119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3063 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3063  integrase family protein  100 
 
 		 257 aa  531  1e-150  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000494154  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2377  phage integrase family protein  63.27 
 
 		 397 aa  286  2e-76  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.101211  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1783  Phage integrase  50.59 
 
 		 452 aa  271  6e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.552394 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3069  integrase family protein  48.21 
 
 		 436 aa  232  4.0000000000000004e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2319  integrase family protein  34.85 
 
 		 493 aa  161  9e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2118  integrative genetic element Gsu21, integrase  32.5 
 
 		 446 aa  157  1e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2271  hypothetical protein  56.82 
 
 		 337 aa  105  9e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000219474  hitchhiker  0.000127881 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0961  phage integrase  30.29 
 
 		 414 aa  95.5  8e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.531442  unclonable  0.0000381875 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2314  phage integrase family protein  29.6 
 
 		 392 aa  93.2  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0243817  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2851  integrase family protein  31.12 
 
 		 391 aa  91.3  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2356  phage integrase family protein  29.15 
 
 		 392 aa  90.5  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000232607  hitchhiker  0.000274891 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1324  Phage integrase  28.03 
 
 		 411 aa  88.6  8e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000225151  hitchhiker  0.00877617 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0371  phage integrase  31.7 
 
 		 471 aa  88.2  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000000794278  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2022  phage integrase family protein  30.83 
 
 		 407 aa  87  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0581728  decreased coverage  0.0000000356379 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1143  integrase family protein  28.88 
 
 		 412 aa  87  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00000465357  unclonable  7.38755e-19 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0253  integrase family protein  28.99 
 
 		 435 aa  85.5  8e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000373788  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2134  integrase family protein  30.18 
 
 		 407 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.985536 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0288  integrase family protein  28.19 
 
 		 403 aa  84  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2121  Phage integrase  29.69 
 
 		 433 aa  79.7  0.00000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09660  site-specific recombinase, integrase family  33.33 
 
 		 396 aa  77  0.0000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.458441  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2393  phage integrase family site specific recombinase  48.53 
 
 		 412 aa  76.6  0.0000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.682709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2897  phage integrase family protein  30.3 
 
 		 386 aa  75.5  0.0000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0726  phage integrase family protein  28.82 
 
 		 401 aa  75.5  0.0000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000125813  decreased coverage  0.0000000856927 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2315  integrase family protein  39.71 
 
 		 255 aa  73.9  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0961638  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4324  integrase family protein  31.01 
 
 		 396 aa  73.6  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2264  integrase family protein  43.24 
 
 		 428 aa  71.2  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.12232  hitchhiker  0.00139292 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0623  Bbp50  29.65 
 
 		 356 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.951969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2064  integrase family protein  37.5 
 
 		 398 aa  69.3  0.00000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00115414  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0344  phage integrase  26.64 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0123208  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2052  integrase family protein  37.5 
 
 		 431 aa  69.3  0.00000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00969136  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0179  hypothetical protein  29.84 
 
 		 401 aa  68.9  0.00000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1786  phage integrase family site specific recombinase  37.5 
 
 		 426 aa  68.6  0.00000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.942474  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0194  hypothetical protein  29.84 
 
 		 402 aa  68.2  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01322  integrase  38.81 
 
 		 411 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2298  integrase family protein  38.81 
 
 		 411 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000253071  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01332  hypothetical protein  38.81 
 
 		 411 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3251  Int protein  37.14 
 
 		 428 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.383765  hitchhiker  0.0000530695 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2141  hypothetical protein  38.81 
 
 		 140 aa  67  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.256341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0686  phage integrase family protein  27.35 
 
 		 397 aa  66.6  0.0000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0848514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1042  integrase  34.78 
 
 		 430 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000195373 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1107  integrase  34.78 
 
 		 446 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.781225 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3161  integrase family protein  31.84 
 
 		 403 aa  66.6  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1074  integrase  34.78 
 
 		 446 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000184312 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2093  integrase family protein  25.23 
 
 		 385 aa  66.2  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.379176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2497  integrase family protein  28.19 
 
 		 384 aa  65.9  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.355652 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0746  phage integrase family protein  29.55 
 
 		 384 aa  65.9  0.0000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0938  Phage integrase  25.78 
 
 		 393 aa  65.5  0.0000000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.992929  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03202  phage integrase  28.87 
 
 		 292 aa  64.7  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000402051  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01948  integrase  23.97 
 
 		 411 aa  64.3  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1301  integrase family protein  28.99 
 
