More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_623 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  100 
 
 		 307 aa  629  1e-179  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  97.72 
 
 		 307 aa  618  1e-176  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  94.46 
 
 		 307 aa  599  1e-170  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  45.08 
 
 		 295 aa  276  2e-73  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  48.25 
 
 		 298 aa  269  5e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.97 
 
 		 298 aa  267  2e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  44.59 
 
 		 296 aa  266  5e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.97 
 
 		 299 aa  265  5e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  46.69 
 
 		 313 aa  264  1e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  46.44 
 
 		 295 aa  263  2e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.91 
 
 		 296 aa  262  4.999999999999999e-69  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  45.08 
 
 		 295 aa  261  1e-68  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  45.08 
 
 		 295 aa  261  1e-68  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  44.07 
 
 		 295 aa  260  2e-68  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.24 
 
 		 296 aa  259  4e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.24 
 
 		 296 aa  259  4e-68  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.24 
 
 		 296 aa  259  4e-68  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.24 
 
 		 296 aa  259  4e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.24 
 
 		 296 aa  259  4e-68  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.24 
 
 		 296 aa  259  5.0000000000000005e-68  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.24 
 
 		 296 aa  259  5.0000000000000005e-68  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  44.26 
 
 		 296 aa  258  7e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.91 
 
 		 296 aa  258  1e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.91 
 
 		 296 aa  258  1e-67  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.57 
 
 		 296 aa  257  2e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  44.41 
 
 		 298 aa  255  8e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2695  tyrosine recombinase XerC  46 
 
 		 342 aa  254  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.400065  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2881  tyrosine recombinase XerC  46.49 
 
 		 343 aa  253  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312354  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.21 
 
 		 298 aa  253  2.0000000000000002e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  45.3 
 
 		 294 aa  253  2.0000000000000002e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2788  tyrosine recombinase XerC  46.49 
 
 		 343 aa  253  3e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0114244  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  45.49 
 
 		 290 aa  253  3e-66  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  45.3 
 
 		 302 aa  252  5.000000000000001e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.83 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  41.02 
 
 		 296 aa  249  3e-65  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.83 
 
 		 299 aa  249  3e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.14 
 
 		 299 aa  249  4e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.14 
 
 		 299 aa  249  4e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.14 
 
 		 299 aa  249  5e-65  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  46.69 
 
 		 332 aa  249  5e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.14 
 
 		 299 aa  249  5e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.14 
 
 		 299 aa  248  8e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  44.41 
 
 		 295 aa  248  1e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.64 
 
 		 298 aa  248  1e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.79 
 
 		 299 aa  247  2e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.79 
 
 		 299 aa  247  2e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2689  tyrosine recombinase XerC  44.63 
 
 		 311 aa  247  2e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.147909 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  43.08 
 
 		 317 aa  246  4e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  42.09 
 
 		 302 aa  246  4e-64  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.14 
 
 		 299 aa  245  4.9999999999999997e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.79 
 
 		 301 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  41.89 
 
 		 304 aa  244  9.999999999999999e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  41.18 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  41.61 
 
 		 297 aa  244  9.999999999999999e-64  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  44.04 
 
 		 294 aa  243  3e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  44.52 
 
 		 293 aa  243  3.9999999999999997e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  41.1 
 
 		 300 aa  243  3.9999999999999997e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4696  integrase family protein  44.6 
 
 		 306 aa  243  3.9999999999999997e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  45.55 
 
 		 308 aa  242  7e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  44.19 
 
 		 293 aa  241  7.999999999999999e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  43.05 
 
 		 301 aa  241  1e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  42.05 
 
 		 302 aa  239  2.9999999999999997e-62  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  42.56 
 
 		 296 aa  239  4e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  41.69 
 
 		 346 aa  239  5e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  42.48 
 
 		 317 aa  238  8e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  42.66 
 
 		 295 aa  238  9e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2850  tyrosine recombinase XerD  41.78 
 
 		 302 aa  238  1e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  41.72 
 
 		 302 aa  238  1e-61  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  40.79 
 
 		 304 aa  238  1e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2471  tyrosine recombinase XerD  41.78 
 
 		 302 aa  238  1e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  44.64 
 
 		 298 aa  237  2e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1488  tyrosine recombinase XerD  44.33 
 
 		 304 aa  237  2e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  43.99 
 
 		 309 aa  237  2e-61  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1524  integrase family protein  42.71 
 
 		 300 aa  236  3e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.681425  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.98 
 
 		 298 aa  236  3e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1687  tyrosine recombinase XerD subunit  42.03 
 
 		 314 aa  236  3e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  41.69 
 
 		 298 aa  236  3e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  42.67 
 
 		 324 aa  236  3e-61  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  41.39 
 
 		 302 aa  236  4e-61  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1383  integrase family protein  45.73 
 
 		 299 aa  236  4e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00162011  normal  0.640047 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  41.28 
 
 		 297 aa  236  4e-61  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  42.03 
 
 		 298 aa  236  4e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.56 
 
 		 318 aa  236  5.0000000000000005e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.56 
 
 		 318 aa  236  5.0000000000000005e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  42.66 
 
 		 303 aa  235  7e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  40.82 
 
 		 296 aa  235  7e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2957  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.56 
 
 		 318 aa  235  7e-61  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  42.86 
 
 		 305 aa  235  8e-61  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.64 
 
 		 298 aa  235  9e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03687  site-specific tyrosine recombinase XerC  41.89 
 
 		 298 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.446663  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03636  hypothetical protein  41.89 
 
 		 298 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.487194  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4330  site-specific tyrosine recombinase XerC  41.89 
 
 		 298 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4168  tyrosine recombinase XerC  41.89 
 
 		 298 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4271  site-specific tyrosine recombinase XerC  41.89 
 
 		 298 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4036  site-specific tyrosine recombinase XerC  41.89 
 
 		 298 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  41.89 
 
 		 298 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0208532 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0476  tyrosine recombinase XerD  41.02 
 
 		 302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  42 
 
 		 296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2821  tyrosine recombinase XerD  43.62 
 
 		 313 aa  233  2.0000000000000002e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.346068  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4196  site-specific tyrosine recombinase XerC  41.89 
 
 		 298 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0689633  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>