More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0485 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0485  site-specific tyrosine recombinase XerC  100 
 
 		 322 aa  672    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.853028 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0251  site-specific tyrosine recombinase XerC  53.6 
 
 		 355 aa  351  8.999999999999999e-96  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00631913  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23640  tyrosine recombinase XerC subunit  45.21 
 
 		 310 aa  265  5.999999999999999e-70  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.154193  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2210  integrase family protein  43.23 
 
 		 295 aa  252  5.000000000000001e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000241024 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3245  phage integrase family protein  44.69 
 
 		 312 aa  252  8.000000000000001e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.676462  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0989  integrase family protein  42.76 
 
 		 292 aa  246  3e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0618431 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1990  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.14 
 
 		 300 aa  245  8e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2036  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.14 
 
 		 300 aa  245  8e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0541579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09860  tyrosine recombinase XerC subunit  41.14 
 
 		 329 aa  243  1.9999999999999999e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1970  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.48 
 
 		 300 aa  240  2e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2207  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.12 
 
 		 319 aa  239  4e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.787262  normal  0.257716 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4135  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.16 
 
 		 300 aa  236  5.0000000000000005e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.383086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2471  tyrosine recombinase XerC subunit  40.51 
 
 		 308 aa  235  9e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0340389  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2509  integrase family protein  42.26 
 
 		 380 aa  234  2.0000000000000002e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.593152  normal  0.73908 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1481  integrase family protein  42.77 
 
 		 308 aa  232  6e-60  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.141471  normal  0.0727308 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11170  site-specific recombinase XerD  39.94 
 
 		 336 aa  231  1e-59  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0225756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12908  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.95 
 
 		 298 aa  229  4e-59  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000436053  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2194  integrase family protein  37.58 
 
 		 317 aa  222  7e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2102  integrase family protein  40.51 
 
 		 304 aa  219  6e-56  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.167189  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3115  integrase family protein  41.41 
 
 		 336 aa  217  2.9999999999999998e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0082342  normal  0.151412 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1317  phage integrase family protein  39.94 
 
 		 325 aa  217  2.9999999999999998e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1001  integrase family protein  38.51 
 
 		 333 aa  216  4e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10100  site-specific recombinase XerD  38.7 
 
 		 332 aa  213  4.9999999999999996e-54  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  39.16 
 
 		 294 aa  209  5e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1178  integrase family protein  41.61 
 
 		 329 aa  208  1e-52  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.801835  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5914  integrase family protein  38.1 
 
 		 325 aa  205  8e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000658468  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1547  phage integrase family protein  38.84 
 
 		 336 aa  204  1e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.268843 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1654  integrase family protein  39.67 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1525  integrase family protein  35.82 
 
 		 327 aa  203  3e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.206219  hitchhiker  0.00883097 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  39.09 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09270  tyrosine recombinase XerC subunit  46.99 
 
 		 346 aa  200  3e-50  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.111586  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  38.71 
 
 		 302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0674  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.56 
 
 		 303 aa  199  6e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3995  integrase family protein  39.87 
 
 		 311 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  35.39 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  36.96 
 
 		 295 aa  194  1e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  35.43 
 
 		 309 aa  194  1e-48  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  35.05 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0235  integrase family protein  37.95 
 
 		 289 aa  194  2e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1159  integrase family protein  37.13 
 
 		 344 aa  194  2e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.226555 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  37.62 
 
 		 294 aa  192  5e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.99 
 
 		 299 aa  192  6e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1104  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.16 
 
 		 300 aa  192  7e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000317379  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.91 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1585  site-specific recombinase XerD-like  36.51 
 
 		 332 aa  191  1e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.264485  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.63 
 
 		 300 aa  191  1e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.58 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.31 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.31 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.31 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.62 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  34.73 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.31 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  36.39 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.31 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  37.62 
 
 		 317 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.62 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.97 
 
 		 296 aa  189  5.999999999999999e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  37.79 
 
 		 294 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.97 
 
 		 296 aa  189  5.999999999999999e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.58 
 
 		 299 aa  189  7e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  35.71 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.97 
 
 		 296 aa  189  8e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.97 
 
 		 296 aa  189  8e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.97 
 
 		 296 aa  189  8e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.58 
 
 		 299 aa  188  8e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.97 
 
 		 296 aa  189  8e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.58 
 
 		 299 aa  189  8e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.97 
 
 		 296 aa  189  8e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  32.24 
 
 		 296 aa  188  1e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.64 
 
 		 296 aa  187  1e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  34.64 
 
 		 295 aa  188  1e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  36.66 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.99 
 
 		 296 aa  187  1e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.97 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.97 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  36.09 
 
 		 312 aa  187  2e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1524  integrase family protein  36.21 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.681425  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  36.3 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  36.81 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1178  tyrosine recombinase XerC subunit  36.54 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0235  Integrase  36.62 
 
 		 308 aa  186  4e-46  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.386202  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  33.55 
 
 		 294 aa  186  4e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.6 
 
 		 300 aa  186  5e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  33.66 
 
 		 305 aa  185  1.0000000000000001e-45  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  34.75 
 
 		 297 aa  185  1.0000000000000001e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0476  tyrosine recombinase XerD  35.33 
 
 		 302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3450  tyrosine recombinase XerD  34.39 
 
 		 322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1208  integrase family protein  36.47 
 
 		 363 aa  184  3e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  35.37 
 
 		 308 aa  184  3e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  36 
 
 		 290 aa  183  3e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  36.18 
 
 		 299 aa  184  3e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  36.18 
 
 		 293 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4696  integrase family protein  36.96 
 
 		 306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0891  integrase family protein  36.98 
 
 		 306 aa  182  9.000000000000001e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.180709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2695  tyrosine recombinase XerC  34.82 
 
 		 342 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.400065  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  34.3 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  36.18 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  34.65 
 
 		 297 aa  181  2e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  34.08 
 
 		 310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>