253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3125 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3125  Phage integrase  100 
 
 		 364 aa  744    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  32.48 
 
 		 347 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0495  integrase family protein  32.19 
 
 		 328 aa  125  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.701129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  30.57 
 
 		 340 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  29.43 
 
 		 338 aa  116  5e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  30 
 
 		 334 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1571  site-specific integrase/recombinase  31.25 
 
 		 381 aa  114  3e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3048  integrase family protein  31.77 
 
 		 374 aa  113  6e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0639  integrase family protein  31.27 
 
 		 374 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.988788  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0847  integrase family protein  31.27 
 
 		 374 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3654  Phage integrase  30.6 
 
 		 340 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000207497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  31.42 
 
 		 351 aa  109  9.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  28.94 
 
 		 375 aa  108  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  31.14 
 
 		 330 aa  107  4e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7273  integrase family protein  30.28 
 
 		 380 aa  104  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.488643  normal  0.163849 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0108  shufflon-specific DNA recombinase  30.29 
 
 		 395 aa  104  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3921  phage integrase family protein  27.38 
 
 		 327 aa  103  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470105  hitchhiker  0.00183347 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  30.51 
 
 		 351 aa  102  9e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  28.65 
 
 		 354 aa  100  5e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1655  integrase/recombinase protein  28.26 
 
 		 334 aa  97.8  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  29.88 
 
 		 347 aa  96.7  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  29.88 
 
 		 347 aa  96.7  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0969  integrase family protein  28.32 
 
 		 348 aa  95.9  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.23183  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0807  phage integrase family protein  30.56 
 
 		 323 aa  95.9  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  28.8 
 
 		 337 aa  94  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3178  phage integrase family protein  27.78 
 
 		 339 aa  90.9  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0368902  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7113  integrase family protein  30.33 
 
 		 347 aa  89.4  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00596865 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3039  phage integrase  28.95 
 
 		 339 aa  88.2  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0242  integrase family protein  26.67 
 
 		 373 aa  87  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0401  phage integrase family protein  29.75 
 
 		 332 aa  86.7  6e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  27.87 
 
 		 413 aa  86.3  9e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2847  phage integrase  28.06 
 
 		 366 aa  80.5  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1679  phage integrase family site specific recombinase  30.14 
 
 		 356 aa  79.7  0.00000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.229259  normal  0.0687632 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1808  phage integrase family site specific recombinase  28.28 
 
 		 352 aa  79.3  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.595703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1220  integrase  28.04 
 
 		 286 aa  78.6  0.0000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04371  hypothetical protein  26.99 
 
 		 321 aa  74.3  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  25.56 
 
 		 339 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  25.95 
 
 		 339 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3493  integrase  28 
 
 		 571 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03811  site-specific recombinase XerD  26.21 
 
 		 327 aa  67.4  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2659  integrase family protein  35.07 
 
 		 531 aa  67  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1667  phage integrase family protein  33.97 
 
 		 372 aa  66.6  0.0000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2964  phage integrase  26.79 
 
 		 387 aa  66.2  0.0000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  28.57 
 
 		 354 aa  66.2  0.0000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  28.57 
 
 		 354 aa  66.2  0.0000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0471  integrase family protein  26.17 
 
 		 398 aa  66.2  0.0000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.116709  hitchhiker  0.000616461 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0783  integrase family protein  27.45 
 
 		 465 aa  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.282397  normal  0.170816 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  30.87 
 
 		 367 aa  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3738  hypothetical protein  26.8 
 
 		 384 aa  63.9  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3132  phage integrase family site specific recombinase  27.73 
 
 		 222 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0745  phage integrase family protein  22.09 
 
 		 357 aa  62.8  0.000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.107824 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1633  Phage integrase  23.2 
 
 		 368 aa  62  0.00000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.576304  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  25.63 
 
 		 359 aa  60.5  0.00000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  30.77 
 
 		 402 aa  60.5  0.00000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  26.96 
 
