More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0704 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  100 
 
 		 305 aa  627  1e-179  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10430  site-specific recombinase XerD  46.56 
 
 		 313 aa  294  1e-78  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00129547  unclonable  0.000000000966981 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1412  integrase family protein  48.51 
 
 		 323 aa  286  2e-76  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.157207  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.7 
 
 		 298 aa  257  2e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07060  site-specific recombinase XerD  44.74 
 
 		 315 aa  256  4e-67  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.273434 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  42.38 
 
 		 298 aa  251  1e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.38 
 
 		 298 aa  250  2e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  42.02 
 
 		 303 aa  251  2e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  45.42 
 
 		 299 aa  251  2e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.38 
 
 		 298 aa  249  3e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.2 
 
 		 298 aa  247  1e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 		 298 aa  247  1e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.18 
 
 		 298 aa  246  4e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.52 
 
 		 298 aa  245  6e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.52 
 
 		 298 aa  245  6e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.73 
 
 		 299 aa  245  8e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.73 
 
 		 299 aa  244  9e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.39 
 
 		 298 aa  243  1.9999999999999999e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  40.67 
 
 		 298 aa  243  1.9999999999999999e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.72 
 
 		 298 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.05 
 
 		 298 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  40.4 
 
 		 297 aa  243  3e-63  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.71 
 
 		 300 aa  241  7e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.05 
 
 		 299 aa  241  7e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.05 
 
 		 299 aa  241  7e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.05 
 
 		 299 aa  241  7e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.33 
 
 		 296 aa  241  7.999999999999999e-63  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.33 
 
 		 296 aa  241  7.999999999999999e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.25 
 
 		 299 aa  240  2e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 		 294 aa  240  2e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  42.23 
 
 		 299 aa  239  4e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  43.2 
 
 		 307 aa  239  5.999999999999999e-62  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  40.78 
 
 		 277 aa  238  1e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.02 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  41.02 
 
 		 305 aa  237  2e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.67 
 
 		 296 aa  236  3e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.67 
 
 		 296 aa  236  3e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.67 
 
 		 296 aa  236  4e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  42.24 
 
 		 302 aa  236  5.0000000000000005e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  42.18 
 
 		 308 aa  235  5.0000000000000005e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  43 
 
 		 302 aa  235  6e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  42.86 
 
 		 307 aa  235  8e-61  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  42.37 
 
 		 296 aa  235  8e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.33 
 
 		 296 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  42.96 
 
 		 307 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  40.68 
 
 		 296 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.33 
 
 		 296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.33 
 
 		 296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.33 
 
 		 296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.33 
 
 		 296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.02 
 
 		 305 aa  233  3e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  40.82 
 
 		 308 aa  233  4.0000000000000004e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.61 
 
 		 298 aa  232  5e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.33 
 
 		 296 aa  232  5e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  39.66 
 
 		 296 aa  232  5e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  41.69 
 
 		 309 aa  232  6e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.33 
 
 		 299 aa  232  6e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.22 
 
 		 298 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.22 
 
 		 298 aa  232  8.000000000000001e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  41.22 
 
 		 298 aa  232  8.000000000000001e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.22 
 
 		 298 aa  232  8.000000000000001e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.22 
 
 		 298 aa  232  8.000000000000001e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.22 
 
 		 298 aa  232  8.000000000000001e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.22 
 
 		 298 aa  232  8.000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  41.22 
 
 		 298 aa  232  8.000000000000001e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.89 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  41.02 
 
 		 295 aa  231  1e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.89 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  39.32 
 
 		 295 aa  231  1e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.89 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.89 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.89 
 
 		 298 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.22 
 
 		 298 aa  230  2e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1432  tyrosine recombinase XerD  39.66 
 
 		 321 aa  230  2e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0895087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  38.61 
 
 		 302 aa  229  3e-59  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  40.74 
 
 		 302 aa  229  3e-59  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  42.52 
 
 		 300 aa  229  4e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  39.66 
 
 		 309 aa  229  5e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  41.84 
 
 		 300 aa  228  9e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  36.18 
 
 		 302 aa  228  9e-59  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  38.67 
 
 		 320 aa  228  1e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  41.5 
 
 		 300 aa  228  1e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0726  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.36 
 
 		 333 aa  228  1e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218987  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1313  tyrosine recombinase XerD  40.58 
 
 		 309 aa  228  1e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1067  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.36 
 
 		 305 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  40.96 
 
 		 309 aa  227  2e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0750  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.93 
 
 		 311 aa  226  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  40.82 
 
 		 309 aa  227  2e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  38.85 
 
 		 297 aa  226  3e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3331  tyrosine recombinase XerD  41.36 
 
 		 300 aa  226  3e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  40.82 
 
 		 300 aa  226  4e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  40.82 
 
 		 309 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0369  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.02 
 
 		 305 aa  225  6e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.39 
 
 		 311 aa  225  6e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2607  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.34 
 
 		 322 aa  225  6e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  40.92 
 
 		 298 aa  225  6e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0669  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.02 
 
 		 305 aa  225  6e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  37.63 
 
 		 295 aa  225  7e-58  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2504  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.02 
 
 		 329 aa  225  7e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2788  tyrosine recombinase XerC  41.22 
 
 		 343 aa  225  7e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0114244  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>