101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0783 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0783  integrase family protein  100 
 
 		 465 aa  948    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.282397  normal  0.170816 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7273  integrase family protein  27.64 
 
 		 380 aa  94.4  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.488643  normal  0.163849 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3048  integrase family protein  31.43 
 
 		 374 aa  92.4  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0847  integrase family protein  31.02 
 
 		 374 aa  91.7  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3921  phage integrase family protein  29.86 
 
 		 327 aa  89.7  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470105  hitchhiker  0.00183347 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  27.63 
 
 		 375 aa  87.8  4e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0639  integrase family protein  27.16 
 
 		 374 aa  87.8  4e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.988788  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0108  shufflon-specific DNA recombinase  30.22 
 
 		 395 aa  83.2  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  25.95 
 
 		 337 aa  77.8  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  31.52 
 
 		 413 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  29.12 
 
 		 330 aa  73.9  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  24.89 
 
 		 351 aa  72  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  24.89 
 
 		 351 aa  72  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  26.09 
 
 		 334 aa  70.1  0.00000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  28.73 
 
 		 347 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  28.73 
 
 		 347 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1220  integrase  27.27 
 
 		 286 aa  68.9  0.0000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  27.19 
 
 		 367 aa  68.9  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  25.6 
 
 		 354 aa  67.8  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3125  Phage integrase  27.45 
 
 		 364 aa  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3039  phage integrase  30.67 
 
 		 339 aa  65.5  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  30.37 
 
 		 402 aa  65.9  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1016  integrase family protein  25 
 
 		 412 aa  63.5  0.000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04371  hypothetical protein  29.69 
 
 		 321 aa  63.2  0.000000009  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7113  integrase family protein  24.89 
 
 		 347 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00596865 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1655  integrase/recombinase protein  26.02 
 
 		 334 aa  60.1  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3132  phage integrase family site specific recombinase  23.91 
 
 		 222 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0401  phage integrase family protein  25.51 
 
 		 332 aa  59.7  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3005  phage integrase family site specific recombinase  25.45 
 
 		 369 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3300  phage integrase family site specific recombinase  25.45 
 
 		 369 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248425  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1532  phage integrase family site specific recombinase  25.45 
 
 		 369 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3070  prophage DLP12 integrase  25.45 
 
 		 369 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0495  integrase family protein  27.32 
 
 		 328 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.701129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  26.01 
 
 		 379 aa  57.8  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  23.97 
 
 		 340 aa  57.4  0.0000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  27.42 
 
 		 347 aa  56.6  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1583  phage integrase family protein  30.72 
 
 		 451 aa  55.5  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0995  site-specific recombinase, phage integrase family  30.25 
 
 		 349 aa  55.8  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00503137  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1571  site-specific integrase/recombinase  22.38 
 
 		 381 aa  54.7  0.000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2847  phage integrase  26.55 
 
 		 366 aa  54.7  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3720  phage integrase family protein  30.72 
 
 		 451 aa  54.3  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0807  phage integrase family protein  24.07 
 
 		 323 aa  54.3  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4398  integrase family protein  30.72 
 
 		 451 aa  53.9  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0364227  hitchhiker  0.00879025 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  24.44 
 
 		 339 aa  53.9  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3193  integrase family protein  27.46 
 
 		 365 aa  53.9  0.000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.175664  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0045  phage integrase family site specific recombinase  30.54 
 
 		 456 aa  53.5  0.000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.869382  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  24.26 
 
 		 400 aa  53.1  0.000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  0.00000971423 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0398  shufflon-specific DNA recombinase  25.17 
 
 		 356 aa  52.8  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  23.4 
 
 		 359 aa  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0165  integrase family protein  25.53 
 
 		 369 aa  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  27.52 
 
 		 251 aa  52  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4935  putative phage-like integrase  29.05 
 
 		 434 aa  51.2  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1271  integrase family protein  24.74 
 
 		 331 aa  50.8  0.00005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.828065  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1556  site-specific recombinase, phage integrase family  24.74 
 
