More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4935 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_4935  putative phage-like integrase  100 
 
 
434 aa  878    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0217  phage-related integrase  34.59 
 
 
413 aa  216  5e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838235  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6722  integrase family protein  34 
 
 
413 aa  213  5.999999999999999e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0112  phage integrase family protein  35.47 
 
 
413 aa  212  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.525516  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3396  integrase family protein  32.58 
 
 
414 aa  193  6e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.194125  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2093  integrase family protein  30.29 
 
 
400 aa  171  2e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0306  phage integrase  30.02 
 
 
417 aa  171  3e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2460  integrase family protein  41.53 
 
 
415 aa  168  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1844  phage integrase family protein  28.01 
 
 
426 aa  167  4e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1170  phage integrase family protein  37.45 
 
 
412 aa  164  4.0000000000000004e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00333929  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2900  phage integrase  33.26 
 
 
391 aa  160  3e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.211341  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3867  phage integrase  42.68 
 
 
400 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2211  phage integrase  30.33 
 
 
423 aa  135  9.999999999999999e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.684899  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1859  phage integrase family protein  27.49 
 
 
427 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0222826  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0357  integrase family protein  31.36 
 
 
389 aa  134  3e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3306  Phage integrase  28.33 
 
 
450 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.889733  normal  0.962231 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3683  phage integrase family protein  33.47 
 
 
444 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3121  phage integrase family protein  26.93 
 
 
449 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1761  integrase family protein  32.31 
 
 
361 aa  109  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1046  integrase family protein  28.67 
 
 
410 aa  103  7e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000192278  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3823  phage-related integrase  28.79 
 
 
403 aa  101  3e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3082  phage integrase family protein  27.15 
 
 
437 aa  100  7e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0805  integrase family protein  25.05 
 
 
433 aa  100  7e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00339873 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2119  integrative genetic element Gsu56, integrase  31.09 
 
 
453 aa  98.6  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0366  integrase family protein  26.26 
 
 
439 aa  97.8  3e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.134449 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0072  hypothetical protein  24.77 
 
 
406 aa  97.4  5e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0927  phage integrase family protein  26.94 
 
 
425 aa  92.8  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000881827 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0395  phage integrase family protein  30.8 
 
 
396 aa  91.3  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436905  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3112  integrase family protein  25.69 
 
 
418 aa  90.9  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0308  integrase or site-specific recombinase  28.38 
 
 
414 aa  90.9  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0813  integrase family protein  26.74 
 
 
427 aa  90.9  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000471518 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0112  phage integrase family site specific recombinase  28.21 
 
 
409 aa  90.5  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.246788  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3232  phage integrase family site specific recombinase  27.02 
 
 
409 aa  90.5  5e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2416  integrase family protein  27.33 
 
 
443 aa  89.7  8e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0097  phage integrase family site specific recombinase  28.21 
 
 
409 aa  89.4  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.89883  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2428  phage integrase family protein  27.13 
 
 
398 aa  86.7  7e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0129894  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3455  integrase family protein  28.79 
 
 
410 aa  86.3  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3935  site-specific recombinase, phage integrase family  27.93 
 
 
420 aa  85.5  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.191126  decreased coverage  0.00000299734 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3101  phage integrase family protein  24.71 
 
 
395 aa  85.1  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.241472 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1371  phage integrase family protein  23.19 
 
 
453 aa  84.7  0.000000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1066  hypothetical protein  24.67 
 
 
414 aa  84  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2823  putative phage integrase  24.22 
 
 
440 aa  84.3  0.000000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.339344  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7388  putative integrase  25.61 
 
 
432 aa  84  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2486  hypothetical protein  31.71 
 
 
413 aa  82.8  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1237  integrase family protein  25.34 
 
 
401 aa  82.8  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.184026  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1967  integrase family protein  24.83 
 
 
429 aa  82.4  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.211541  normal  0.0364461 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1088  hypothetical protein  24.61 
 
 
414 aa  81.6  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2021  phage integrase family protein  24.04 
 
 
418 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.713949  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  25.45 
 
