific tyrosine recombinase XerC  53.9 
 
 		 296 aa  285  5.999999999999999e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.486058 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1299  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.63 
 
 		 291 aa  282  4.0000000000000003e-75  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  52.38 
 
 		 294 aa  280  3e-74  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  50.85 
 
 		 298 aa  279  4e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4168  tyrosine recombinase XerC  49.66 
 
 		 298 aa  278  1e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4271  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.66 
 
 		 298 aa  278  1e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.66 
 
 		 298 aa  278  1e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0208532 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4196  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.66 
 
 		 298 aa  278  1e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0689633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4036  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.66 
 
 		 298 aa  278  1e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4330  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.66 
 
 		 298 aa  277  2e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0184  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.32 
 
 		 303 aa  276  3e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.72736  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03687  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.66 
 
 		 298 aa  275  5e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.446663  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03636  hypothetical protein  49.66 
 
 		 298 aa  275  5e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.487194  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.66 
 
 		 298 aa  275  6e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0543  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.46 
 
 		 303 aa  274  1.0000000000000001e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4009  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.46 
 
 		 303 aa  274  1.0000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.46 
 
 		 303 aa  274  1.0000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279091  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3981  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.83 
 
 		 300 aa  273  2.0000000000000002e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.105897  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.99 
 
 		 300 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.225708  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4164  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.3 
 
 		 311 aa  272  4.0000000000000004e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.154418  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4277  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.83 
 
 		 300 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4159  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.83 
 
 		 300 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.937296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4229  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.65 
 
 		 300 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4336  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.31 
 
 		 300 aa  270  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  50 
 
 		 304 aa  269  4e-71  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0497  tyrosine recombinase XerC  50.52 
 
 		 324 aa  268  8.999999999999999e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.237269  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  51.55 
 
 		 291 aa  267  2e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  50.52 
 
 		 302 aa  266  2.9999999999999995e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.182372  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0825  site-specific tyrosine recombinase XerC  52.71 
 
 		 277 aa  265  8e-70  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0104756  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0234  site-specific tyrosine recombinase XerC  50.17 
 
 		 302 aa  264  1e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3835  tyrosine recombinase XerC  50.34 
 
 		 304 aa  263  2e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.955587  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0861  integrase/recombinase XerC  50.17 
 
 		 304 aa  260  1e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0489  tyrosine recombinase XerC  47.28 
 
 		 299 aa  261  1e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0325  tyrosine recombinase XerC  47.3 
 
 		 297 aa  259  3e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2544  tyrosine recombinase XerC  50 
 
 		 318 aa  259  3e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.774585  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04122  site-specific tyrosine recombinase XerC  50.49 
 
 		 305 aa  259  4e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0194  tyrosine recombinase XerC subunit  51.88 
 
 		 295 aa  258  1e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3973  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.62 
 
 		 311 aa  257  2e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.556004  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4127  tyrosine recombinase XerC  46.55 
 
 		 301 aa  254  9e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.442069 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2528  tyrosine recombinase XerC  49.66 
 
 		 294 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.237042 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3631  tyrosine recombinase XerC  46.98 
 
 		 299 aa  253  3e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.465228 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  49.31 
 
 		 296 aa  253  3e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0394  tyrosine recombinase XerC  46.98 
 
 		 299 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0393  tyrosine recombinase XerC  46.98 
 
 		 299 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.426652 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3115  phage integrase  49.12 
 
 		 298 aa  251  1e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0447  tyrosine recombinase XerC  47.12 
 
 		 299 aa  249  3e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4306  integrase/recombinase XerC  46.86 
 
 		 299 aa  249  4e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0010  tyrosine recombinase XerC  43.54 
 
 		 299 aa  249  5e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3971  tyrosine recombinase XerC  46.53 
 
 		 306 aa  248  7e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002113  tyrosine recombinase XerC  43.29 
 
 		 310 aa  248  1e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3993  tyrosine recombinase XerC  46.53 
 
 		 306 aa  246  2e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6437  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.35 
 
 		 306 aa  247  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.798094 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2391  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.24 
 
 		 311 aa  247  2e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  47.46 
 
 		 306 aa  246  3e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3580  tyrosine recombinase XerC  47.83 
 
 		 302 aa  246  4e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.636062  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3082  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.68 
 
 		 306 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.633641  normal  0.120316 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3697  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.33 
 
 		 328 aa  245  4.9999999999999997e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3894  tyrosine recombinase XerC  46.2 
 
 		 306 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533729 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0117  tyrosine recombinase XerC  51.7 
 
 		 316 aa  245  8e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3104  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.02 
 
 		 306 aa  245  8e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494742 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4087  tyrosine recombinase XerC  46.2 
 
 		 306 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0169707 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00307  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.73 
 
 		 313 aa  244  9.999999999999999e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0393  tyrosine recombinase XerC  46.6 
 
 		 321 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0082  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.4 
 
 		 339 aa  243  3e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.472951  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2473  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.69 
 
 		 306 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3087  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.69 
 
 		 306 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0392  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.82 
 
 		 310 aa  242  5e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0170  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.49 
 
 		 306 aa  242  5e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.82 
 
 		 310 aa  242  5e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0195  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.82 
 
 		 310 aa  242  6e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3258  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.82 
 
 		 310 aa  242  6e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.706598  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2920  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.82 
 
 		 310 aa  242  6e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.510567  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3428  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.82 
 
 		 310 aa  242  6e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2169  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.82 
 
 		 310 aa  242  6e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126979  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2996  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.02 
 
 		 306 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0374572 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3133  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.02 
 
 		 306 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1060  phage integrase  45.1 
 
 		 358 aa  239  5e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.219086  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3243  tyrosine recombinase XerC subunit  47.62 
 
 		 335 aa  236  3e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3442  phage integrase  44.09 
 
 		 337 aa  236  3e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3433  phage integrase family protein  44.55 
 
 		 345 aa  235  7e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2016  phage integrase family protein  44.58 
 
 		 333 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3374  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.33 
 
 		 328 aa  231  1e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0057  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.44 
 
 		 369 aa  231  1e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.326798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1733  integrase family protein  43.96 
 
 		 333 aa  231  2e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0409  Phage integrase  45.34 
 
 		 317 aa  229  4e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.383536  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0128  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.2 
 
 		 303 aa  229  4e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0380  tyrosine recombinase XerC  45.89 
 
 		 304 aa  229  4e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>