More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2501 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2501  site-specific tyrosine recombinase XerC  100 
 
 		 312 aa  613  1e-175  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.504706  normal  0.936606 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_5002  hypothtical protein  61.51 
 
 		 308 aa  355  5.999999999999999e-97  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0748381  hitchhiker  0.0000000255834 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1222  site-specific tyrosine recombinase XerC  59.15 
 
 		 306 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.120622 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2381  site-specific tyrosine recombinase XerC  54.13 
 
 		 311 aa  322  5e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2215  site-specific tyrosine recombinase XerC  59.02 
 
 		 306 aa  317  2e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0563  site-specific tyrosine recombinase XerC  59.02 
 
 		 306 aa  317  2e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.792208  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1030  site-specific tyrosine recombinase XerC  54.1 
 
 		 307 aa  306  3e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4114  site-specific tyrosine recombinase XerC  53.09 
 
 		 322 aa  295  6e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0942  site-specific tyrosine recombinase XerC  52.2 
 
 		 315 aa  288  7e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3960  site-specific tyrosine recombinase XerC  52.58 
 
 		 311 aa  288  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.011638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3661  site-specific tyrosine recombinase XerC  53.21 
 
 		 311 aa  286  4e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1457  integrase family protein  51.49 
 
 		 326 aa  283  3.0000000000000004e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1916  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.95 
 
 		 315 aa  282  6.000000000000001e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391518  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1844  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.62 
 
 		 315 aa  281  8.000000000000001e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.104424  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2933  site-specific tyrosine recombinase XerC  50.81 
 
 		 313 aa  276  3e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3124  integrase family protein  51.77 
 
 		 323 aa  272  4.0000000000000004e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2809  phage integrase family protein  51.18 
 
 		 311 aa  271  8.000000000000001e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0083  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.97 
 
 		 322 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1220  site-specific tyrosine recombinase XerC  52.22 
 
 		 330 aa  269  5.9999999999999995e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0553  site-specific tyrosine recombinase XerC  52.38 
 
 		 329 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.172687  normal  0.167276 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3403  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.14 
 
 		 313 aa  268  1e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2064  phage integrase  51.01 
 
 		 297 aa  267  2e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0401  site-specific tyrosine recombinase XerC  50.8 
 
 		 324 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.145415 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0271  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.82 
 
 		 351 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28022  normal  0.462537 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0177  site-specific tyrosine recombinase XerC  50.64 
 
 		 323 aa  260  2e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0247  integrase family protein  50.64 
 
 		 322 aa  256  4e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.121071  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0238  site-specific tyrosine recombinase XerC  50.67 
 
 		 306 aa  255  6e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0625179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4805  tyrosine recombinase XerC  51.52 
 
 		 367 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.104736  normal  0.146847 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0180  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.41 
 
 		 324 aa  252  6e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0928  integrase family protein  51.99 
 
 		 326 aa  251  1e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.669409 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4655  tyrosine recombinase XerC  51.01 
 
 		 365 aa  249  4e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.223284 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4288  tyrosine recombinase XerC  51.01 
 
 		 365 aa  249  5e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.710874 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0222  phage integrase family protein  51.03 
 
 		 308 aa  248  7e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0536  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.01 
 
 		 300 aa  248  1e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.538013  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1177  integrase family protein  50.64 
 
 		 329 aa  247  1e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.151473 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0163  integrase family protein  47.74 
 
 		 342 aa  244  9.999999999999999e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0426  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.57 
 
 		 321 aa  243  1.9999999999999999e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1191  site-specific tyrosine recombinase XerC  50.9 
 
 		 313 aa  240  2e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0259  phage integrase  48 
 
 		 297 aa  238  1e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.389161 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3189  integrase family protein  48.4 
 
 		 320 aa  229  5e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00303256 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0602  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.17 
 
 		 324 aa  219  5e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00926796 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0666  Phage integrase, N-terminal SAM- like  36.45 
 
 		 310 aa  214  9.999999999999999e-55  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.555034  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0341  phage integrase family site specific recombinase  36.12 
 
 		 311 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0752  phage integrase family site specific recombinase  36.3 
 
 		 309 aa  213  3.9999999999999995e-54  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.232674  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0447  phage integrase family site specific recombinase  39.93 
 
 		 307 aa  203  2e-51  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0392  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.68 
 
 		 310 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.68 
 
 		 310 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3258  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.68 
 
 		 310 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.706598  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3428  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.68 
 
 		 310 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2169  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.68 
 
 		 310 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126979  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0195  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.68 
 
 		 310 aa  193  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2920  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.68 
 
 		 310 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.510567  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0170  site-specific tyrosine recombinase XerC  41.35 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6437  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.03 
 
 		 306 aa  189  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.798094 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2473  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.46 
 
 		 306 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3087  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.46 
 
 		 306 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2996  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.78 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0374572 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3104  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.46 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494742 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3133  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.78 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3082  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.71 
 
 		 306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.633641  normal  0.120316 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0074  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.87 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  36.36 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0347  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.26 
 
 		 307 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.693124 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  38.8 
 
 		 291 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  39 
 
 		 296 aa  177  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  40.33 
 
 		 304 aa  177  3e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.67 
 
 		 294 aa  176  6e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0582  integrase family protein  31.93 
 
 		 330 aa  175  9e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.132855 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  40.26 
 
 		 335 aa  174  1.9999999999999998e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  40.26 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  38.85 
 
 		 332 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3835  tyrosine recombinase XerC  40.98 
 
 		 304 aa  172  5e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.955587  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4375  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.91 
 
 		 307 aa  172  9e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  34.65 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  37.75 
 
 		 293 aa  169  4e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2194  integrase family protein  40.42 
 
 		 317 aa  169  5e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  35.49 
 
 		 290 aa  169  5e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.74 
 
 		 303 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  38.87 
 
 		 304 aa  168  8e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  37.86 
 
 		 309 aa  168  8e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  39.79 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  37.13 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  39.68 
 
 		 317 aa  167  2e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0273  tyrosine recombinase XerC  36.04 
 
 		 300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.007038  normal  0.809464 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  31.7 
 
 		 302 aa  166  2.9999999999999998e-40  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04122  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.74 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1317  phage integrase family protein  41.9 
 
 		 325 aa  166  5e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0861  integrase/recombinase XerC  39.68 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1624  phage/XerD family site-specific recombinase  34.18 
 
 		 341 aa  166  5e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.389199 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3474  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.49 
 
 		 296 aa  166  5e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.486058 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  37.05 
 
 		 308 aa  166  5e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0564  tyrosine recombinase XerC subunit  33.33 
 
 		 328 aa  166  5e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3697  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.59 
 
 		 328 aa  165  8e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  38 
 
 		 298 aa  165  8e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03687  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.67 
 
 		 298 aa  165  9e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.446663  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03636  hypothetical protein  38.67 
 
 		 298 aa  165  9e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.487194  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0194  tyrosine recombinase XerC subunit  38.33 
 
 		 295 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0611  integrase family protein  33.44 
 
 		 337 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4168  tyrosine recombinase XerC  38.61 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4196  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.61 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0689633  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>