More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_998 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  100 
 
 		 302 aa  630  1e-180  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  99.01 
 
 		 302 aa  625  1e-178  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  96.36 
 
 		 302 aa  613  9.999999999999999e-175  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  48.68 
 
 		 296 aa  308  9e-83  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  47.51 
 
 		 295 aa  307  1.0000000000000001e-82  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  46.84 
 
 		 295 aa  293  3e-78  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  49.5 
 
 		 314 aa  291  1e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.67 
 
 		 299 aa  290  2e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4696  integrase family protein  50.33 
 
 		 306 aa  287  1e-76  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.51 
 
 		 296 aa  285  5e-76  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.86 
 
 		 298 aa  285  8e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.36 
 
 		 296 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.36 
 
 		 296 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.36 
 
 		 296 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.36 
 
 		 296 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.36 
 
 		 296 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  48.17 
 
 		 294 aa  283  2.0000000000000002e-75  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  46.18 
 
 		 295 aa  282  4.0000000000000003e-75  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  50.52 
 
 		 313 aa  282  5.000000000000001e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.03 
 
 		 296 aa  282  6.000000000000001e-75  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.03 
 
 		 296 aa  282  6.000000000000001e-75  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.51 
 
 		 296 aa  281  1e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  46.64 
 
 		 296 aa  280  2e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.18 
 
 		 296 aa  279  5e-74  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.18 
 
 		 296 aa  279  5e-74  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  44.52 
 
 		 296 aa  277  1e-73  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  46.15 
 
 		 302 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  43.42 
 
 		 296 aa  273  2.0000000000000002e-72  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1450  integrase family protein  48.8 
 
 		 299 aa  268  1e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00858396  normal  0.734684 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  48.95 
 
 		 310 aa  265  5e-70  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  43.52 
 
 		 295 aa  264  1e-69  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  42.52 
 
 		 294 aa  263  4e-69  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  45.15 
 
 		 309 aa  261  1e-68  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  44.67 
 
 		 320 aa  261  1e-68  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  45.15 
 
 		 297 aa  258  8e-68  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  42.62 
 
 		 317 aa  258  1e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  43.89 
 
 		 296 aa  258  1e-67  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  44.07 
 
 		 295 aa  256  4e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  41.61 
 
 		 309 aa  253  2.0000000000000002e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1432  tyrosine recombinase XerD  41.36 
 
 		 321 aa  251  1e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0895087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  43.2 
 
 		 295 aa  249  3e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  41.47 
 
 		 304 aa  249  5e-65  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  40.88 
 
 		 297 aa  247  2e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  41.06 
 
 		 306 aa  246  4e-64  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  41.72 
 
 		 295 aa  244  9e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1118  tyrosine recombinase XerD  41.14 
 
 		 304 aa  244  9e-64  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  42.12 
 
 		 317 aa  244  1.9999999999999999e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  41.31 
 
 		 302 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  41.69 
 
 		 294 aa  243  3.9999999999999997e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  41.41 
 
 		 291 aa  241  9e-63  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1524  integrase family protein  41.53 
 
 		 300 aa  241  1e-62  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.681425  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  42.63 
 
 		 304 aa  241  1e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  39.53 
 
 		 295 aa  240  2e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  42.57 
 
 		 307 aa  240  2e-62  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  39.53 
 
 		 295 aa  240  2e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  42.19 
 
 		 295 aa  240  2e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  42.52 
 
 		 298 aa  240  2e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0359  tyrosine recombinase XerD  41.95 
 
 		 290 aa  241  2e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00723526 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  42.09 
 
 		 303 aa  240  2.9999999999999997e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  40.96 
 
 		 310 aa  239  5e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1347  tyrosine recombinase XerD  38.18 
 
 		 306 aa  239  5.999999999999999e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.816733  normal  0.74121 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  39.06 
 
 		 297 aa  238  6.999999999999999e-62  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  41.72 
 
 		 307 aa  238  1e-61  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  41.39 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1687  tyrosine recombinase XerD subunit  42.52 
 
 		 314 aa  237  2e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.06 
 
 		 298 aa  237  2e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  42.52 
 
 		 298 aa  236  3e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.06 
 
 		 298 aa  236  3e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  39.93 
 
 		 311 aa  236  4e-61  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  39.8 
 
 		 304 aa  236  4e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  39.93 
 
 		 298 aa  236  4e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  40.86 
 
 		 292 aa  235  6e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3450  tyrosine recombinase XerD  40.44 
 
 		 322 aa  235  6e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  39.93 
 
 		 308 aa  235  7e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  41.69 
 
 		 292 aa  235  8e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  42.61 
 
 		 298 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  41.36 
 
 		 292 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  40.32 
 
 		 318 aa  234  1.0000000000000001e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.06 
 
 		 298 aa  233  3e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0727  tyrosine recombinase XerD  40.2 
 
 		 304 aa  233  4.0000000000000004e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0817  tyrosine recombinase XerD  39.46 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.763193  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  41.12 
 
 		 293 aa  232  7.000000000000001e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  41.5 
 
 		 298 aa  231  8.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  39.27 
 
 		 302 aa  231  8.000000000000001e-60  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  41.45 
 
 		 293 aa  231  9e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0476  tyrosine recombinase XerD  42.18 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  40.79 
 
 		 294 aa  230  2e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  40.85 
 
 		 306 aa  230  2e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  41.32 
 
 		 290 aa  230  2e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2471  tyrosine recombinase XerD  40.53 
 
 		 302 aa  230  3e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2850  tyrosine recombinase XerD  40.53 
 
 		 302 aa  230  3e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  40.33 
 
 		 305 aa  229  4e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  40.94 
 
 		 299 aa  229  4e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  39.19 
 
 		 302 aa  229  4e-59  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.72 
 
 		 298 aa  229  5e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0590  tyrosine recombinase XerD  39.46 
 
 		 306 aa  229  6e-59  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.93 
 
 		 299 aa  228  7e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  41.41 
 
 		 321 aa  228  7e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.26 
 
 		 299 aa  228  8e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  39.39 
 
 		 308 aa  228  9e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>