 		 337 aa  60.1  0.00000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0354  phage integrase family site specific recombinase  23.19 
 
 		 355 aa  58.9  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2585  integrase family protein  28.63 
 
 		 324 aa  59.3  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  27.8 
 
 		 411 aa  58.9  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4728  integrase family protein  28.63 
 
 		 324 aa  59.3  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0562  integrase/recombinase  26.3 
 
 		 308 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0843058  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2670  integrase family protein  28.63 
 
 		 324 aa  59.3  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  23.4 
 
 		 353 aa  58.5  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0382  putative site-specific integrase/recombinase  30.48 
 
 		 204 aa  58.2  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1152  integrase family protein  24.61 
 
 		 365 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.379304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3193  integrase family protein  25.68 
 
 		 365 aa  57.8  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.175664  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0045  phage integrase family site specific recombinase  25.85 
 
 		 456 aa  57.8  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.869382  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  27.16 
 
 		 429 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01212  site-specific recombinase, resolvase family protein  28.57 
 
 		 336 aa  57.4  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1583  phage integrase family protein  25.85 
 
 		 451 aa  57.8  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2157  phage integrase  30 
 
 		 363 aa  58.2  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0421336  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3720  phage integrase family protein  25.85 
 
 		 451 aa  57.8  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4398  integrase family protein  25.85 
 
 		 451 aa  57.8  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0364227  hitchhiker  0.00879025 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  23.64 
 
 		 404 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1633  phage integrase  31.39 
 
 		 362 aa  57  0.0000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03598  site-specific recombinase, phage integrase family protein  23.74 
 
 		 380 aa  57  0.0000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.951563  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3278  phage integrase family site specific recombinase  36.15 
 
 		 146 aa  56.2  0.0000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1794  integrase family protein  25.46 
 
 		 343 aa  55.8  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0543031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0366  site-specific recombinase, phage integrase family  25.93 
 
 		 387 aa  55.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  hitchhiker  0.00000000819042 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4029  integrase family protein  27.61 
 
 		 467 aa  55.1  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161912  normal  0.0270341 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0279  phage integrase family protein  23.92 
 
 		 282 aa  55.5  0.000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.033075  hitchhiker  0.000013626 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  23.5 
 
 		 294 aa  55.1  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013386  Adeg_2179  integrase family protein  26.61 
 
 		 288 aa  54.7  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.353401  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3098  integrase family protein  28.89 
 
 		 428 aa  54.3  0.000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  34.81 
 
 		 397 aa  54.3  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0795  phage integrase family protein  25.43 
 
 		 283 aa  53.9  0.000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2234  integrase family protein  24.4 
 
 		 341 aa  53.9  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.533752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2576  integrase family protein  28.9 
 
 		 338 aa  53.9  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.478177  hitchhiker  0.000378812 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2610  integrase family protein  28.9 
 
 		 338 aa  53.9  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0241311  unclonable  5.16639e-16 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  26.32 
 
 		 393 aa  53.9  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2110  phage integrase family protein  25.99 
 
 		 335 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.717737  hitchhiker  0.00928356 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1205  integrase/recombinase XerD  23.44 
 
 		 274 aa  53.5  0.000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4984  prophage LambdaBa03, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  21.9 
 
 		 301 aa  53.1  0.000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5363  prophage lambdaba03, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  21.9 
 
 		 301 aa  53.1  0.000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.256716  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0817  tyrosine recombinase XerD  24.58 
 
 		 305 aa  53.1  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.763193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2810  integrase  24.81 
 
 		 336 aa  52.8  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  28.99 
 
 		 251 aa  52.8  0.000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1807  integrase family protein  26.32 
 
 		 278 aa  52.8  0.000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.73649  hitchhiker  0.0000891918 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1349  integrase family protein  27.1 
 
 		 291 aa  52.8  0.00001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5550  phage integrase family protein  22.5 
 
 		 365 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0497  integrase family protein  31.01 
 
 		 412 aa  52.4  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>