More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0710 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0710  Integrase protein  100 
 
 		 343 aa  708    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6626  putative prophage integrase  54.19 
 
 		 386 aa  380  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.351385 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0335  phage integrase family protein  42.34 
 
 		 356 aa  233  5e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.224886 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0292  phage integrase family protein  41.19 
 
 		 354 aa  216  5e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0194  phage integrase  34.23 
 
 		 333 aa  157  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.334318  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0272  phage integrase family site specific recombinase  30.6 
 
 		 386 aa  133  6e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1037  Phage integrase  29.36 
 
 		 338 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0995  site-specific recombinase, phage integrase family  30.21 
 
 		 349 aa  130  3e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00503137  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00486  predicted integrase  29.33 
 
 		 387 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00491  hypothetical protein  29.33 
 
 		 387 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3005  phage integrase family site specific recombinase  31.25 
 
 		 369 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1532  phage integrase family site specific recombinase  31.25 
 
 		 369 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3300  phage integrase family site specific recombinase  31.25 
 
 		 369 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248425  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3070  prophage DLP12 integrase  31.25 
 
 		 369 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0366  site-specific recombinase, phage integrase family  30 
 
 		 387 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  hitchhiker  0.00000000819042 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0832  Phage integrase  29.69 
 
 		 341 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0600  prophage DLP12 integrase  28.8 
 
 		 387 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000371504 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0603  prophage DLP12 integrase  27.87 
 
 		 387 aa  125  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.591827  normal  0.109932 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0165  integrase family protein  32.67 
 
 		 369 aa  122  8e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0290  integrase  38.43 
 
 		 324 aa  120  3e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0955438  normal  0.658855 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  28.01 
 
 		 367 aa  118  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0770  phage integrase family protein  29.51 
 
 		 387 aa  117  3.9999999999999997e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.17567  normal  0.038003 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3128  integrase family protein  29.06 
 
 		 384 aa  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.169868  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1092  phage integrase  31.33 
 
 		 276 aa  104  2e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00970061  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0996  phage integrase family protein  27.37 
 
 		 387 aa  104  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000294682 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  27.47 
 
 		 354 aa  102  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  27.47 
 
 		 354 aa  102  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3132  phage integrase family site specific recombinase  34.62 
 
 		 222 aa  99  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  32.86 
 
 		 330 aa  92  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  31.72 
 
 		 353 aa  91.3  2e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  27.43 
 
 		 354 aa  89.4  9e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  30.6 
 
 		 337 aa  87  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  30.94 
 
 		 359 aa  86.7  5e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0776  phage integrase  36.14 
 
 		 334 aa  84.7  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.228831  normal  0.0322595 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  30.65 
 
 		 338 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  29.59 
 
 		 251 aa  83.2  0.000000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3986  phage integrase family site specific recombinase  36.02 
 
 		 172 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  24.32 
 
 		 337 aa  82.8  0.000000000000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  30.43 
 
 		 402 aa  82.8  0.000000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0401  phage integrase family protein  26.85 
 
 		 332 aa  79.7  0.00000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  27.57 
 
 		 404 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0807  phage integrase family protein  30.19 
 
 		 323 aa  79.3  0.00000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3274  phage integrase family site specific recombinase  35.62 
 
 		 159 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1465  integrase family protein  25.87 
 
 		 334 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.890522 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3039  phage integrase  31.61 
 
 		 339 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3921  phage integrase family protein  29.33 
 
 		 327 aa  77  0.0000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470105  hitchhiker  0.00183347 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2659  integrase family protein  33.55 
 
 		 531 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0495  integrase family protein  28.57 
 
 		 328 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.701129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1679  phage integrase family site specific recombinase  29.6 
 
 		 356 aa  73.6  0.000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.229259  normal  0.0687632 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  27.24 
 
 		 412 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  31.25 
 
 		 421 aa  72  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  31.61 
 
 		 393 aa  72  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3654  Phage integrase  25.86 
 
 		 340 aa  71.2  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000207497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3561  Phage integrase  26.98 
 
 		 275 aa  71.6  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1525  phage integrase family site specific recombinase  39.81 
 
 		 132 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1727  phage integrase  28.33 
 
 		 267 aa  70.5  0.00000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.539916  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2427  phage integrase family protein  26.72 
 
 		 414 aa  70.1  0.00000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7637  integrase family protein  27.42 
 
 		 425 aa  69.7  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  29.56 
 
 		 334 aa  69.3  0.00000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3493  integrase  32.93 
 
 		 571 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1723  prophage DLP12 integrase  38.3 
 
 		 128 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.241784  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1546  prophage DLP12 integrase  38.3 
 
 		 128 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7273  integrase family protein  27.27 
 
 		 380 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.488643  normal  0.163849 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6962  integrase family protein  27.83 
 
 		 327 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11080  phage integrase family protein  25.71 
 
 		 310 aa  67.4  0.0000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0105178  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1721  phage integrase family protein  34.36 
 
 		 332 aa  67  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.108351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  27.86 
 
 		 351 aa  67  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3805  integrase  33.74 
 
 		 332 aa  66.2  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.239705  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  26.77 
 
 		 381 aa  66.2  0.0000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1808  phage integrase family site specific recombinase  27.78 
 
 		 352 aa  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.595703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0639  integrase family protein  27.23 
 
 		 374 aa  65.5  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.988788  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1633  Phage integrase  22.13 
 
 		 368 aa  65.5  0.000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.576304  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  23.72 
 
 		 401 aa  65.5  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  27.86 
 
 		 351 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2312  hypothetical protein  23.44 
 
 		 364 aa  65.1  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4150  phage integrase family protein  27.75 
 
 		 326 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  31.21 
 
 		 429 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  24.29 
 
 		 337 aa  64.7  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  25.83 
 
 		 285 aa  65.1  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1349  integrase family protein  28.09 
 
 		 291 aa  64.3  0.000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2157  phage integrase  26.58 
 
 		 363 aa  64.3  0.000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0421336  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3904  phage integrase family site specific recombinase  46.48 
 
 		 122 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.908319  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2236  integrase family protein  24.84 
 
 		 340 aa  64.3  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0483412  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1556  site-specific recombinase, phage integrase family  27.62 
 
 		 331 aa  63.5  0.000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3473  integrase family protein  25.84 
 
 		 392 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00115261 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  29.8 
 
 		 347 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  29.8 
 
 		 347 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  26.25 
 
 		 334 aa  63.9  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3995  phage integrase family protein  27.63 
 
 		 415 aa  63.9  0.000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000158235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1271  integrase family protein  27.62 
 
 		 331 aa  63.5  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.828065  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1646  integrase family protein  28.7 
 
 		 330 aa  63.5  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2847  phage integrase  27.06 
 
 		 366 aa  63.5  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3048  integrase family protein  29.47 
 
 		 374 aa  63.2  0.000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  29.51 
 
 		 347 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10430  site-specific recombinase XerD  27.55 
 
 		 313 aa  62.8  0.000000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00129547  unclonable  0.000000000966981 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2865  site-specific recombinase XerD-like  22.15 
 
 		 417 aa  62  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.11888  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4388  integrase family protein  28.27 
 
 		 399 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.754595  normal  0.599822 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  30.43 
 
 		 340 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  27.47 
 
 		 375 aa  62.4  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  25 
 
 		 379 aa  62.4  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>