More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_25380 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_25380  tyrosine recombinase XerD subunit  100 
 
 		 311 aa  603  1.0000000000000001e-171  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.732719 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5431  tyrosine recombinase XerD  74.58 
 
 		 299 aa  382  1e-105  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.060431  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11716  site-specific tyrosine recombinase XerD  66.12 
 
 		 311 aa  375  1e-103  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.162629 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  66.67 
 
 		 324 aa  373  1e-102  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  67 
 
 		 318 aa  372  1e-102  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  67 
 
 		 318 aa  372  1e-102  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  67.33 
 
 		 317 aa  373  1e-102  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2957  site-specific tyrosine recombinase XerD  66.67 
 
 		 318 aa  370  1e-101  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  65.33 
 
 		 314 aa  365  1e-100  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  64.69 
 
 		 311 aa  358  4e-98  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2994  tyrosine recombinase XerD  65.68 
 
 		 315 aa  356  2.9999999999999997e-97  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1201  site-specific tyrosine recombinase XerD  64.31 
 
 		 321 aa  353  2e-96  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731595  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  62.66 
 
 		 318 aa  348  1e-94  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  60.97 
 
 		 306 aa  344  1e-93  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1489  tyrosine recombinase XerD  65.47 
 
 		 313 aa  343  2e-93  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.966498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  62.13 
 
 		 346 aa  340  1e-92  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1520  tyrosine recombinase XerD  60.78 
 
 		 362 aa  340  2e-92  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000383292 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2821  tyrosine recombinase XerD  65.78 
 
 		 313 aa  333  2e-90  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.346068  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1915  site-specific tyrosine recombinase XerD  65.18 
 
 		 345 aa  332  5e-90  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.279776  hitchhiker  0.00138491 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  59.28 
 
 		 317 aa  322  4e-87  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1560  tyrosine recombinase XerD  60.84 
 
 		 331 aa  322  4e-87  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.736869  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2992  tyrosine recombinase XerD  62.79 
 
 		 308 aa  320  1.9999999999999998e-86  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1932  tyrosine recombinase XerD  59.67 
 
 		 310 aa  317  2e-85  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0971  integrase family protein  60.06 
 
 		 328 aa  315  7e-85  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1924  site-specific tyrosine recombinase XerD  65.81 
 
 		 325 aa  305  8.000000000000001e-82  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.239497 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4062  tyrosine recombinase XerD  59.82 
 
 		 353 aa  303  2.0000000000000002e-81  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.159612  normal  0.47475 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14190  tyrosine recombinase XerD  60.73 
 
 		 321 aa  300  2e-80  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.127512  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  55.41 
 
 		 310 aa  291  8e-78  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  53.29 
 
 		 301 aa  287  2e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15290  tyrosine recombinase XerD subunit  58.65 
 
 		 332 aa  286  2.9999999999999996e-76  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.203953  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3153  tyrosine recombinase XerD  56.62 
 
 		 443 aa  279  4e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.408525  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2159  tyrosine recombinase XerD  59.87 
 
 		 311 aa  276  2e-73  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2834  integrase family protein  54.02 
 
 		 314 aa  269  5e-71  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.061361  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  41.53 
 
 		 295 aa  268  8e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3139  phage integrase family protein  59.74 
 
 		 344 aa  266  2e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.424721  normal  0.214127 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1758  integrase family protein  57.19 
 
 		 383 aa  263  4e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0488752  hitchhiker  0.0032662 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.27 
 
 		 299 aa  258  8e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  38.54 
 
 		 296 aa  251  1e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.05 
 
 		 296 aa  251  1e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.39 
 
 		 296 aa  250  2e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.39 
 
 		 296 aa  250  2e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.05 
 
 		 296 aa  250  2e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.05 
 
 		 296 aa  249  5e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.05 
 
 		 296 aa  249  5e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  42.52 
 
 		 296 aa  248  1e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.05 
 
 		 296 aa  248  1e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.05 
 
 		 296 aa  248  1e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.05 
 
 		 296 aa  248  1e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.05 
 
 		 296 aa  248  1e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.05 
 
 		 296 aa  248  1e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  47.62 
 
 		 295 aa  247  2e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.15 
 
 		 298 aa  247  2e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0478  tyrosine recombinase XerD  44.22 
 
 		 319 aa  244  9.999999999999999e-64  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  46.42 
 
 		 292 aa  243  1.9999999999999999e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  38.64 
 
 		 295 aa  242  5e-63  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  48.98 
 
 		 298 aa  242  5e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  36.58 
 
 		 296 aa  241  9e-63  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  45.73 
 
 		 292 aa  241  1e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1687  tyrosine recombinase XerD subunit  48.98 
 
 		 314 aa  241  1e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0235  Integrase  45.85 
 
 		 308 aa  241  1e-62  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.386202  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  47.46 
 
 		 309 aa  238  6.999999999999999e-62  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  46.36 
 
 		 302 aa  236  2e-61  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  42.62 
 
 		 295 aa  237  2e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  44.71 
 
 		 295 aa  236  3e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  48.3 
 
 		 298 aa  236  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  45.45 
 
 		 294 aa  234  1.0000000000000001e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  44.37 
 
 		 295 aa  229  3e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  41.95 
 
 		 320 aa  230  3e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  44.59 
 
 		 317 aa  230  3e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  45.42 
 
 		 302 aa  229  3e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  43.34 
 
 		 295 aa  229  5e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  34.68 
 
 		 294 aa  228  7e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  41.16 
 
 		 307 aa  228  8e-59  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  44.07 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  41.16 
 
 		 307 aa  226  3e-58  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  37.25 
 
 		 291 aa  225  9e-58  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  41.16 
 
 		 307 aa  224  1e-57  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15230  site-specific tyrosine recombinase XerD  50.95 
 
 		 316 aa  224  1e-57  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0614301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  37.99 
 
 		 302 aa  224  2e-57  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  37.87 
 
 		 295 aa  224  2e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  37.87 
 
 		 295 aa  224  2e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  38.11 
 
 		 302 aa  223  3e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  40.65 
 
 		 306 aa  221  9e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  42.66 
 
 		 295 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  37.99 
 
 		 302 aa  221  9.999999999999999e-57  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  38.8 
 
 		 296 aa  221  1.9999999999999999e-56  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  38.93 
 
 		 297 aa  218  7.999999999999999e-56  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  41.28 
 
 		 308 aa  218  8.999999999999998e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1239  hypothetical protein  38.8 
 
 		 299 aa  217  2.9999999999999998e-55  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.968724 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0476  tyrosine recombinase XerD  42.05 
 
 		 302 aa  216  4e-55  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2258  tyrosine recombinase XerD  48.98 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  40.74 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  42.32 
 
 		 294 aa  214  1.9999999999999998e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  41.98 
 
 		 295 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  38.69 
 
 		 304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  43.05 
 
 		 293 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  39.23 
 
 		 303 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  38.87 
 
 		 304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0817  tyrosine recombinase XerD  38.41 
 
 		 305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.763193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  43.05 
 
 		 293 aa  211  9e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>