More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2933 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2933  site-specific tyrosine recombinase XerC  100 
 
 		 313 aa  624  1e-178  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3661  site-specific tyrosine recombinase XerC  75.56 
 
 		 311 aa  484  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3960  site-specific tyrosine recombinase XerC  75.88 
 
 		 311 aa  486  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.011638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4114  site-specific tyrosine recombinase XerC  73.31 
 
 		 322 aa  472  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1916  site-specific tyrosine recombinase XerC  69.77 
 
 		 315 aa  431  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391518  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1844  site-specific tyrosine recombinase XerC  69.45 
 
 		 315 aa  430  1e-119  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.104424  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0942  site-specific tyrosine recombinase XerC  69.45 
 
 		 315 aa  429  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3403  site-specific tyrosine recombinase XerC  69.87 
 
 		 313 aa  404  1.0000000000000001e-112  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0083  site-specific tyrosine recombinase XerC  58.84 
 
 		 322 aa  366  1e-100  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1177  integrase family protein  57.24 
 
 		 329 aa  315  9e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.151473 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0271  site-specific tyrosine recombinase XerC  54.75 
 
 		 351 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28022  normal  0.462537 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0401  site-specific tyrosine recombinase XerC  55.89 
 
 		 324 aa  306  3e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.145415 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0553  site-specific tyrosine recombinase XerC  54.1 
 
 		 329 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.172687  normal  0.167276 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0536  site-specific tyrosine recombinase XerC  55.7 
 
 		 300 aa  304  1.0000000000000001e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.538013  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1457  integrase family protein  53.38 
 
 		 326 aa  304  1.0000000000000001e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0180  site-specific tyrosine recombinase XerC  54.1 
 
 		 324 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0177  site-specific tyrosine recombinase XerC  53.44 
 
 		 323 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3124  integrase family protein  56.76 
 
 		 323 aa  302  5.000000000000001e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0426  site-specific tyrosine recombinase XerC  55.37 
 
 		 321 aa  301  8.000000000000001e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4288  tyrosine recombinase XerC  53.05 
 
 		 365 aa  300  3e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.710874 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0163  integrase family protein  54.28 
 
 		 342 aa  300  3e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4655  tyrosine recombinase XerC  53.05 
 
 		 365 aa  300  3e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.223284 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4805  tyrosine recombinase XerC  54.73 
 
 		 367 aa  298  6e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.104736  normal  0.146847 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0247  integrase family protein  51.94 
 
 		 322 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.121071  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1220  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.46 
 
 		 330 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2501  site-specific tyrosine recombinase XerC  50.81 
 
 		 312 aa  280  2e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.504706  normal  0.936606 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2809  phage integrase family protein  50.17 
 
 		 311 aa  276  4e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_5002  hypothtical protein  50 
 
 		 308 aa  272  5.000000000000001e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0748381  hitchhiker  0.0000000255834 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0928  integrase family protein  53.38 
 
 		 326 aa  272  5.000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.669409 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3189  integrase family protein  50.97 
 
 		 320 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00303256 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1222  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.02 
 
 		 306 aa  269  4e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.120622 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2381  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.99 
 
 		 311 aa  268  7e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1030  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.96 
 
 		 307 aa  263  3e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0563  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.06 
 
 		 306 aa  258  7e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.792208  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2215  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.06 
 
 		 306 aa  258  7e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0238  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.99 
 
 		 306 aa  255  7e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0625179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1191  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.36 
 
 		 313 aa  241  9e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0341  phage integrase family site specific recombinase  39.6 
 
 		 311 aa  238  1e-61  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2064  phage integrase  46.08 
 
 		 297 aa  237  2e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0666  Phage integrase, N-terminal SAM- like  40.4 
 
 		 310 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.555034  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0259  phage integrase  48.47 
 
 		 297 aa  233  3e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.389161 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0602  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.4 
 
 		 324 aa  229  3e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00926796 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0222  phage integrase family protein  47.62 
 
 		 308 aa  224  2e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0447  phage integrase family site specific recombinase  40.82 
 
 		 307 aa  214  9.999999999999999e-55  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0752  phage integrase family site specific recombinase  36.99 
 
 		 309 aa  206  4e-52  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.232674  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2788  tyrosine recombinase XerC  45.1 
 
 		 343 aa  205  8e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0114244  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2695  tyrosine recombinase XerC  45.28 
 
 		 342 aa  204  1e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.400065  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2881  tyrosine recombinase XerC  45.1 
 
 		 343 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312354  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0564  tyrosine recombinase XerC subunit  36.57 
 
 		 328 aa  202  4e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2689  tyrosine recombinase XerC  43.51 
 
 		 311 aa  195  1e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.147909 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  39.87 
 
 		 335 aa  192  6e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1762  phage/XerD family site-specific recombinase  35.65 
 
 		 338 aa  189  7e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0611  integrase family protein  33.84 
 
 		 337 aa  187  1e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1624  phage/XerD family site-specific recombinase  34.85 
 
 		 341 aa  186  5e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.389199 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  38.59 
 
 		 308 aa  185  7e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1299  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.24 
 
 		 291 aa  183  3e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0194  tyrosine recombinase XerC subunit  38 
 
 		 295 aa  182  7e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  37.62 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  40.67 
 
 		 332 aa  181  1e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  39 
 
 		 293 aa  180  2e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0409  Phage integrase  35.51 
 
 		 317 aa  181  2e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.383536  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3450  tyrosine recombinase XerD  37.07 
 
 		 322 aa  181  2e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  38.38 
 
 		 294 aa  179  4e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0582  integrase family protein  32.69 
 
 		 330 aa  179  4.999999999999999e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.132855 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  39.33 
 
 		 293 aa  179  7e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1585  site-specific recombinase XerD-like  37.5 
 
 		 332 aa  179  7e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.264485  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  36.49 
 
 		 291 aa  178  1e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  37.38 
 
 		 317 aa  178  1e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  39.06 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0074  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.93 
 
 		 307 aa  176  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0801  phage integrase family protein  38.36 
 
 		 326 aa  176  3e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  39.73 
 
 		 304 aa  176  5e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  39.26 
 
 		 304 aa  176  5e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0347  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.74 
 
 		 307 aa  176  6e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.693124 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0688  integrase family protein  33.96 
 
 		 336 aa  175  9.999999999999999e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0273  tyrosine recombinase XerC  36.12 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.007038  normal  0.809464 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  35.14 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.64 
 
 		 299 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  36.52 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  36.33 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3082  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.91 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.633641  normal  0.120316 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1455  integrase family protein  37.18 
 
 		 365 aa  173  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2860  tyrosine recombinase XerC subunit  36.79 
 
 		 300 aa  172  3.9999999999999995e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  39.07 
 
 		 302 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  39.06 
 
 		 294 aa  172  5e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  35.17 
 
 		 290 aa  172  5e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3133  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.86 
 
 		 306 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0840  integrase family protein  33.33 
 
 		 294 aa  172  5.999999999999999e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.774041 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2996  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.86 
 
 		 306 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0374572 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  39.06 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2528  tyrosine recombinase XerC  37.63 
 
 		 294 aa  170  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.237042 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2544  tyrosine recombinase XerC  37.97 
 
 		 318 aa  170  2e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.774585  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.97 
 
 		 303 aa  170  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3115  phage integrase  40.6 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  37 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0517  integrase family protein  33.85 
 
 		 335 aa  170  3e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0170  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.94 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0476  tyrosine recombinase XerD  33.55 
 
 		 302 aa  169  4e-41  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4375  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.41 
 
 		 307 aa  169  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  33.67 
 
 		 295 aa  169  5e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>