276 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2659 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2659  integrase family protein  100 
 
 		 531 aa  1086    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3493  integrase  48.11 
 
 		 571 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  28.22 
 
 		 337 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  33.68 
 
 		 334 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  34.16 
 
 		 338 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3132  phage integrase family site specific recombinase  33.33 
 
 		 222 aa  140  7.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7273  integrase family protein  30.72 
 
 		 380 aa  139  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.488643  normal  0.163849 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0495  integrase family protein  28.25 
 
 		 328 aa  137  4e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.701129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  29.45 
 
 		 375 aa  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0807  phage integrase family protein  30.59 
 
 		 323 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1679  phage integrase family site specific recombinase  32.6 
 
 		 356 aa  127  5e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.229259  normal  0.0687632 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3921  phage integrase family protein  28.04 
 
 		 327 aa  127  7e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470105  hitchhiker  0.00183347 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  27.68 
 
 		 330 aa  125  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1571  site-specific integrase/recombinase  26.73 
 
 		 381 aa  125  3e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3654  Phage integrase  26.73 
 
 		 340 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000207497  normal  1 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0108  shufflon-specific DNA recombinase  31.36 
 
 		 395 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  31.58 
 
 		 354 aa  119  9e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0639  integrase family protein  30.69 
 
 		 374 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.988788  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  26.54 
 
 		 340 aa  113  9e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3039  phage integrase  27.66 
 
 		 339 aa  113  9e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0969  integrase family protein  25.59 
 
 		 348 aa  112  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.23183  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0242  integrase family protein  27.36 
 
 		 373 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3048  integrase family protein  27.93 
 
 		 374 aa  108  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0847  integrase family protein  27.93 
 
 		 374 aa  107  7e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2847  phage integrase  30.26 
 
 		 366 aa  103  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0401  phage integrase family protein  26.16 
 
 		 332 aa  103  8e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1808  phage integrase family site specific recombinase  27.21 
 
 		 352 aa  100  6e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.595703  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  23.83 
 
 		 347 aa  98.2  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  25.95 
 
 		 353 aa  94  6e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  25.24 
 
 		 339 aa  92.4  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  29.09 
 
 		 347 aa  92.4  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0398  shufflon-specific DNA recombinase  32.19 
 
 		 356 aa  92.4  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  29.09 
 
 		 347 aa  92.4  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1655  integrase/recombinase protein  29.07 
 
 		 334 aa  91.3  4e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  25.41 
 
 		 339 aa  90.1  9e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  26.3 
 
 		 351 aa  88.2  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  28.24 
 
 		 251 aa  87  8e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1220  integrase  27.13 
 
 		 286 aa  86.3  0.000000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0798  integrase family protein  32.63 
 
 		 354 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000196141 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0773  phage integrase family protein  32.63 
 
 		 354 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3586  phage integrase family protein  32.11 
 
 		 355 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  33.56 
 
 		 337 aa  85.1  0.000000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  25.23 
 
 		 351 aa  84.7  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0805  site-specific recombinase/integrase  26.9 
 
 		 396 aa  84.7  0.000000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0116297  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3233  phage integrase  32.63 
 
 		 356 aa  84.3  0.000000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0805  phage integrase family protein  32.11 
 
 		 354 aa  84.3  0.000000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.431807 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  33.82 
 
 		 367 aa  84  0.000000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3178  phage integrase family protein  27.17 
 
 		 339 aa  83.2  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0368902  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  23.79 
 
 		 337 aa  82  0.00000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0810  site-specific recombinase/integrase  26.55 
 
 		 482 aa  82.4  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0879139  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1049  integrase family protein  34.94 
 
 		 380 aa  82  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1807  integrase family protein  35 
 
 		 278 aa  80.5  0.00000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.73649  hitchhiker  0.0000891918 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  26.96 
 
 		 413 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04371  hypothetical protein  33.82 
 
 		 321 aa  79.3  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1711  integrase family protein  25.59 
 
 		 380 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213299  hitchhiker  0.00000987295 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  29.41 
 
 		 412 aa  78.6  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2363  phage integrase family site specific recombinase  27.11 
 
 		 368 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1247  putative phage related integrase  27.82 
 
 		 434 aa  78.6  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7113  integrase family protein  25.91 
 
 		 347 aa  78.2  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00596865 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2042  integrase family protein  36.73 
 
 		 350 aa  77.8  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0960893  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  30.27 
 
 		 404 aa  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  27.38 
 
 		 402 aa  77  0.0000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0745  phage integrase family protein  28.67 
 
 		 357 aa  77  0.0000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.107824 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0354  phage integrase family site specific recombinase  29.35 
 
 		 355 aa  76.3  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01212  site-specific recombinase, resolvase family protein  32.59 
 
 		 336 aa  76.6  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1667  phage integrase family protein  32.93 
 
 		 372 aa  76.3  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2030  phage integrase family protein  32.09 
 
 		 365 aa  75.5  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.755048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2435  integrase family protein  26.84 
 
 		 389 aa  75.5  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.061585  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  29.88 
 
 		 429 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3193  integrase family protein  25.35 
 
 		 365 aa  75.9  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.175664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0710  Integrase protein  33.55 
 
 		 343 aa  75.5  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1421  phage integrase family protein  31.91 
 
 		 351 aa  75.1  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0382  putative site-specific integrase/recombinase  31.11 
 
 		 204 aa  74.7  0.000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6626  putative prophage integrase  30.41 
 
 		 386 aa  73.6  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.351385 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2121  integrase family protein  34.04 
 
 		 405 aa  72.8  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4490  phage integrase family protein  27.59 
 
 		 365 aa  72  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6537  normal  0.0343494 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  27.86 
 
 		 354 aa  72.4  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5550  phage integrase family protein  27.59 
 
 		 365 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  27.86 
 
 		 354 aa  72.4  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1016  integrase family protein  38.28 
 
 		 412 aa  71.2  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  33.53 
 
 		 334 aa  70.9  0.00000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1794  integrase family protein  26.91 
 
 		 343 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0543031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  26.55 
 
 		 359 aa  70.9  0.00000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3091  phage integrase family protein  31.29 
 
 		 384 aa  70.9  0.00000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1622  phage integrase family protein  31.85 
 
 		 361 aa  70.5  0.00000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.487409  normal  0.202066 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  23.46 
 
 		 421 aa  70.1  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03598  site-specific recombinase, phage integrase family protein  27.48 
 
 		 380 aa  68.2  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.951563  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  34.48 
 
 		 388 aa  68.6  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  22.44 
 
 		 401 aa  67.4  0.0000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0397  shufflon-specific DNA recombinase  26.72 
 
 		 353 aa  67  0.0000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.759416  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  31.94 
 
 		 400 aa  67  0.0000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  0.00000971423 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3125  Phage integrase  35.07 
 
 		 364 aa  67  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2002  phage integrase  37.12 
 
 		 188 aa  67  0.0000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  24.43 
 
 		 379 aa  66.2  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03811  site-specific recombinase XerD  34.33 
 
 		 327 aa  65.1  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  27.68 
 
 		 397 aa  65.1  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  28.47 
 
 		 393 aa  65.1  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36120  Phage integrase  31.39 
 
 		 400 aa  64.7  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  30.88 
 
 		 397 aa  64.3  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0671  phage integrase family protein  31.47 
 
 		 401 aa  64.3  0.000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.707055 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>