More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3152 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3152  integrase family protein  100 
 
 		 352 aa  739    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2882  phage integrase  60.29 
 
 		 341 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.948794  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3066  phage integrase  59.71 
 
 		 341 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2795  integrase family protein  56.9 
 
 		 350 aa  401  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0861235  normal  0.105042 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1340  phage integrase family protein  56.27 
 
 		 339 aa  398  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.755571  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00832  hypothetical protein  57.1 
 
 		 338 aa  395  1e-109  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0428035  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0909  phage integrase family site specific recombinase  56.8 
 
 		 343 aa  396  1e-109  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.046478  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2951  phage integrase  50.45 
 
 		 336 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.339524  hitchhiker  3.4545800000000002e-18 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3507  phage integrase family protein  52.06 
 
 		 345 aa  354  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000014558 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00815  integrase for prophage  55.73 
 
 		 314 aa  353  2e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0720843  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3514  phage integrase family protein  52.65 
 
 		 336 aa  351  8.999999999999999e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.123025  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2307  integrase family protein  52.84 
 
 		 335 aa  350  2e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.109793  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2622  integrase family protein  51.63 
 
 		 335 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.647869  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1079  integrase  49.71 
 
 		 343 aa  340  2e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0882  integrase family protein  53.8 
 
 		 313 aa  339  5e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2649  integrase family protein  52.82 
 
 		 333 aa  338  8e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.413706  hitchhiker  0.000000656425 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05002  integrase  45.27 
 
 		 345 aa  300  2e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1008  phage integrase  45.35 
 
 		 347 aa  298  8e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0269  integrase family protein  43.31 
 
 		 405 aa  276  5e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5040  prophage CP-933T integrase  42.98 
 
 		 371 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.530892  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2110  phage integrase family protein  42.33 
 
 		 335 aa  261  2e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.717737  hitchhiker  0.00928356 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0716  integrase  42.9 
 
 		 394 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48880  putative bacteriophage integrase  40.23 
 
 		 338 aa  259  6e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000942528  hitchhiker  0.000000101575 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2932  integrase family protein  42.14 
 
 		 318 aa  258  2e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0900  phage integrase family site specific recombinase  41.74 
 
 		 334 aa  251  1e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.198351  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4348  site-specific recombinase, phage integrase family  39.65 
 
 		 326 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.175546  hitchhiker  0.00000000567763 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4307  phage integrase family site specific recombinase  39.82 
 
 		 326 aa  246  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0756066  hitchhiker  0.00146275 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5364  integrase  40.97 
 
 		 332 aa  239  6.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.301624  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2810  integrase  38.94 
 
 		 336 aa  232  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1917  integrase  39.36 
 
 		 375 aa  228  9e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0981  phage integrase family site specific recombinase  37.68 
 
 		 331 aa  228  1e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.896677  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3848  integrase family protein  38.24 
 
 		 327 aa  224  2e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.250043  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3066  integrase  37.35 
 
 		 337 aa  220  3e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0315896  hitchhiker  0.000000103666 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53570  putative integrase  46.37 
 
 		 258 aa  202  9e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000326616  decreased coverage  0.0000890956 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0092  Fels-2 prophage protein  47.09 
 
 		 191 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000678287  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1313  putative integrase  41.18 
 
 		 172 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0718359  normal  0.288713 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1314  phage integrase  57.66 
 
 		 121 aa  134  3e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0188949  normal  0.27853 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3056  integrase family protein  59.34 
 
 		 164 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0372474 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63440  bacteriophage integrase  51.3 
 
 		 126 aa  110  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  29.26 
 
 		 367 aa  100  6e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  25.29 
 
 		 337 aa  84.7  0.000000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  29.06 
 
 		 397 aa  72  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2297  integrative genetic element Ppu40, integrase  28.78 
 
 		 274 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.880812  normal  0.023746 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  25.88 
 
 		 401 aa  70.1  0.00000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  33.33 
 
