More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0563 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_0563  site-specific tyrosine recombinase XerC  100 
 
 
306 aa  599  1e-170  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.792208  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2215  site-specific tyrosine recombinase XerC  100 
 
 
306 aa  599  1e-170  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1222  site-specific tyrosine recombinase XerC  92.48 
 
 
306 aa  555  1e-157  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.120622 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1030  site-specific tyrosine recombinase XerC  65.15 
 
 
307 aa  378  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_5002  hypothtical protein  64.14 
 
 
308 aa  371  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0748381  hitchhiker  0.0000000255834 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2381  site-specific tyrosine recombinase XerC  63.04 
 
 
311 aa  365  1e-100  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2501  site-specific tyrosine recombinase XerC  59.02 
 
 
312 aa  329  3e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.504706  normal  0.936606 
 
 
-
 
NC_004310  BR1916  site-specific tyrosine recombinase XerC  55.03 
 
 
315 aa  300  1e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391518  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1844  site-specific tyrosine recombinase XerC  54.7 
 
 
315 aa  300  2e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.104424  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0942  site-specific tyrosine recombinase XerC  53.69 
 
 
315 aa  289  4e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3960  site-specific tyrosine recombinase XerC  53.4 
 
 
311 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.011638  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3661  site-specific tyrosine recombinase XerC  53.4 
 
 
311 aa  281  9e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2809  phage integrase family protein  52.19 
 
 
311 aa  281  1e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0536  site-specific tyrosine recombinase XerC  54.18 
 
 
300 aa  278  1e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.538013  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4114  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.19 
 
 
322 aa  277  2e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1457  integrase family protein  53.02 
 
 
326 aa  274  1.0000000000000001e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0271  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.75 
 
 
351 aa  272  5.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28022  normal  0.462537 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0553  site-specific tyrosine recombinase XerC  53.18 
 
 
329 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.172687  normal  0.167276 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0083  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.65 
 
 
322 aa  270  2e-71  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0180  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.59 
 
 
324 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2064  phage integrase  53.54 
 
 
297 aa  269  5e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0401  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.83 
 
 
324 aa  268  1e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.145415 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0177  site-specific tyrosine recombinase XerC  52.49 
 
 
323 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0238  site-specific tyrosine recombinase XerC  52.32 
 
 
306 aa  266  2.9999999999999995e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0625179  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2933  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.06 
 
 
313 aa  265  1e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83049  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0426  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.84 
 
 
321 aa  263  2e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3124  integrase family protein  51.68 
 
 
323 aa  263  2e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3403  site-specific tyrosine recombinase XerC  52.9 
 
 
313 aa  263  4e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1220  site-specific tyrosine recombinase XerC  52.49 
 
 
330 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1177  integrase family protein  53.85 
 
 
329 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.151473 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0163  integrase family protein  50.48 
 
 
342 aa  253  3e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70922  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0222  phage integrase family protein  53.18 
 
 
308 aa  252  5.000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4805  tyrosine recombinase XerC  50.96 
 
 
367 aa  252  6e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.104736  normal  0.146847 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4655  tyrosine recombinase XerC  50.32 
 
 
365 aa  245  6e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.223284 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4288  tyrosine recombinase XerC  50.32 
 
 
365 aa  245  6.999999999999999e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.710874 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0259  phage integrase  50.17 
 
 
297 aa  243  3e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.389161 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0928  integrase family protein  51.49 
 
 
326 aa  242  5e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.669409 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0247  integrase family protein  50 
 
 
322 aa  241  2e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.121071  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3189  integrase family protein  50.83 
 
 
320 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00303256 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1191  site-specific tyrosine recombinase XerC  50 
 
 
313 aa  231  1e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0666  Phage integrase, N-terminal SAM- like  38.38 
 
 
310 aa  225  9e-58  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.555034  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0752  phage integrase family site specific recombinase  39.25 
 
 
309 aa  220  1.9999999999999999e-56  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.232674  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0602  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.84 
 
 
324 aa  216  2.9999999999999998e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00926796 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0341  phage integrase family site specific recombinase  38.05 
 
 
311 aa  215  9e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0447  phage integrase family site specific recombinase  40 
 
 
307 aa  201  9.999999999999999e-51  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2194  integrase family protein  44.01 
 
 
317 aa  197  3e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103281  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0564  tyrosine recombinase XerC subunit  37.42 
 
 
328 aa  183  4.0000000000000006e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0611  integrase family protein  36.14 
 
 
337 aa  181  2e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1821  integrase family protein  34.9 
 
 
307 aa  181  2e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0364742  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  32.57 
 
 
302 aa  179  5.999999999999999e-44  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1624  phage/XerD family site-specific recombinase  35.76 
 
 
341 aa  177  3e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.389199 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0582  integrase family protein  34.07 
 
 
330 aa  176  5e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.132855 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  39.26 
 
 
303 aa  176  6e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  40.84 
 
 
373 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  39.19 
 
 
332 aa  175  9.999999999999999e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  39.67 
 
 
294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  36.57 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3331  tyrosine recombinase XerD  37.25 
 
 
300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1762  phage/XerD family site-specific recombinase  36.16 
 
 
338 aa  172  5.999999999999999e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.09 
 
 
300 aa  172  7.999999999999999e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2689  tyrosine recombinase XerC  44.41 
 
 
311 aa  170  2e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.147909 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  37.29 
 
 
300 aa  171  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0194  tyrosine recombinase XerC subunit  40.85 
 
 
295 aa  171  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  40 
 
 
294 aa  170  2e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3082  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.5 
 
 
306 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.633641  normal  0.120316 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3550  integrase family protein  40.59 
 
 
324 aa  170  3e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.74971  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.55 
 
 
296 aa  169  5e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  36.91 
 
 
300 aa  169  5e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6437  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.54 
 
 
306 aa  169  6e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.798094 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0074  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.87 
 
 
307 aa  169  6e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.32 
 
 
298 aa  169  7e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  36.91 
 
 
300 aa  168  9e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0727  tyrosine recombinase XerD  34.55 
 
 
304 aa  168  9e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1585  site-specific recombinase XerD-like  36.16 
 
 
332 aa  168  1e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.264485  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  40.2 
 
 
312 aa  168  1e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  41.21 
 
 
298 aa  168  1e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  39.1 
 
 
321 aa  167  1e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  38.67 
 
 
308 aa  167  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  31.44 
 
 
299 aa  167  2e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  37.25 
 
 
309 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2509  integrase family protein  44.09 
 
 
380 aa  167  2e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.593152  normal  0.73908 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  41.67 
 
 
304 aa  167  2e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  36.91 
 
 
300 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  37.25 
 
 
309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  39.65 
 
 
298 aa  166  4e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3428  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.86 
 
 
310 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3258  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.86 
 
 
310 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.706598  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0392  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.86 
 
 
310 aa  166  5e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2169  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.86 
 
 
310 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126979  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2920  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.86 
 
 
310 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.510567  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0195  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.86 
 
 
310 aa  166  5e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.86 
 
 
310 aa  166  5e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  37.63 
 
 
300 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0264  site-specific tyrosine recombinase XerC  40.47 
 
 
315 aa  165  8e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  38.98 
 
 
293 aa  165  8e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  41.97 
 
 
303 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2528  tyrosine recombinase XerC  41.91 
 
 
294 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.237042 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0170  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.97 
 
 
306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  38.46 
 
 
317 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3087  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.13 
 
 
306 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>