More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0553 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0553  site-specific tyrosine recombinase XerC  100 
 
 		 329 aa  655    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.172687  normal  0.167276 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0271  site-specific tyrosine recombinase XerC  92.71 
 
 		 351 aa  609  1e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28022  normal  0.462537 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0177  site-specific tyrosine recombinase XerC  89.47 
 
 		 323 aa  581  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0180  site-specific tyrosine recombinase XerC  80.76 
 
 		 324 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0401  site-specific tyrosine recombinase XerC  78.48 
 
 		 324 aa  494  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.145415 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0536  site-specific tyrosine recombinase XerC  81.33 
 
 		 300 aa  496  1e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.538013  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0426  site-specific tyrosine recombinase XerC  75 
 
 		 321 aa  486  1e-136  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0247  integrase family protein  63.06 
 
 		 322 aa  392  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.121071  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3124  integrase family protein  63.55 
 
 		 323 aa  387  1e-106  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0163  integrase family protein  62.06 
 
 		 342 aa  375  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3189  integrase family protein  62.1 
 
 		 320 aa  364  1e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00303256 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4655  tyrosine recombinase XerC  61.44 
 
 		 365 aa  360  3e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.223284 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4288  tyrosine recombinase XerC  61.44 
 
 		 365 aa  358  5e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.710874 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4805  tyrosine recombinase XerC  60.13 
 
 		 367 aa  358  8e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.104736  normal  0.146847 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0928  integrase family protein  64.65 
 
 		 326 aa  348  5e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.669409 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1177  integrase family protein  60.38 
 
 		 329 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.151473 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0942  site-specific tyrosine recombinase XerC  56.17 
 
 		 315 aa  318  6e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4114  site-specific tyrosine recombinase XerC  55.52 
 
 		 322 aa  317  1e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1844  site-specific tyrosine recombinase XerC  55.84 
 
 		 315 aa  315  9e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.104424  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1916  site-specific tyrosine recombinase XerC  55.52 
 
 		 315 aa  314  1.9999999999999998e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391518  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3661  site-specific tyrosine recombinase XerC  56.09 
 
 		 311 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3960  site-specific tyrosine recombinase XerC  55.45 
 
 		 311 aa  311  9e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.011638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3403  site-specific tyrosine recombinase XerC  56.77 
 
 		 313 aa  311  1e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0083  site-specific tyrosine recombinase XerC  52.86 
 
 		 322 aa  306  4.0000000000000004e-82  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1457  integrase family protein  52.98 
 
 		 326 aa  300  3e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2933  site-specific tyrosine recombinase XerC  54.1 
 
 		 313 aa  299  4e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2809  phage integrase family protein  51.76 
 
 		 311 aa  289  5.0000000000000004e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_5002  hypothtical protein  50.78 
 
 		 308 aa  283  2.0000000000000002e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0748381  hitchhiker  0.0000000255834 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1220  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.48 
 
 		 330 aa  268  1e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2501  site-specific tyrosine recombinase XerC  52.38 
 
 		 312 aa  268  1e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.504706  normal  0.936606 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1222  site-specific tyrosine recombinase XerC  52.17 
 
 		 306 aa  263  2e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.120622 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0563  site-specific tyrosine recombinase XerC  53.18 
 
 		 306 aa  262  8e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.792208  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2215  site-specific tyrosine recombinase XerC  53.18 
 
 		 306 aa  262  8e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1030  site-specific tyrosine recombinase XerC  50 
 
 		 307 aa  259  4e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2381  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.17 
 
 		 311 aa  258  8e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0238  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.57 
 
 		 306 aa  255  7e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0625179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0259  phage integrase  47.14 
 
 		 297 aa  238  8e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.389161 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2064  phage integrase  45.51 
 
 		 297 aa  231  1e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0222  phage integrase family protein  47.65 
 
 		 308 aa  229  4e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0602  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.75 
 
 		 324 aa  224  1e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00926796 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1191  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.66 
 
 		 313 aa  219  7e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0666  Phage integrase, N-terminal SAM- like  36.96 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.555034  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0752  phage integrase family site specific recombinase  36.75 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.232674  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  40.89 
 
 		 335 aa  207  3e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0341  phage integrase family site specific recombinase  35.31 
 
 		 311 aa  206  6e-52  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0447  phage integrase family site specific recombinase  38.31 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  39.69 
 
 		 332 aa  187  3e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3374  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.13 
 
 		 328 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  40.13 
 
 		 298 aa  186  5e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  41.23 
 
 		 304 aa  185  1.0000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0497  tyrosine recombinase XerC  39.29 
 
 		 324 aa  183  3e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.237269  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3697  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.85 
 
 		 328 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0194  tyrosine recombinase XerC subunit  37.74 
 
 		 295 aa  182  7e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.08 
 
 		 300 aa  182  7e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0052  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.28 
 
 		 329 aa  182  8.000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.578512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0273  tyrosine recombinase XerC  37 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.007038  normal  0.809464 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  40.86 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  38.59 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  37.21 
 
 		 291 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2689  tyrosine recombinase XerC  41.43 
 
 		 311 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.147909 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.38 
 
 		 299 aa  179  8e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2528  tyrosine recombinase XerC  40.26 
 
 		 294 aa  179  8e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.237042 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3082  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.62 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.633641  normal  0.120316 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  38.21 
 
 		 294 aa  178  1e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3133  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.34 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.02 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2996  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.34 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0374572 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.67 
 
 		 294 aa  177  3e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0347  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.46 
 
 		 307 aa  176  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.693124 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3433  phage integrase family protein  36.56 
 
 		 345 aa  176  3e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0074  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.02 
 
 		 307 aa  177  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1299  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.91 
 
 		 291 aa  176  4e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  38.91 
 
 		 373 aa  176  7e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  35.67 
 
 		 306 aa  175  8e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0840  integrase family protein  34.78 
 
 		 294 aa  175  9e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.774041 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  39.22 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  38.31 
 
 		 298 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0170  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.13 
 
 		 306 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0611  integrase family protein  33.54 
 
 		 337 aa  175  9.999999999999999e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1060  phage integrase  38.22 
 
 		 358 aa  175  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.219086  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4375  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.79 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2473  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.38 
 
 		 306 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.02 
 
 		 303 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3087  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.38 
 
 		 306 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0082  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.58 
 
 		 339 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.472951  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3104  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.7 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494742 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3550  integrase family protein  37.24 
 
 		 324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.74971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2996  tyrosine recombinase XerC  38.56 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0010  tyrosine recombinase XerC  33.89 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  36.6 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1624  phage/XerD family site-specific recombinase  37.58 
 
 		 341 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.389199 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  35.55 
 
 		 296 aa  173  3.9999999999999995e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0098  integrase family protein  36.63 
 
 		 298 aa  172  7.999999999999999e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4168  tyrosine recombinase XerC  35.95 
 
 		 298 aa  172  9e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  34.45 
 
 		 298 aa  172  9e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4271  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.95 
 
 		 298 aa  172  9e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.95 
 
 		 298 aa  172  9e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0208532 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4196  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.95 
 
 		 298 aa  172  9e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0689633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4036  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.95 
 
 		 298 aa  172  9e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0861  integrase/recombinase XerC  39.66 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>