 
402 aa  81.3  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3051  integrase family protein  27.54 
 
 
413 aa  81.6  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0515706  normal  0.125119 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1709  putative phage integrase  26.21 
 
 
446 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.558135  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2217  integrase family protein  24.94 
 
 
418 aa  79.3  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.664863  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1878  putative integrase  30.24 
 
 
425 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.184819 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  24.94 
 
 
395 aa  78.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0064  Phage integrase  32.47 
 
 
420 aa  79  0.0000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3062  phage integrase  24.04 
 
 
418 aa  79  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.361431  normal  0.0996208 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1839  phage integrase family protein  25.17 
 
 
414 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2279  Phage integrase  28.12 
 
 
414 aa  77.4  0.0000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0066545  normal  0.0551798 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3795  integrase family protein  27.92 
 
 
413 aa  77  0.0000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.000111159  unclonable  0.000000215958 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4160  phage integrase family protein  31.82 
 
 
419 aa  76.3  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0690268  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6547  integrase family protein  27.35 
 
 
455 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00352142  normal  0.0182485 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  25.28 
 
 
394 aa  75.5  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0681  integrase family protein  26.64 
 
 
401 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4070  site-specific recombinase, phage integrase family  33 
 
 
439 aa  75.1  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0792  integrase family protein  28.09 
 
 
417 aa  74.7  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.637485 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1262  integrase family protein  23.76 
 
 
418 aa  74.7  0.000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528936  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1172  integrase family protein  24.21 
 
 
418 aa  74.3  0.000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.69238  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3563  integrase family protein  24.21 
 
 
418 aa  74.3  0.000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1555  phage integrase, putative  28.44 
 
 
423 aa  73.9  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.206278  decreased coverage  0.0000047649 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0388  phage integrase family site specific recombinase  50 
 
 
429 aa  73.6  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2668  phage integrase family site specific recombinase  28.42 
 
 
411 aa  73.6  0.000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  23.11 
 
 
404 aa  73.2  0.000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3996  phage integrase family protein  23.64 
 
 
389 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.243095  normal  0.464149 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2675  hypothetical protein  31.29 
 
 
443 aa  72.4  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2142  phage integrase  24.77 
 
 
418 aa  72.4  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.306676  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3223  integrase  24.66 
 
 
413 aa  72.4  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4162  integrase family protein  30.13 
 
 
422 aa  72.4  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.806899  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0064  integrative genetic element Gsu32, integrase  25.05 
 
 
439 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  22.78 
 
 
404 aa  72.4  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  23.68 
 
 
402 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2013  integrase  24.67 
 
 
409 aa  72  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0417759  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3779  phage integrase family protein  31.28 
 
 
404 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.794944 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3617  phage integrase family protein  25.11 
 
 
390 aa  71.6  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1639  phage integrase family protein  24.25 
 
 
403 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0427266  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2709  putative prophage integrase  34.33 
 
 
418 aa  70.9  0.00000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.865285 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  22.55 
 
 
404 aa  70.9  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  22.55 
 
 
404 aa  70.9  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0292  phage integrase family protein  28.77 
 
 
440 aa  70.9  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2892  phage integrase family protein  23.76 
 
 
423 aa  71.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2336  Phage integrase  25.17 
 
 
426 aa  70.5  0.00000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  23.57 
 
 
397 aa  70.9  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1679  phage-related integrase  29.84 
 
 
410 aa  70.5  0.00000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3997  integrase family protein  32.65 
 
 
419 aa  70.1  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  24.94 
 
 
404 aa  70.1  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0805  site-specific recombinase/integrase  25.93 
 
 
396 aa  70.1  0.00000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0116297  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0054  phage integrase family site specific recombinase  30.09 
 
 
422 aa  68.9  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  23.8 
 
 
404 aa  69.7  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4340  phage integrase family protein  27.84 
 
 
420 aa  68.9  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.185587  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2351  phage integrase  25.34 
 
 
452 aa  69.3  0.0000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0439669  hitchhiker  0.00873644 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3540  phage integrase family protein  23.59 
 
 
420 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.216413  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>