More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0927 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  100 
 
 		 304 aa  628  1e-179  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  68.75 
 
 		 304 aa  434  1e-121  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1118  tyrosine recombinase XerD  67.43 
 
 		 304 aa  431  1e-119  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  67.11 
 
 		 306 aa  426  1e-118  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0590  tyrosine recombinase XerD  66.12 
 
 		 306 aa  421  1e-117  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0817  tyrosine recombinase XerD  64.8 
 
 		 305 aa  413  1e-114  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.763193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0727  tyrosine recombinase XerD  60.2 
 
 		 304 aa  389  1e-107  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  46.98 
 
 		 296 aa  283  2.0000000000000002e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  48.3 
 
 		 295 aa  272  6e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.64 
 
 		 296 aa  271  8.000000000000001e-72  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.64 
 
 		 296 aa  271  8.000000000000001e-72  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.97 
 
 		 296 aa  271  8.000000000000001e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.46 
 
 		 299 aa  271  8.000000000000001e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.64 
 
 		 296 aa  271  9e-72  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.64 
 
 		 296 aa  271  1e-71  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.64 
 
 		 296 aa  271  1e-71  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  46.6 
 
 		 295 aa  271  1e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.64 
 
 		 296 aa  271  1e-71  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.64 
 
 		 296 aa  271  1e-71  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.64 
 
 		 296 aa  270  2e-71  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  46.46 
 
 		 295 aa  270  2e-71  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.64 
 
 		 296 aa  270  2e-71  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  46.46 
 
 		 295 aa  270  2e-71  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  43.58 
 
 		 297 aa  269  4e-71  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.3 
 
 		 296 aa  269  5e-71  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  47.28 
 
 		 295 aa  266  4e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  46.94 
 
 		 295 aa  266  4e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  46.9 
 
 		 295 aa  265  5.999999999999999e-70  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  47.62 
 
 		 295 aa  265  7e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2702  site-specific recombinase  42.67 
 
 		 299 aa  265  8e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.84 
 
 		 298 aa  264  2e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  44.07 
 
 		 295 aa  263  3e-69  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2436  tyrosine recombinase XerD  44 
 
 		 305 aa  262  4.999999999999999e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.578966 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  41.69 
 
 		 299 aa  262  4.999999999999999e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  44.07 
 
 		 302 aa  259  3e-68  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2797  tyrosine recombinase XerD  42.47 
 
 		 298 aa  256  4e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.650693  normal  0.205647 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5470  tyrosine recombinase XerD  40.13 
 
 		 316 aa  255  7e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.602612  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  45.39 
 
 		 292 aa  253  3e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  45.73 
 
 		 292 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  44.56 
 
 		 295 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  42.21 
 
 		 308 aa  250  2e-65  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  41.81 
 
 		 302 aa  250  3e-65  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  42.23 
 
 		 297 aa  249  3e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  41.69 
 
 		 295 aa  249  4e-65  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  42.28 
 
 		 296 aa  249  4e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  41.47 
 
 		 302 aa  249  5e-65  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0476  tyrosine recombinase XerD  41.81 
 
 		 302 aa  248  6e-65  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0124  phage integrase family protein  43.89 
 
 		 298 aa  248  7e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.776243  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  42.76 
 
 		 295 aa  248  1e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  42.03 
 
 		 296 aa  247  2e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.69 
 
 		 298 aa  247  2e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1239  hypothetical protein  41.14 
 
 		 299 aa  246  3e-64  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.968724 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  41.14 
 
 		 302 aa  246  3e-64  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.11 
 
 		 298 aa  246  3e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.12 
 
 		 298 aa  246  3e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.45 
 
 		 298 aa  245  6e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  42.42 
 
 		 303 aa  245  6.999999999999999e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  44.11 
 
 		 302 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  43.43 
 
 		 317 aa  241  1e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  41.33 
 
 		 301 aa  239  4e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  41.36 
 
 		 309 aa  238  1e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  42.32 
 
 		 309 aa  237  2e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.22 
 
 		 305 aa  236  3e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  41.55 
 
 		 305 aa  235  8e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  41.22 
 
 		 305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1659  tyrosine recombinase XerD subunit  42.95 
 
 		 296 aa  234  1.0000000000000001e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.538818 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1687  tyrosine recombinase XerD subunit  43.58 
 
 		 314 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  41.16 
 
 		 298 aa  233  3e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0235  Integrase  40.73 
 
 		 308 aa  233  3e-60  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.386202  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  40.54 
 
 		 294 aa  233  3e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  43.43 
 
 		 298 aa  232  5e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2038  tyrosine recombinase XerD  40.26 
 
 		 311 aa  232  6e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.487981  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  40.72 
 
 		 310 aa  232  7.000000000000001e-60  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.08 
 
 		 302 aa  231  8.000000000000001e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  41.47 
 
 		 296 aa  231  1e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  41.41 
 
 		 299 aa  230  2e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.82 
 
 		 298 aa  230  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  39.39 
 
 		 308 aa  230  2e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  40.79 
 
 		 311 aa  230  2e-59  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  38.21 
 
 		 320 aa  230  3e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  39.32 
 
 		 296 aa  229  4e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0023  integrase family protein  40.55 
 
 		 291 aa  229  4e-59  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  38.82 
 
 		 302 aa  229  4e-59  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  39.72 
 
 		 310 aa  229  5e-59  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  43.06 
 
 		 277 aa  228  7e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1432  tyrosine recombinase XerD  41.98 
 
 		 321 aa  228  8e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0895087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  41.44 
 
 		 292 aa  228  9e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  38.49 
 
 		 296 aa  227  1e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  40.98 
 
 		 298 aa  228  1e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  40 
 
 		 300 aa  227  1e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  41.89 
 
 		 298 aa  228  1e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  39.67 
 
 		 346 aa  228  1e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  41.69 
 
 		 308 aa  228  1e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.82 
 
 		 298 aa  227  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  42.66 
 
 		 294 aa  227  2e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  40.39 
 
 		 306 aa  226  3e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.82 
 
 		 298 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.82 
 
 		 298 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.82 
 
 		 298 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.46 
 
 		 298 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>