 		 359 aa  69.7  0.00000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  27.65 
 
 		 397 aa  68.2  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  25.23 
 
 		 334 aa  68.2  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  27.32 
 
 		 290 aa  68.6  0.0000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  29.78 
 
 		 411 aa  67.4  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1178  tyrosine recombinase XerC subunit  22.97 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  26.32 
 
 		 308 aa  66.6  0.0000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  27.98 
 
 		 402 aa  66.2  0.0000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  28.14 
 
 		 310 aa  65.9  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2705  integrase family protein  25.76 
 
 		 304 aa  65.5  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.800791  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0636  phage integrase family site specific recombinase  28.23 
 
 		 308 aa  65.1  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2031  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.12 
 
 		 307 aa  65.1  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1953  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.12 
 
 		 307 aa  65.1  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  26.81 
 
 		 251 aa  64.7  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0631  phage integrase family site specific recombinase  28.23 
 
 		 308 aa  65.1  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.45439  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  29.08 
 
 		 297 aa  65.1  0.000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  26.36 
 
 		 294 aa  64.3  0.000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  29.61 
 
 		 309 aa  64.3  0.000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  28.44 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  27.57 
 
 		 404 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0860  integrase family protein  25.51 
 
 		 370 aa  63.9  0.000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  26.14 
 
 		 297 aa  63.5  0.000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0478  tyrosine recombinase XerD  27.84 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  26.79 
 
 		 311 aa  63.5  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0907  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.59 
 
 		 307 aa  62.8  0.000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2647  phage integrase family protein  25.84 
 
 		 315 aa  62.8  0.000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1698  integrase family protein  30.52 
 
 		 314 aa  62.8  0.000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.23599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0775  phage integrase family protein  28.18 
 
 		 286 aa  62.4  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0341069  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23910  site-specific recombinase XerD  28.45 
 
 		 402 aa  62.4  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.075478  normal  0.15395 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  29.25 
 
 		 332 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3096  tyrosine recombinase XerD subunit  29.09 
 
 		 311 aa  62.4  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00033868  normal  0.385268 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1489  tyrosine recombinase XerD  24.64 
 
 		 313 aa  62  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.966498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3561  Phage integrase  26.81 
 
 		 275 aa  62.4  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3153  tyrosine recombinase XerD  27.71 
 
 		 443 aa  62.8  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.408525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  26.06 
 
 		 337 aa  62.4  0.00000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  28.98 
 
 		 309 aa  62  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0370  phage integrase family protein  25.69 
 
 		 304 aa  61.6  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  27.27 
 
 		 319 aa  62  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2172  tyrosine recombinase XerD  31.79 
 
 		 309 aa  61.6  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0616277  normal  0.178894 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  27.8 
 
 		 388 aa  61.6  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  28.37 
 
 		 400 aa  62  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  0.00000971423 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0669  phage integrase family protein  28.22 
 
 		 343 aa  61.6  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4448  phage integrase family protein  28.19 
 
 		 424 aa  62  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.322677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  29.8 
 
 		 291 aa  62  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  26.46 
 
 		 301 aa  61.2  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  30.39 
 
 		 301 aa  61.6  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3520  integrase family protein  25.62 
 
 		 365 aa  61.2  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  25.69 
 
 		 302 aa  61.2  0.00000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  26.79 
 
 		 282 aa  61.6  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  25.75 
 
 		 338 aa  61.6  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3068  phage integrase family protein  27.36 
 
 		 407 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0319  tyrosine recombinase XerD  26.99 
 
 		 307 aa  62  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.944891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7575  tyrosine recombinase XerD subunit  27.88 
 
 		 308 aa  60.8  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440547  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4398  integrase family protein  30.19 
 
 		 451 aa  61.2  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0364227  hitchhiker  0.00879025 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5304  site-specific recombinase, phage integrase family  25.59 
 
 		 322 aa  60.8  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  26.84 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>