More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2102 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_2102  integrase family protein  100 
 
 		 304 aa  593  1e-168  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.167189  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1990  site-specific tyrosine recombinase XerC  66.67 
 
 		 300 aa  371  1e-102  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2036  site-specific tyrosine recombinase XerC  66.67 
 
 		 300 aa  371  1e-102  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0541579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1970  site-specific tyrosine recombinase XerC  66.67 
 
 		 300 aa  370  1e-101  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4135  site-specific tyrosine recombinase XerC  67 
 
 		 300 aa  368  1e-101  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.383086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2207  site-specific tyrosine recombinase XerC  65.99 
 
 		 319 aa  361  8e-99  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.787262  normal  0.257716 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12908  site-specific tyrosine recombinase XerC  65.08 
 
 		 298 aa  347  2e-94  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000436053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2210  integrase family protein  57.63 
 
 		 295 aa  327  2.0000000000000001e-88  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000241024 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2471  tyrosine recombinase XerC subunit  59.59 
 
 		 308 aa  327  2.0000000000000001e-88  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0340389  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3245  phage integrase family protein  59.32 
 
 		 312 aa  326  2.0000000000000001e-88  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.676462  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1654  integrase family protein  63.51 
 
 		 298 aa  326  3e-88  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5914  integrase family protein  58.8 
 
 		 325 aa  311  7.999999999999999e-84  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000658468  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09860  tyrosine recombinase XerC subunit  53.18 
 
 		 329 aa  308  1.0000000000000001e-82  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1317  phage integrase family protein  57.43 
 
 		 325 aa  300  2e-80  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0989  integrase family protein  56.57 
 
 		 292 aa  295  6e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0618431 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2194  integrase family protein  53.51 
 
 		 317 aa  286  2.9999999999999996e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3995  integrase family protein  61.64 
 
 		 311 aa  280  2e-74  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0674  site-specific tyrosine recombinase XerC  55.59 
 
 		 303 aa  276  3e-73  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23640  tyrosine recombinase XerC subunit  51.85 
 
 		 310 aa  276  4e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.154193  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09270  tyrosine recombinase XerC subunit  53.87 
 
 		 346 aa  275  5e-73  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.111586  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0235  integrase family protein  55.44 
 
 		 289 aa  275  9e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3115  integrase family protein  50.15 
 
 		 336 aa  269  4e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0082342  normal  0.151412 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1481  integrase family protein  53.44 
 
 		 308 aa  269  5e-71  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.141471  normal  0.0727308 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2509  integrase family protein  50.65 
 
 		 380 aa  266  5e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.593152  normal  0.73908 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1208  integrase family protein  51.17 
 
 		 363 aa  263  4e-69  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10100  site-specific recombinase XerD  48.6 
 
 		 332 aa  253  2.0000000000000002e-66  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1159  integrase family protein  53.11 
 
 		 344 aa  252  6e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.226555 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11170  site-specific recombinase XerD  47.46 
 
 		 336 aa  248  8e-65  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0225756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1547  phage integrase family protein  51.08 
 
 		 336 aa  248  1e-64  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.268843 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0251  site-specific tyrosine recombinase XerC  41.55 
 
 		 355 aa  247  2e-64  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00631913  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0485  site-specific tyrosine recombinase XerC  40.19 
 
 		 322 aa  234  2.0000000000000002e-60  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.853028 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3583  phage integrase  49.52 
 
 		 385 aa  227  2e-58  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  39.66 
 
 		 307 aa  225  7e-58  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  39.66 
 
 		 307 aa  225  8e-58  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  39.66 
 
 		 307 aa  224  1e-57  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  38.23 
 
 		 295 aa  224  2e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  44.09 
 
 		 317 aa  221  9.999999999999999e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  39.02 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1001  integrase family protein  41.07 
 
 		 333 aa  220  1.9999999999999999e-56  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  41.81 
 
 		 294 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1178  integrase family protein  52.16 
 
 		 329 aa  220  3e-56  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.801835  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  42.81 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  43.69 
 
 		 294 aa  214  9.999999999999999e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  43.05 
 
 		 297 aa  214  1.9999999999999998e-54  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  42.72 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  37.21 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.81 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  38.8 
 
 		 290 aa  210  3e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.81 
 
 		 298 aa  209  4e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  41.81 
 
 		 298 aa  209  4e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.81 
 
 		 298 aa  209  4e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.81 
 
 		 298 aa  209  4e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.81 
 
 		 298 aa  209  4e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  41.81 
 
 		 298 aa  209  4e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.81 
 
 		 298 aa  209  4e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.75 
 
 		 299 aa  207  1e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1201  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.81 
 
 		 321 aa  208  1e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731595  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.61 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.75 
 
 		 299 aa  207  1e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.75 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.75 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  42.28 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.81 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  41.67 
 
 		 313 aa  206  3e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.81 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.81 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.08 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.81 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.42 
 
 		 299 aa  206  4e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2821  tyrosine recombinase XerD  43.59 
 
 		 313 aa  206  4e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.346068  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  40.4 
 
 		 302 aa  206  5e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.42 
 
 		 299 aa  206  6e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.47 
 
 		 298 aa  205  7e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  40.65 
 
 		 309 aa  205  8e-52  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.39 
 
 		 299 aa  205  8e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1283  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.85 
 
 		 297 aa  205  9e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  41.06 
 
 		 304 aa  205  1e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.42 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.53 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1489  tyrosine recombinase XerD  44.98 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.966498  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  41.33 
 
 		 293 aa  204  1e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.76 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2689  tyrosine recombinase XerC  43.81 
 
 		 311 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.147909 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  40.6 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  36.91 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.43 
 
 		 299 aa  202  5e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  41 
 
 		 293 aa  202  6e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  39.8 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.1 
 
 		 299 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  42.9 
 
 		 317 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  42.67 
 
 		 332 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  40 
 
 		 298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.1 
 
 		 299 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  33.9 
 
 		 297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.14 
 
 		 298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1432  tyrosine recombinase XerD  41.36 
 
 		 321 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0895087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1118  tyrosine recombinase XerD  36.18 
 
 		 304 aa  199  5e-50  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  40.4 
 
 		 309 aa  199  6e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1525  integrase family protein  44.17 
 
 		 327 aa  198  7.999999999999999e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.206219  hitchhiker  0.00883097 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.53 
 
 		 299 aa  198  7.999999999999999e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>