More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0676 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  100 
 
 		 296 aa  606  9.999999999999999e-173  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  81.63 
 
 		 294 aa  496  1e-139  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  55.41 
 
 		 296 aa  349  3e-95  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  54.05 
 
 		 296 aa  346  3e-94  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  53.22 
 
 		 295 aa  339  2.9999999999999998e-92  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  53.22 
 
 		 295 aa  337  9.999999999999999e-92  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  55.75 
 
 		 291 aa  336  1.9999999999999998e-91  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  49.66 
 
 		 296 aa  325  6e-88  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  49.66 
 
 		 296 aa  324  1e-87  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  49.66 
 
 		 296 aa  324  1e-87  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  49.66 
 
 		 296 aa  323  2e-87  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  49.66 
 
 		 296 aa  323  2e-87  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  49.66 
 
 		 296 aa  323  2e-87  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  49.66 
 
 		 296 aa  323  2e-87  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  49.66 
 
 		 296 aa  323  2e-87  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.58 
 
 		 299 aa  323  3e-87  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  49.66 
 
 		 296 aa  323  3e-87  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  49.32 
 
 		 296 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  49.32 
 
 		 296 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  51.2 
 
 		 298 aa  319  3.9999999999999996e-86  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  48.81 
 
 		 295 aa  300  2e-80  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  46.28 
 
 		 296 aa  295  7e-79  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  45.83 
 
 		 294 aa  289  5.0000000000000004e-77  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  47.12 
 
 		 295 aa  287  1e-76  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  44.41 
 
 		 295 aa  287  1e-76  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  47.12 
 
 		 295 aa  287  1e-76  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  44.78 
 
 		 302 aa  282  4.0000000000000003e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  45.18 
 
 		 302 aa  280  2e-74  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  44.52 
 
 		 302 aa  277  1e-73  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  44.52 
 
 		 302 aa  276  4e-73  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1555  tyrosine recombinase XerD  48.15 
 
 		 290 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  45.7 
 
 		 295 aa  270  2e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  43.69 
 
 		 297 aa  268  7e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  44.63 
 
 		 314 aa  268  8.999999999999999e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  45.14 
 
 		 295 aa  267  2e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  45.08 
 
 		 295 aa  265  5.999999999999999e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  45.86 
 
 		 302 aa  265  8e-70  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  44.44 
 
 		 295 aa  265  8.999999999999999e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  42.67 
 
 		 320 aa  264  2e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1450  integrase family protein  43.51 
 
 		 299 aa  261  8.999999999999999e-69  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00858396  normal  0.734684 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1687  tyrosine recombinase XerD subunit  43.4 
 
 		 314 aa  259  3e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  43.75 
 
 		 298 aa  258  1e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  39.32 
 
 		 297 aa  256  3e-67  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  44.76 
 
 		 310 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  44.44 
 
 		 303 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  44.79 
 
 		 294 aa  254  2.0000000000000002e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  44.03 
 
 		 296 aa  253  3e-66  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  43.75 
 
 		 292 aa  251  7e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  42.55 
 
 		 313 aa  251  9.000000000000001e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4696  integrase family protein  45.07 
 
 		 306 aa  251  1e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  43.15 
 
 		 321 aa  251  1e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  41.02 
 
 		 307 aa  249  3e-65  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.08 
 
 		 298 aa  249  3e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  43.06 
 
 		 292 aa  248  6e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  41.02 
 
 		 307 aa  248  7e-65  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.47 
 
 		 298 aa  246  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  41.67 
 
 		 298 aa  246  4e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  40.68 
 
 		 303 aa  245  4.9999999999999997e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.62 
 
 		 298 aa  245  6e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  41.84 
 
 		 300 aa  244  8e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.53 
 
 		 298 aa  245  8e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  42.56 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  41.33 
 
 		 298 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  40.97 
 
 		 309 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  41.64 
 
 		 313 aa  243  3e-63  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  40 
 
 		 307 aa  242  5e-63  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2850  tyrosine recombinase XerD  40.62 
 
 		 302 aa  242  7e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2471  tyrosine recombinase XerD  40.62 
 
 		 302 aa  242  7e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  40.46 
 
 		 304 aa  241  7.999999999999999e-63  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  43.25 
 
 		 290 aa  241  7.999999999999999e-63  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  40.62 
 
 		 309 aa  241  9e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25380  tyrosine recombinase XerD subunit  36.58 
 
 		 311 aa  241  9e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.732719 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  40.34 
 
 		 302 aa  241  1e-62  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1432  tyrosine recombinase XerD  40.42 
 
 		 321 aa  241  1e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0895087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  40.48 
 
 		 296 aa  240  2e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3450  tyrosine recombinase XerD  38.59 
 
 		 322 aa  240  2e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  41.18 
 
 		 302 aa  239  2.9999999999999997e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  35.88 
 
 		 318 aa  239  2.9999999999999997e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1524  integrase family protein  44.29 
 
 		 300 aa  239  4e-62  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.681425  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  43.3 
 
 		 309 aa  239  5e-62  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  41.5 
 
 		 300 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  42.52 
 
 		 305 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  36.27 
 
 		 346 aa  238  8e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.98 
 
 		 298 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  41.16 
 
 		 300 aa  238  1e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  39.18 
 
 		 306 aa  236  2e-61  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3331  tyrosine recombinase XerD  41.16 
 
 		 300 aa  236  2e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  40 
 
 		 295 aa  237  2e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  37.24 
 
 		 306 aa  237  2e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1659  tyrosine recombinase XerD subunit  40.62 
 
 		 296 aa  236  3e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.538818 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5643  tyrosine recombinase XerD  39.24 
 
 		 299 aa  236  3e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.776137 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  38.98 
 
 		 301 aa  236  4e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.96 
 
 		 298 aa  235  6e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  41.67 
 
 		 309 aa  235  6e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  41.32 
 
 		 309 aa  235  7e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  40.62 
 
 		 305 aa  235  8e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.64 
 
 		 298 aa  235  8e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  40.83 
 
 		 301 aa  235  8e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  36.81 
 
 		 324 aa  235  8e-61  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  37.42 
 
 		 310 aa  234  9e-61  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>