 		 331 aa  50.8  0.00005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  28.83 
 
 		 338 aa  50.4  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0382  putative site-specific integrase/recombinase  26.49 
 
 		 204 aa  50.4  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3980  phage integrase family protein  25.12 
 
 		 365 aa  49.3  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.356268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0805  site-specific recombinase/integrase  25.21 
 
 		 396 aa  48.9  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0116297  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0272  phage integrase family site specific recombinase  26.87 
 
 		 386 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3152  integrase family protein  25.19 
 
 		 352 aa  49.3  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0969  integrase family protein  21.83 
 
 		 348 aa  48.9  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.23183  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  22.03 
 
 		 339 aa  48.5  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0366  site-specific recombinase, phage integrase family  25 
 
 		 387 aa  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  hitchhiker  0.00000000819042 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2659  integrase family protein  21.34 
 
 		 531 aa  48.5  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2283  phage integrase family protein  23.62 
 
 		 331 aa  47.8  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3738  hypothetical protein  26.67 
 
 		 384 aa  47.8  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0242  integrase family protein  24.67 
 
 		 373 aa  47.8  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  24.86 
 
 		 377 aa  47.8  0.0004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0770  phage integrase family protein  23.56 
 
 		 387 aa  47.4  0.0005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.17567  normal  0.038003 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2964  phage integrase  24.15 
 
 		 387 aa  47.4  0.0006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  26.14 
 
 		 337 aa  47  0.0006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5364  integrase  25.53 
 
 		 332 aa  47.4  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.301624  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2612  phage integrase family protein  24.81 
 
 		 443 aa  47  0.0007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3278  phage integrase family site specific recombinase  30.51 
 
 		 146 aa  46.6  0.0009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0810  site-specific recombinase/integrase  24.79 
 
 		 482 aa  46.2  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0879139  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2900  phage integrase  26.95 
 
 		 391 aa  46.2  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.211341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1927  phage integrase  23.76 
 
 		 379 aa  46.2  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0252061  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2290  phage-related integrase  21.96 
 
 		 346 aa  46.6  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.306481  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0938  Phage integrase  24.89 
 
 		 393 aa  45.4  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.992929  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0064  Phage integrase  23.44 
 
 		 420 aa  45.8  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1037  phage integrase family protein  23.44 
 
 		 372 aa  45.8  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.197081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1049  integrase family protein  22.32 
 
 		 380 aa  45.8  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0290  integrase  24.52 
 
 		 324 aa  45.8  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0955438  normal  0.658855 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2234  integrase family protein  22.71 
 
 		 341 aa  45.1  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.533752  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0366  integrase family protein  25.99 
 
 		 439 aa  45.4  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.134449 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1421  phage integrase family protein  21.33 
 
 		 351 aa  45.1  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  24.52 
 
 		 388 aa  45.1  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  23.56 
 
 		 354 aa  44.7  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  23.56 
 
 		 354 aa  44.7  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1633  Phage integrase  26.14 
 
 		 368 aa  44.3  0.004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.576304  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6923  integrase family protein  25 
 
 		 430 aa  44.7  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0805  phage integrase family protein  25.19 
 
 		 354 aa  44.3  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.431807 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2460  integrase family protein  28.67 
 
 		 415 aa  44.3  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3178  phage integrase family protein  22.89 
 
 		 339 aa  43.9  0.006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0368902  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3063  integrase family protein  22.87 
 
 		 257 aa  43.9  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000494154  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3091  phage integrase family protein  26.88 
 
 		 384 aa  43.9  0.007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1340  phage integrase family protein  26.12 
 
 		 339 aa  43.5  0.008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.755571  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0832  Phage integrase  24.86 
 
 		 341 aa  43.5  0.009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1111  phage integrase family protein  30.33 
 
 		 329 aa  43.5  0.009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.30334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1037  Phage integrase  23.39 
 
 		 338 aa  43.1  0.01  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>