237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1571 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1571  site-specific integrase/recombinase  100 
 
 		 381 aa  779    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  34.95 
 
 		 330 aa  184  3e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  33.84 
 
 		 334 aa  181  2e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  32.72 
 
 		 338 aa  176  6e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  30.88 
 
 		 337 aa  169  1e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0495  integrase family protein  34.24 
 
 		 328 aa  169  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.701129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3654  Phage integrase  31.1 
 
 		 340 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000207497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  33.55 
 
 		 340 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3921  phage integrase family protein  33.13 
 
 		 327 aa  161  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470105  hitchhiker  0.00183347 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0639  integrase family protein  33.01 
 
 		 374 aa  157  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.988788  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  32.97 
 
 		 375 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0847  integrase family protein  33.56 
 
 		 374 aa  155  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3048  integrase family protein  33.56 
 
 		 374 aa  155  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3039  phage integrase  35.46 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0969  integrase family protein  29.45 
 
 		 348 aa  152  1e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.23183  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3132  phage integrase family site specific recombinase  38.31 
 
 		 222 aa  152  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  31.6 
 
 		 347 aa  149  9e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0108  shufflon-specific DNA recombinase  31.75 
 
 		 395 aa  149  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1679  phage integrase family site specific recombinase  31.56 
 
 		 356 aa  144  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.229259  normal  0.0687632 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7273  integrase family protein  31.41 
 
 		 380 aa  143  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.488643  normal  0.163849 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  29.23 
 
 		 354 aa  143  6e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  32.72 
 
 		 347 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  32.72 
 
 		 347 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  30.79 
 
 		 351 aa  140  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1655  integrase/recombinase protein  31.56 
 
 		 334 aa  138  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  30.63 
 
 		 351 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0401  phage integrase family protein  30.36 
 
 		 332 aa  135  9e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0242  integrase family protein  29.76 
 
 		 373 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  31.31 
 
 		 413 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0471  integrase family protein  31.3 
 
 		 398 aa  126  5e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.116709  hitchhiker  0.000616461 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2659  integrase family protein  26.73 
 
 		 531 aa  125  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1808  phage integrase family site specific recombinase  31.18 
 
 		 352 aa  123  5e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.595703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  28.49 
 
 		 339 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0807  phage integrase family protein  29.07 
 
 		 323 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  29.14 
 
 		 339 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1794  integrase family protein  29.14 
 
 		 343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0543031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3125  Phage integrase  31.25 
 
 		 364 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2847  phage integrase  29.31 
 
 		 366 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2435  integrase family protein  29.59 
 
 		 389 aa  113  5e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.061585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3178  phage integrase family protein  28.21 
 
 		 339 aa  113  6e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0368902  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1622  phage integrase family protein  29.28 
 
 		 361 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.487409  normal  0.202066 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7113  integrase family protein  28.65 
 
 		 347 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00596865 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3193  integrase family protein  27.12 
 
 		 365 aa  107  5e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.175664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3455  putative integrase/recombinase  26.81 
 
 		 362 aa  104  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.375642  normal  0.439237 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  25.84 
 
 		 353 aa  103  3e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2234  integrase family protein  28.16 
 
 		 341 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.533752  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1016  integrase family protein  29.11 
 
 		 412 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1220  integrase  29.46 
 
 		 286 aa  100  3e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3493  integrase  28.52 
 
 		 571 aa  100  5e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2363  phage integrase family site specific recombinase  29.23 
 
 		 368 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1049  integrase family protein  27.78 
 
 		 380 aa  97.1  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2042  integrase family protein  27.81 
 
 		 350 aa  94  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0960893  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03598  site-specific recombinase, phage integrase family protein  26.95 
 
 		 380 aa  92  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.951563  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  28.57 
 
 		 379 aa  91.3  3e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2030  phage integrase family protein  26.57 
 
 		 365 aa  90.9  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.755048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01212  site-specific recombinase, resolvase family protein  25.78 
 
 		 336 aa  89.7  7e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1421  phage integrase family protein  27.63 
 
 		 351 aa  89.7  7e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  28.4 
 
 		 251 aa  88.6  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1711  integrase family protein  26.63 
 
 		 380 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213299  hitchhiker  0.00000987295 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  25.46 
 
 		 337 aa  86.3  8e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0398  shufflon-specific DNA recombinase  27.16 
 
 		 356 aa  84.3  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5550  phage integrase family protein  26.52 
 
 		 365 aa  84.3  0.000000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4490  phage integrase family protein  26.52 
 
 		 365 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6537  normal  0.0343494 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0354  phage integrase family site specific recombinase  24.4 
 
 		 355 aa  82.8  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3233  phage integrase  27.1 
 
 		 356 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1152  integrase family protein  27.5 
 
 		 365 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.379304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0745  phage integrase family protein  24.78 
 
 		 357 aa  79  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.107824 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  28.84 
 
 		 359 aa  78.6  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0397  shufflon-specific DNA recombinase  23.96 
 
 		 353 aa  77.8  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.759416  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2121  integrase family protein  26.24 
 
 		 405 aa  77  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  24.61 
 
 		 337 aa  76.3  0.0000000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0773  phage integrase family protein  30.23 
 
 		 354 aa  76.3  0.0000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03811  site-specific recombinase XerD  25.85 
 
 		 327 aa  75.9  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0798  integrase family protein  30.23 
 
 		 354 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000196141 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3586  phage integrase family protein  29.77 
 
 		 355 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0805  phage integrase family protein  30.7 
 
 		 354 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.431807 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04371  hypothetical protein  25.86 
 
 		 321 aa  70.9  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1633  Phage integrase  22.03 
 
 		 368 aa  70.9  0.00000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.576304  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2964  phage integrase  25.18 
 
 		 387 aa  70.9  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  27.98 
 
 		 334 aa  67  0.0000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0805  site-specific recombinase/integrase  23.21 
 
 		 396 aa  66.6  0.0000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0116297  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2093  integrase family protein  33.51 
 
 		 400 aa  66.6  0.0000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  32.39 
 
 		 429 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0810  site-specific recombinase/integrase  23.21 
 
 		 482 aa  65.5  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0879139  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  23.7 
 
 		 354 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  23.7 
 
 		 354 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2576  integrase family protein  24.71 
 
 		 338 aa  65.5  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.478177  hitchhiker  0.000378812 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2610  integrase family protein  24.71 
 
 		 338 aa  65.5  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0241311  unclonable  5.16639e-16 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  26.47 
 
 		 381 aa  64.3  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1009  shufflon-specific DNA recombinase  37.5 
 
 		 111 aa  63.5  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.173474  hitchhiker  0.000000000551255 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1465  integrase family protein  23.69 
 
 		 334 aa  62.4  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.890522 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3278  phage integrase family site specific recombinase  30.28 
 
 		 146 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1909  integrase family protein  26.64 
 
 		 333 aa  62  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.838759  hitchhiker  0.00000212902 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0919  integrase family protein  26.13 
 
 		 448 aa  60.8  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.295922  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4157  integrase family protein  28.7 
 
 		 432 aa  60.8  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.225884  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  26.15 
 
 		 402 aa  60.8  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  31.43 
 
 		 421 aa  60.5  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  29.2 
 
 		 412 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  25.83 
 
 		 407 aa  59.3  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2564  phage integrase family protein  23.48 
 
 		 417 aa  58.9  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.326638  hitchhiker  0.000921348 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>