 		 396 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4084  integrase family protein  26.87 
 
 		 356 aa  62.4  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0800  Phage integrase  26.14 
 
 		 369 aa  62  0.000000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.64955  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1996  bacteriophage integrase family protein  27.45 
 
 		 190 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0601499  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1299  ATP synthase C chain (Lipid-binding protein)(dicyclohexylcarbodiimide-binding protein)  28.42 
 
 		 276 aa  62  0.00000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.138166  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3520  integrase family protein  26.74 
 
 		 365 aa  59.7  0.00000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1615  phage integrase family protein  26.15 
 
 		 368 aa  59.3  0.00000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0481425  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1112  integrase family protein  23.15 
 
 		 338 aa  58.9  0.00000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0272  phage integrase  26.04 
 
 		 424 aa  56.6  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.0000104155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1691  phage integrase family protein  28.17 
 
 		 402 aa  56.6  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.66436 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2359  integrase family protein  26.41 
 
 		 398 aa  55.8  0.0000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.522134  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1181  integrase family protein  35.94 
 
 		 417 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588038 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0145  integrase family protein  26.11 
 
 		 363 aa  55.5  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0766756 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0860  integrase family protein  23.77 
 
 		 370 aa  53.9  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1133  phage integrase  24.34 
 
 		 454 aa  53.1  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00289406  hitchhiker  0.000832848 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24051  hypothetical protein  24.71 
 
 		 368 aa  52  0.000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.639467 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2020  LigA  27.44 
 
 		 397 aa  52  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.389387  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0959  Phage integrase  23.85 
 
 		 392 aa  51.2  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
 
NC_008752  Aave_2325  phage integrase family protein  27.27 
 
 		 403 aa  51.2  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.633234  hitchhiker  0.0000214757 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3720  phage integrase family protein  24.89 
 
 		 451 aa  50.8  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0045  phage integrase family site specific recombinase  24.23 
 
 		 456 aa  50.1  0.00003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.869382  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0524  integrase family protein  25.71 
 
 		 407 aa  50.4  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.236803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2605  integrase family protein  25.13 
 
 		 376 aa  50.4  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0311051  normal  0.282598 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3092  Phage integrase  23.2 
 
 		 386 aa  50.1  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000712508  normal  0.602347 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1724  phage integrase family protein  24.71 
 
 		 378 aa  50.1  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  26.32 
 
 		 414 aa  49.7  0.00004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1995  integrase family protein  24.4 
 
 		 359 aa  50.1  0.00004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1356  phage integrase  33.77 
 
 		 388 aa  49.3  0.00005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000418117  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1583  phage integrase family protein  24.47 
 
 		 451 aa  49.3  0.00006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2621  integrase family protein  24.38 
 
 		 382 aa  48.9  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00000432273  normal  0.433776 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  23.98 
 
 		 354 aa  48.9  0.00009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  23.98 
 
 		 354 aa  48.9  0.00009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4150  phage integrase family protein  25.5 
 
 		 326 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5560  integrase family protein  38.6 
 
 		 273 aa  48.5  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4398  integrase family protein  24.45 
 
 		 451 aa  48.5  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0364227  hitchhiker  0.00879025 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  23.32 
 
 		 367 aa  47.8  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6626  putative prophage integrase  25 
 
 		 386 aa  47.4  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.351385 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1419  integrase family protein  24.31 
 
 		 390 aa  47.4  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.447287  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0783  integrase family protein  24.42 
 
 		 465 aa  46.6  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.282397  normal  0.170816 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  27.09 
 
 		 295 aa  46.2  0.0005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1611  integrase family protein  23.4 
 
 		 375 aa  45.8  0.0007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.115349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1991  metallo-beta-lactamase family protein  28.74 
 
 		 353 aa  45.4  0.0008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1189  integrase family protein  25.77 
 
 		 297 aa  45.4  0.0009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203109  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1743  Phage integrase  27.22 
 
 		 270 aa  44.7  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2219  phage integrase  25.99 
 
 		 378 aa  45.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2252  phage integrase  26.04 
 
 		 305 aa  45.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.442177  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  24.42 
 
 		 393 aa  45.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0039  tyrosine recombinase XerD  24.49 
 
 		 312 aa  45.4  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2665  integrase family protein  24.62 
 
 		 407 aa  45.4  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000119591  normal  0.757223 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2846  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  23.64 
 
 		 344 aa  44.3  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0361729 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3068  phage integrase family protein  23.17 
 
 		 407 aa  43.9  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>