More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_5643 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_5643  tyrosine recombinase XerD  100 
 
 
299 aa  600  1.0000000000000001e-171  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.776137 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  50.51 
 
 
295 aa  285  8e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  51.86 
 
 
295 aa  284  1.0000000000000001e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  46.44 
 
 
295 aa  282  6.000000000000001e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  49.83 
 
 
295 aa  280  2e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  50.51 
 
 
292 aa  278  8e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  49.49 
 
 
292 aa  274  1.0000000000000001e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  48.45 
 
 
299 aa  273  3e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  50.68 
 
 
298 aa  272  6e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  49.15 
 
 
297 aa  268  5.9999999999999995e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  47.06 
 
 
296 aa  268  8e-71  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  49.83 
 
 
295 aa  268  1e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  47.06 
 
 
296 aa  267  2e-70  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.71 
 
 
296 aa  266  4e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.71 
 
 
296 aa  265  5e-70  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.71 
 
 
296 aa  265  5e-70  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.71 
 
 
296 aa  265  5e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.71 
 
 
296 aa  265  5e-70  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.71 
 
 
296 aa  265  5e-70  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.71 
 
 
296 aa  265  5e-70  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.71 
 
 
296 aa  265  5e-70  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.71 
 
 
296 aa  265  5e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  47.8 
 
 
295 aa  260  2e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  48.98 
 
 
296 aa  259  3e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  45.73 
 
 
295 aa  258  1e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  40.88 
 
 
296 aa  257  2e-67  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  43.99 
 
 
296 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  48.47 
 
 
302 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  46.96 
 
 
295 aa  249  3e-65  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  42.42 
 
 
297 aa  250  3e-65  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  45.76 
 
 
298 aa  249  4e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  48.01 
 
 
277 aa  248  7e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  46.21 
 
 
308 aa  248  9e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  42.91 
 
 
295 aa  247  1e-64  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  46.78 
 
 
295 aa  248  1e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  49.13 
 
 
298 aa  247  1e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  47.93 
 
 
298 aa  246  2e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  47.44 
 
 
298 aa  246  3e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  47.44 
 
 
298 aa  246  3e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  48.76 
 
 
299 aa  246  3e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  47.44 
 
 
298 aa  246  3e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  47.44 
 
 
298 aa  246  3e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  47.44 
 
 
298 aa  246  3e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  47.44 
 
 
298 aa  246  3e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  43.05 
 
 
301 aa  246  3e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  47.44 
 
 
298 aa  246  3e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  45.73 
 
 
294 aa  246  4e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  47.1 
 
 
298 aa  245  8e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2471  tyrosine recombinase XerD  47.4 
 
 
302 aa  245  8e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2850  tyrosine recombinase XerD  47.4 
 
 
302 aa  245  8e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  44.19 
 
 
300 aa  244  9e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  46.13 
 
 
303 aa  244  9e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  48.65 
 
 
308 aa  244  9.999999999999999e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0139  tyrosine recombinase XerD  46.39 
 
 
312 aa  244  1.9999999999999999e-63  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  48.29 
 
 
301 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  39.93 
 
 
296 aa  244  1.9999999999999999e-63  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  47.84 
 
 
298 aa  243  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  47.84 
 
 
298 aa  243  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  47.84 
 
 
298 aa  243  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  47.84 
 
 
298 aa  243  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  47.84 
 
 
298 aa  243  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  43.81 
 
 
303 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  44.19 
 
 
300 aa  242  3.9999999999999997e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  48.61 
 
 
298 aa  243  3.9999999999999997e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0057  tyrosine recombinase XerD  45.92 
 
 
312 aa  242  5e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3012  tyrosine recombinase XerD subunit  48.1 
 
 
295 aa  242  7e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146868  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  45 
 
 
296 aa  241  7e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  44.9 
 
 
309 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  42.36 
 
 
295 aa  241  1e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  38.54 
 
 
294 aa  241  1e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  42.36 
 
 
295 aa  241  1e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  48.11 
 
 
292 aa  241  1e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  45.52 
 
 
298 aa  240  2e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.83 
 
 
298 aa  240  2e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  47.59 
 
 
305 aa  240  2e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  44.9 
 
 
309 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  43.85 
 
 
300 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0052  phage integrase  45.58 
 
 
312 aa  239  4e-62  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  41.22 
 
 
302 aa  239  4e-62  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.83 
 
 
298 aa  239  5e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  46.39 
 
 
294 aa  239  5e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0651  tyrosine recombinase XerD  43.06 
 
 
297 aa  239  5.999999999999999e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0950079  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  44.19 
 
 
300 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3450  tyrosine recombinase XerD  43.41 
 
 
322 aa  238  6.999999999999999e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  48.29 
 
 
298 aa  238  6.999999999999999e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3331  tyrosine recombinase XerD  44.19 
 
 
300 aa  238  6.999999999999999e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0577  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.36 
 
 
305 aa  238  8e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0855221  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1687  tyrosine recombinase XerD subunit  48.29 
 
 
314 aa  238  8e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0669  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.45 
 
 
305 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0369  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.45 
 
 
305 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1067  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.45 
 
 
305 aa  237  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.58 
 
 
298 aa  238  1e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  44.56 
 
 
309 aa  237  1e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  40.07 
 
 
296 aa  237  2e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0914  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.45 
 
 
333 aa  237  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.1246  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0911  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.45 
 
 
333 aa  237  2e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1659  tyrosine recombinase XerD subunit  45.05 
 
 
296 aa  237  2e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.538818 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  44.56 
 
 
300 aa  236  2e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  47.06 
 
 
299 aa  237  2e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0118  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.45 
 
 
333 aa  237  2e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.412982  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>