More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2157 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_1633  phage integrase  86.19 
 
 
362 aa  659    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2157  phage integrase  100 
 
 
363 aa  748    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0421336  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6923  integrase family protein  57.73 
 
 
430 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3098  integrase family protein  45.63 
 
 
428 aa  278  9e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7637  integrase family protein  42.9 
 
 
425 aa  250  2e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1208  phage integrase  31.91 
 
 
476 aa  146  5e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0209  phage integrase family protein  32.28 
 
 
379 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3561  Phage integrase  31.86 
 
 
275 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  28.01 
 
 
367 aa  101  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2451  putative integrase/recombinase  28.48 
 
 
382 aa  94.7  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.133057  normal  0.202092 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09660  site-specific recombinase, integrase family  28.74 
 
 
396 aa  94.4  3e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.458441  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  30.13 
 
 
379 aa  89  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  35.37 
 
 
354 aa  87  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  35.37 
 
 
354 aa  87  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  29.55 
 
 
251 aa  86.3  8e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  30.51 
 
 
353 aa  82  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3507  phage integrase family protein  31.31 
 
 
345 aa  81.3  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000014558 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0603  prophage DLP12 integrase  28.03 
 
 
387 aa  80.1  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.591827  normal  0.109932 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  30.67 
 
 
407 aa  79.7  0.00000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  24.92 
 
 
337 aa  79  0.0000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2810  integrase  30.77 
 
 
336 aa  79  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2283  phage integrase family protein  30.58 
 
 
331 aa  77.8  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0805  site-specific recombinase/integrase  26.78 
 
 
396 aa  77.8  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0116297  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  28.2 
 
 
388 aa  78.6  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0600  prophage DLP12 integrase  27.56 
 
 
387 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000371504 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3514  phage integrase family protein  28.64 
 
 
336 aa  77.4  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.123025  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0810  site-specific recombinase/integrase  26.32 
 
 
482 aa  77.4  0.0000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0879139  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0832  Phage integrase  28.29 
 
 
341 aa  77.4  0.0000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3848  integrase family protein  30.18 
 
 
327 aa  75.9  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.250043  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  30.98 
 
 
421 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  31.84 
 
 
402 aa  75.1  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1349  integrase family protein  24.9 
 
 
291 aa  74.3  0.000000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2954  integrase family protein  28.7 
 
 
409 aa  74.3  0.000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1633  Phage integrase  28.42 
 
 
368 aa  74.3  0.000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.576304  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  28.63 
 
 
412 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  26.92 
 
 
411 aa  73.9  0.000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  27.51 
 
 
397 aa  73.9  0.000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1336  integrase family protein  28.8 
 
 
391 aa  73.6  0.000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1062  integrase family protein  23.38 
 
 
391 aa  73.2  0.000000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.489924  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1037  phage integrase family protein  25.45 
 
 
372 aa  73.2  0.000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.197081  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2020  LigA  27.18 
 
 
397 aa  73.2  0.000000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.389387  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3738  hypothetical protein  26.2 
 
 
384 aa  72.8  0.000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00486  predicted integrase  30.26 
 
 
387 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00491  hypothetical protein  30.26 
 
 
387 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  31.25 
 
 
359 aa  72.4  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2649  integrase family protein  27.08 
 
 
333 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.413706  hitchhiker  0.000000656425 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  26.14 
 
 
296 aa  71.2  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  31.82 
 
 
295 aa  70.9  0.00000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4219  phage integrase family protein  29.1 
 
 
463 aa  70.1  0.00000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00310  site-specific recombinase, phage integrase family protein  24.24 
 
 
429 aa  70.1  0.00000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  28.83 
 
 
284 aa  70.1  0.00000000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4502  integrase family protein  27.4 
 
 
290 aa  69.7  0.00000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3119  integrase family protein  28.35 
 
 
427 aa  69.7  0.00000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  26.5 
 
 
378 aa  69.7  0.00000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1487  phage integrase family protein  26.67 
 
 
342 aa  69.7  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.115706  normal  0.63189 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  24.75 
 
 
390 aa  69.7  0.00000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3986  phage integrase family site specific recombinase  34.15 
 
 
172 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  25.54 
 
 
296 aa  69.3  0.00000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2110  phage integrase family protein  30.67 
 
 
335 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.717737  hitchhiker  0.00928356 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1118  tyrosine recombinase XerD  32.11 
 
 
304 aa  69.3  0.0000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0366  site-specific recombinase, phage integrase family  26.86 
 
 
387 aa  68.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  hitchhiker  0.00000000819042 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2582  integrase  28.7 
 
 
349 aa  68.9  0.0000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000812443  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0290  integrase  29.21 
 
 
324 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0955438  normal  0.658855 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1187  integrase family protein  21.99 
 
 
370 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.474728  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0012  integrase family protein  23.68 
 
 
383 aa  68.2  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000168789  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  27.84 
 
 
400 aa  68.6  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  0.00000971423 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  25.17 
 
 
397 aa  68.2  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  26.52 
 
 
337 aa  68.6  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0255  phage integrase  25 
 
 
430 aa  67.4  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4832  phage integrase  28.34 
 
 
291 aa  67.8  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  26.72 
 
 
377 aa  67.8  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0981  phage integrase family site specific recombinase  23.89 
 
 
331 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.896677  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0473  integrase family protein  29.2 
 
 
377 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1647  phage integrase family protein  27.89 
 
 
322 aa  67.4  0.0000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0765801  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1585  phage integrase  27.93 
 
 
286 aa  67.4  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.791115  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3274  phage integrase family site specific recombinase  37.41 
 
 
159 aa  67  0.0000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0722  phage integrase family protein  29.81 
 
 
306 aa  67  0.0000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0599364 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1026  integrase family protein  26.95 
 
 
283 aa  67  0.0000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319361  normal  0.791294 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3520  integrase family protein  26.07 
 
 
365 aa  67  0.0000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5364  integrase  28.57 
 
 
332 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.301624  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2633  phage integrase family protein  27.27 
 
 
419 aa  66.6  0.0000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.89 
 
 
298 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  28.63 
 
 
404 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  26.92 
 
 
294 aa  66.6  0.0000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1592  phage integrase  26.22 
 
 
377 aa  66.6  0.0000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1079  integrase  28.57 
 
 
343 aa  66.2  0.0000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2236  integrase family protein  30.43 
 
 
340 aa  66.2  0.0000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0483412  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  29.24 
 
 
337 aa  66.2  0.0000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  25.55 
 
 
282 aa  66.2  0.0000000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  33.97 
 
 
429 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1777  tyrosine recombinase XerD  28.87 
 
 
290 aa  66.2  0.0000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2723  integrase family protein  26.64 
 
 
313 aa  66.2  0.0000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  29.33 
 
 
330 aa  65.9  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2622  integrase family protein  27.76 
 
 
335 aa  65.5  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.647869  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3662  integrase family protein  25.76 
 
 
389 aa  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000552191  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  26.07 
 
 
305 aa  65.9  0.000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3458  tyrosine recombinase XerD  29.86 
 
 
303 aa  65.9  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.664548  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2244  phage integrase family protein  27.07 
 
 
348 aa  65.9  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.16735  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  29.15 
 
 
334 aa  65.9  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3066  integrase  30.11 
 
 
337 aa  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0315896  hitchhiker  0.000000103666 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>