More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0047 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  100 
 
 		 314 aa  641    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  81.53 
 
 		 313 aa  520  1e-146  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1450  integrase family protein  62.37 
 
 		 299 aa  372  1e-102  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00858396  normal  0.734684 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4696  integrase family protein  65.85 
 
 		 306 aa  366  1e-100  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  49.83 
 
 		 302 aa  292  6e-78  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  49.5 
 
 		 302 aa  291  1e-77  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  49.5 
 
 		 302 aa  290  2e-77  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  45.69 
 
 		 310 aa  282  5.000000000000001e-75  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  45.64 
 
 		 296 aa  279  6e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  47.64 
 
 		 299 aa  278  1e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  46.31 
 
 		 295 aa  276  3e-73  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  44.63 
 
 		 296 aa  268  1e-70  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  46.64 
 
 		 295 aa  264  1e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  48.83 
 
 		 298 aa  265  1e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.15 
 
 		 296 aa  260  3e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  47.32 
 
 		 295 aa  258  1e-67  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.15 
 
 		 296 aa  256  3e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.81 
 
 		 296 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.81 
 
 		 296 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.81 
 
 		 296 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.48 
 
 		 296 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.48 
 
 		 296 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.48 
 
 		 296 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.15 
 
 		 296 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.15 
 
 		 296 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.48 
 
 		 296 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  47.52 
 
 		 302 aa  253  3e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  44.3 
 
 		 296 aa  251  9.000000000000001e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  41.61 
 
 		 294 aa  247  2e-64  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  41.95 
 
 		 302 aa  243  3e-63  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  46.03 
 
 		 294 aa  238  1e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  41.14 
 
 		 296 aa  234  1.0000000000000001e-60  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1201  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.8 
 
 		 321 aa  232  7.000000000000001e-60  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731595  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  42.62 
 
 		 295 aa  231  1e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  42.07 
 
 		 309 aa  228  9e-59  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  41.75 
 
 		 297 aa  228  1e-58  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1489  tyrosine recombinase XerD  44.08 
 
 		 313 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.966498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  39.67 
 
 		 296 aa  225  7e-58  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  45.71 
 
 		 321 aa  224  1e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  42.62 
 
 		 311 aa  224  2e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.58 
 
 		 298 aa  223  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  43.58 
 
 		 298 aa  223  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.58 
 
 		 298 aa  223  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  43.58 
 
 		 298 aa  223  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.58 
 
 		 298 aa  223  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.58 
 
 		 298 aa  223  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.58 
 
 		 298 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.39 
 
 		 298 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  43.48 
 
 		 306 aa  221  9.999999999999999e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  41.5 
 
 		 291 aa  220  1.9999999999999999e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  38.39 
 
 		 307 aa  219  3e-56  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.39 
 
 		 298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  42.28 
 
 		 294 aa  219  3.9999999999999997e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  40.4 
 
 		 295 aa  218  7e-56  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  42.18 
 
 		 300 aa  218  7e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.24 
 
 		 298 aa  218  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.24 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.24 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.24 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  41.61 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.24 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3331  tyrosine recombinase XerD  41.84 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.67 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.67 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.67 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  42.42 
 
 		 299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.37 
 
 		 299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  41.89 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  41.55 
 
 		 300 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1932  tyrosine recombinase XerD  40.52 
 
 		 310 aa  215  9e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.91 
 
 		 317 aa  215  9e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  38.08 
 
 		 307 aa  214  9.999999999999999e-55  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  39.8 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  40.48 
 
 		 303 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  39.6 
 
 		 297 aa  215  9.999999999999999e-55  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  40.13 
 
 		 324 aa  214  9.999999999999999e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  41.25 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.28 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.44 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.42 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  38.06 
 
 		 307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.37 
 
 		 299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.87 
 
 		 318 aa  213  3.9999999999999995e-54  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.87 
 
 		 318 aa  213  3.9999999999999995e-54  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0890  tyrosine recombinase XerD  41.89 
 
 		 300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267893  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.58 
 
 		 314 aa  213  4.9999999999999996e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.44 
 
 		 299 aa  213  4.9999999999999996e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  41.16 
 
 		 309 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  41.16 
 
 		 300 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  39.58 
 
 		 290 aa  212  7e-54  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  40.85 
 
 		 304 aa  212  7e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  40.27 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2957  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.55 
 
 		 318 aa  211  1e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2992  tyrosine recombinase XerD  42 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  40.82 
 
 		 309 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.76 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  41.55 
 
 		 309 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.76 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.76 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.16 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>