More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1220 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1220  site-specific tyrosine recombinase XerC  100 
 
 		 330 aa  650    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3661  site-specific tyrosine recombinase XerC  55.44 
 
 		 311 aa  312  5.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4114  site-specific tyrosine recombinase XerC  50.16 
 
 		 322 aa  308  6.999999999999999e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3960  site-specific tyrosine recombinase XerC  54.08 
 
 		 311 aa  305  7e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.011638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1457  integrase family protein  52.24 
 
 		 326 aa  301  1e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2809  phage integrase family protein  53.54 
 
 		 311 aa  291  2e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1916  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.54 
 
 		 315 aa  281  7.000000000000001e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391518  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0942  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.74 
 
 		 315 aa  282  7.000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1844  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.22 
 
 		 315 aa  281  1e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.104424  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2933  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.46 
 
 		 313 aa  277  2e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3124  integrase family protein  48.08 
 
 		 323 aa  276  4e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0177  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.73 
 
 		 323 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1191  site-specific tyrosine recombinase XerC  52.77 
 
 		 313 aa  273  3e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3189  integrase family protein  49.84 
 
 		 320 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00303256 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0083  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.76 
 
 		 322 aa  269  4e-71  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2501  site-specific tyrosine recombinase XerC  52.22 
 
 		 312 aa  269  5.9999999999999995e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.504706  normal  0.936606 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0247  integrase family protein  50.65 
 
 		 322 aa  268  7e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.121071  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0271  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.42 
 
 		 351 aa  268  8e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28022  normal  0.462537 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0553  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.48 
 
 		 329 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.172687  normal  0.167276 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3403  site-specific tyrosine recombinase XerC  50 
 
 		 313 aa  268  1e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0238  site-specific tyrosine recombinase XerC  50.83 
 
 		 306 aa  266  2.9999999999999995e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0625179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0426  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.08 
 
 		 321 aa  265  5e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0163  integrase family protein  47.76 
 
 		 342 aa  266  5e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0536  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.67 
 
 		 300 aa  263  2e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.538013  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0180  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.59 
 
 		 324 aa  260  3e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1177  integrase family protein  48.06 
 
 		 329 aa  259  3e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.151473 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4288  tyrosine recombinase XerC  49.2 
 
 		 365 aa  258  7e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.710874 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4655  tyrosine recombinase XerC  49.2 
 
 		 365 aa  258  8e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.223284 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0928  integrase family protein  49.52 
 
 		 326 aa  257  2e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.669409 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4805  tyrosine recombinase XerC  49.2 
 
 		 367 aa  257  2e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.104736  normal  0.146847 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1222  site-specific tyrosine recombinase XerC  52.67 
 
 		 306 aa  256  4e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.120622 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_5002  hypothtical protein  47.52 
 
 		 308 aa  252  8.000000000000001e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0748381  hitchhiker  0.0000000255834 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0401  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.18 
 
 		 324 aa  251  8.000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.145415 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0563  site-specific tyrosine recombinase XerC  52.49 
 
 		 306 aa  248  1e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.792208  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2215  site-specific tyrosine recombinase XerC  52.49 
 
 		 306 aa  248  1e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1030  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.82 
 
 		 307 aa  246  4.9999999999999997e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0666  Phage integrase, N-terminal SAM- like  40.54 
 
 		 310 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.555034  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2381  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.01 
 
 		 311 aa  233  5e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2064  phage integrase  45.76 
 
 		 297 aa  229  5e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0602  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.12 
 
 		 324 aa  228  8e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00926796 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0259  phage integrase  46.69 
 
 		 297 aa  227  3e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.389161 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0341  phage integrase family site specific recombinase  37.16 
 
 		 311 aa  226  4e-58  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0752  phage integrase family site specific recombinase  39.39 
 
 		 309 aa  225  7e-58  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.232674  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0447  phage integrase family site specific recombinase  42.55 
 
 		 307 aa  223  3e-57  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0222  phage integrase family protein  44.75 
 
 		 308 aa  212  5.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  41.9 
 
 		 335 aa  209  5e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  44.93 
 
 		 304 aa  195  8.000000000000001e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  42.86 
 
 		 332 aa  194  2e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  40.26 
 
 		 373 aa  194  2e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  39.45 
 
 		 290 aa  192  6e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  40.6 
 
 		 298 aa  189  8e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0194  tyrosine recombinase XerC subunit  41.75 
 
 		 295 aa  187  3e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0611  integrase family protein  36.97 
 
 		 337 aa  186  5e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0564  tyrosine recombinase XerC subunit  34.53 
 
 		 328 aa  186  6e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1585  site-specific recombinase XerD-like  40.79 
 
 		 332 aa  186  7e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.264485  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  39.27 
 
 		 293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  40.07 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0264  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.6 
 
 		 315 aa  183  3e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  40.07 
 
 		 303 aa  182  7e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.34 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279091  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2695  tyrosine recombinase XerC  43.48 
 
 		 342 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.400065  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4009  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.34 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0543  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.34 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2689  tyrosine recombinase XerC  42.44 
 
 		 311 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.147909 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  33.77 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  40.4 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  40.26 
 
 		 293 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3697  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.54 
 
 		 328 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2788  tyrosine recombinase XerC  43.77 
 
 		 343 aa  178  1e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0114244  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  38.61 
 
 		 294 aa  178  1e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.18 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2881  tyrosine recombinase XerC  43.43 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312354  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  39 
 
 		 298 aa  177  3e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  39.73 
 
 		 312 aa  176  5e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  38.18 
 
 		 315 aa  176  5e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03687  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.83 
 
 		 298 aa  176  6e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.446663  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03636  hypothetical protein  37.83 
 
 		 298 aa  176  6e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.487194  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3115  phage integrase  42.46 
 
 		 298 aa  175  7e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.53 
 
 		 299 aa  175  9e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.53 
 
 		 299 aa  175  9e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.53 
 
 		 299 aa  175  9e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.53 
 
 		 299 aa  175  9e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.53 
 
 		 299 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  36.75 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0242  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.42 
 
 		 299 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.322874  normal  0.826572 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.5 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0184  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.19 
 
 		 303 aa  175  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.72736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.2 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4168  tyrosine recombinase XerC  37.5 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.53 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.58 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3082  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.73 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.633641  normal  0.120316 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4330  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.5 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4036  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.5 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4196  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.5 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0689633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.5 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0208532 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4271  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.5 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0861  integrase/recombinase XerC  40.83 
 
 		 304 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.53 
 
 		 299 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3474  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.59 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.486058 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>