More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3995 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_3995  integrase family protein  100 
 
 
311 aa  588  1e-167  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3245  phage integrase family protein  64.92 
 
 
312 aa  362  4e-99  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.676462  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09860  tyrosine recombinase XerC subunit  58.64 
 
 
329 aa  342  4e-93  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2207  site-specific tyrosine recombinase XerC  62.58 
 
 
319 aa  335  7e-91  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.787262  normal  0.257716 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1990  site-specific tyrosine recombinase XerC  59.67 
 
 
300 aa  327  2.0000000000000001e-88  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2036  site-specific tyrosine recombinase XerC  59.67 
 
 
300 aa  327  2.0000000000000001e-88  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0541579  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1970  site-specific tyrosine recombinase XerC  59.67 
 
 
300 aa  326  3e-88  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4135  site-specific tyrosine recombinase XerC  62.16 
 
 
300 aa  324  1e-87  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.383086  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5914  integrase family protein  61.31 
 
 
325 aa  320  3e-86  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000658468  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0989  integrase family protein  57.53 
 
 
292 aa  318  1e-85  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0618431 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1317  phage integrase family protein  57.78 
 
 
325 aa  309  4e-83  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12908  site-specific tyrosine recombinase XerC  60.96 
 
 
298 aa  306  3e-82  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000436053  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3115  integrase family protein  55.59 
 
 
336 aa  301  1e-80  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0082342  normal  0.151412 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2194  integrase family protein  54.49 
 
 
317 aa  299  3e-80  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103281  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2471  tyrosine recombinase XerC subunit  56.11 
 
 
308 aa  298  7e-80  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0340389  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2210  integrase family protein  54.58 
 
 
295 aa  296  2e-79  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000241024 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2102  integrase family protein  62.33 
 
 
304 aa  296  3e-79  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.167189  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1654  integrase family protein  56.52 
 
 
298 aa  281  1e-74  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0674  site-specific tyrosine recombinase XerC  58.78 
 
 
303 aa  281  1e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2509  integrase family protein  55.74 
 
 
380 aa  275  7e-73  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.593152  normal  0.73908 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1208  integrase family protein  53.54 
 
 
363 aa  275  7e-73  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1547  phage integrase family protein  51.04 
 
 
336 aa  265  5.999999999999999e-70  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.268843 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1159  integrase family protein  56.95 
 
 
344 aa  264  1e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.226555 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09270  tyrosine recombinase XerC subunit  50.15 
 
 
346 aa  259  3e-68  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.111586  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23640  tyrosine recombinase XerC subunit  50.51 
 
 
310 aa  259  4e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.154193  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0235  integrase family protein  56.46 
 
 
289 aa  257  2e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11170  site-specific recombinase XerD  48.34 
 
 
336 aa  256  4e-67  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0225756  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1481  integrase family protein  54.79 
 
 
308 aa  254  1.0000000000000001e-66  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.141471  normal  0.0727308 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3583  phage integrase  56.01 
 
 
385 aa  243  1.9999999999999999e-63  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1178  integrase family protein  56.15 
 
 
329 aa  243  3.9999999999999997e-63  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.801835  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0485  site-specific tyrosine recombinase XerC  41.48 
 
 
322 aa  239  5.999999999999999e-62  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.853028 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10100  site-specific recombinase XerD  49.06 
 
 
332 aa  238  1e-61  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0251  site-specific tyrosine recombinase XerC  40.52 
 
 
355 aa  238  1e-61  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00631913  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  39.86 
 
 
307 aa  229  4e-59  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  39.86 
 
 
307 aa  228  9e-59  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  39.86 
 
 
307 aa  228  1e-58  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  39.32 
 
 
298 aa  221  8e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1525  integrase family protein  47.71 
 
 
327 aa  220  1.9999999999999999e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.206219  hitchhiker  0.00883097 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  41.47 
 
 
294 aa  217  2e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  41.03 
 
 
290 aa  214  9.999999999999999e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  37.76 
 
 
295 aa  213  2.9999999999999995e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  42.95 
 
 
298 aa  212  7e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1001  integrase family protein  46.01 
 
 
333 aa  207  1e-52  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  42.91 
 
 
293 aa  206  4e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.4 
 
 
299 aa  206  5e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.25 
 
 
299 aa  206  6e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.25 
 
 
299 aa  206  6e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.25 
 
 
299 aa  205  8e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.25 
 
 
299 aa  205  8e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  38.93 
 
 
301 aa  205  9e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  42.33 
 
 
332 aa  204  1e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  41.98 
 
 
302 aa  205  1e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.91 
 
 
299 aa  204  2e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  42.23 
 
 
293 aa  204  2e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.25 
 
 
299 aa  203  3e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  44.05 
 
 
324 aa  202  4e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2821  tyrosine recombinase XerD  42.57 
 
 
313 aa  201  9.999999999999999e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.346068  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.46 
 
 
301 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.12 
 
 
299 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  43.19 
 
 
313 aa  201  1.9999999999999998e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2788  tyrosine recombinase XerC  43.37 
 
 
343 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0114244  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.24 
 
 
299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  38.08 
 
 
297 aa  201  1.9999999999999998e-50  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  43.42 
 
 
302 aa  200  3e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  42.95 
 
 
302 aa  200  3e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  42.02 
 
 
317 aa  199  3e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1201  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.69 
 
 
321 aa  199  7e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731595  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  42.02 
 
 
317 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2881  tyrosine recombinase XerC  43.04 
 
 
343 aa  198  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312354  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.27 
 
 
298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.12 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.45 
 
 
299 aa  196  3e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  34.01 
 
 
296 aa  196  3e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.8 
 
 
300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1932  tyrosine recombinase XerD  45.28 
 
 
310 aa  196  5.000000000000001e-49  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2695  tyrosine recombinase XerC  43.04 
 
 
342 aa  196  5.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.400065  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  39.86 
 
 
295 aa  196  6e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  41.45 
 
 
346 aa  196  6e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  38.91 
 
 
296 aa  196  6e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  34.62 
 
 
296 aa  195  8.000000000000001e-49  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.03 
 
 
296 aa  195  9e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1524  integrase family protein  36.79 
 
 
300 aa  195  9e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.681425  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.44 
 
 
317 aa  194  1e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2957  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.32 
 
 
318 aa  194  2e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.32 
 
 
318 aa  194  2e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.32 
 
 
318 aa  194  2e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  43.32 
 
 
310 aa  193  3e-48  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1520  tyrosine recombinase XerD  40.63 
 
 
362 aa  192  5e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000383292 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  36.58 
 
 
302 aa  192  7e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  41.55 
 
 
295 aa  192  7e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  37.25 
 
 
302 aa  192  8e-48  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  35.64 
 
 
295 aa  191  9e-48  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  40.86 
 
 
294 aa  192  9e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1312  tyrosine recombinase XerC  34.04 
 
 
298 aa  191  1e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.199373  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1337  tyrosine recombinase XerC  34.04 
 
 
298 aa  191  1e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0149085  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  37.58 
 
 
302 aa  191  2e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.67 
 
 
296 aa  191  2e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1383  integrase family protein  37.37 
 
 
299 aa  190  2e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00162011  normal  0.640047 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2391  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.38 
 
 
311 aa  191  2e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.67 
 
 
296 aa  191  2e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>