More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2622 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2622  integrase family protein  100 
 
 		 335 aa  700    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.647869  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2307  integrase family protein  69.85 
 
 		 335 aa  516  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.109793  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2649  integrase family protein  71.6 
 
 		 333 aa  503  1e-141  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.413706  hitchhiker  0.000000656425 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2882  phage integrase  53.12 
 
 		 341 aa  363  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.948794  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3066  phage integrase  52.82 
 
 		 341 aa  360  3e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3514  phage integrase family protein  51.51 
 
 		 336 aa  354  1e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.123025  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3507  phage integrase family protein  49.4 
 
 		 345 aa  345  6e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000014558 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00832  hypothetical protein  48.67 
 
 		 338 aa  344  1e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0428035  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2951  phage integrase  50.3 
 
 		 336 aa  343  2e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.339524  hitchhiker  3.4545800000000002e-18 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3152  integrase family protein  51.63 
 
 		 352 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0909  phage integrase family site specific recombinase  48.96 
 
 		 343 aa  342  5.999999999999999e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.046478  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2795  integrase family protein  48.96 
 
 		 350 aa  341  9e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0861235  normal  0.105042 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1340  phage integrase family protein  47.77 
 
 		 339 aa  337  9.999999999999999e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.755571  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1079  integrase  45.66 
 
 		 343 aa  310  2e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00815  integrase for prophage  47.62 
 
 		 314 aa  305  9.000000000000001e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0720843  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5040  prophage CP-933T integrase  44.38 
 
 		 371 aa  297  1e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.530892  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0882  integrase family protein  48.49 
 
 		 313 aa  278  1e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0716  integrase  43.23 
 
 		 394 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5364  integrase  44.79 
 
 		 332 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.301624  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0269  integrase family protein  41.57 
 
 		 405 aa  270  2e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2932  integrase family protein  42.6 
 
 		 318 aa  266  5e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48880  putative bacteriophage integrase  42.35 
 
 		 338 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000942528  hitchhiker  0.000000101575 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1008  phage integrase  42.24 
 
 		 347 aa  256  4e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2810  integrase  40.36 
 
 		 336 aa  253  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0981  phage integrase family site specific recombinase  40.18 
 
 		 331 aa  248  1e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.896677  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2110  phage integrase family protein  40.24 
 
 		 335 aa  246  3e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.717737  hitchhiker  0.00928356 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0900  phage integrase family site specific recombinase  41.14 
 
 		 334 aa  245  6.999999999999999e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.198351  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3066  integrase  41.02 
 
 		 337 aa  241  1e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0315896  hitchhiker  0.000000103666 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05002  integrase  39.19 
 
 		 345 aa  238  8e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4348  site-specific recombinase, phage integrase family  38.74 
 
 		 326 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.175546  hitchhiker  0.00000000567763 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3848  integrase family protein  39.76 
 
 		 327 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.250043  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4307  phage integrase family site specific recombinase  39.46 
 
 		 326 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0756066  hitchhiker  0.00146275 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1917  integrase  39.64 
 
 		 375 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53570  putative integrase  47.22 
 
 		 258 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000326616  decreased coverage  0.0000890956 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0092  Fels-2 prophage protein  50.28 
 
 		 191 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000678287  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1314  phage integrase  56.3 
 
 		 121 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0188949  normal  0.27853 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1313  putative integrase  42.31 
 
 		 172 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0718359  normal  0.288713 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3056  integrase family protein  62.92 
 
 		 164 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0372474 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63440  bacteriophage integrase  49.55 
 
 		 126 aa  116  5e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  28.32 
 
 		 337 aa  114  2.0000000000000002e-24  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  29.36 
 
 		 337 aa  99.8  5e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  30.95 
 
 		 290 aa  95.9  9e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0636  phage integrase family site specific recombinase  36.06 
 
 		 308 aa  95.9  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0631  phage integrase family site specific recombinase  36.06 
 
 		 308 aa  95.5  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.45439  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  27.91 
 
 		 367 aa  93.2  6e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2244  phage integrase family protein  27.36 
 
 		 348 aa  92  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.16735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2647  phage integrase family protein  33.95 
 
 		 315 aa  91.3  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  31.16 
 
 		 353 aa  90.1  5e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0669  phage integrase family protein  29 
 
 		 343 aa  87.8  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  31.75 
 
 		 251 aa  87.4  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  28.83 
 
 		 354 aa  86.7  5e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  28.83 
 
 		 354 aa  86.7  5e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1523  putative integrase  48.84 
 
 		 88 aa  85.5  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  28.81 
 
 		 334 aa  83.2  0.000000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  30.14 
 
 		 282 aa  82  0.00000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  26.26 
 
 		 429 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  27.8 
 
 		 407 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  29.77 
 
 		 397 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  26.2 
 
 		 413 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  29.65 
 
 		 307 aa  80.5  0.00000000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  26.93 
 
 		 339 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  29.96 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  28.57 
 
 		 402 aa  79.3  0.00000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0805  site-specific recombinase/integrase  30.32 
 
 		 396 aa  78.2  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0116297  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  33.86 
 
 		 381 aa  78.2  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  30.53 
 
 		 308 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2544  tyrosine recombinase XerC  27.02 
 
 		 318 aa  77.4  0.0000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.774585  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  31 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  29.82 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4398  integrase family protein  32.11 
 
 		 451 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0364227  hitchhiker  0.00879025 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3697  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.26 
 
 		 328 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3720  phage integrase family protein  32.56 
 
 		 451 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  31.72 
 
 		 375 aa  76.3  0.0000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3374  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.62 
 
 		 328 aa  75.9  0.0000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00486  predicted integrase  26.55 
 
 		 387 aa  75.9  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  28.84 
 
 		 404 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00491  hypothetical protein  26.55 
 
 		 387 aa  75.9  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0810  site-specific recombinase/integrase  28.96 
 
 		 482 aa  75.9  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0879139  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0165  integrase family protein  33.04 
 
 		 369 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1583  phage integrase family protein  32.56 
 
 		 451 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  30.6 
 
 		 302 aa  75.5  0.000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  31.48 
 
 		 297 aa  75.9  0.000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.53 
 
 		 300 aa  75.5  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0370  phage integrase family protein  26.07 
 
 		 304 aa  74.3  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0052  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.34 
 
 		 329 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.578512  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0045  phage integrase family site specific recombinase  31.63 
 
 		 456 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.869382  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  26.93 
 
 		 339 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3005  phage integrase family site specific recombinase  30.73 
 
 		 369 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1532  phage integrase family site specific recombinase  30.73 
 
 		 369 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  28.46 
 
 		 304 aa  75.1  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3070  prophage DLP12 integrase  30.73 
 
 		 369 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3300  phage integrase family site specific recombinase  30.73 
 
 		 369 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248425  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  31.69 
 
 		 379 aa  74.7  0.000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0194  tyrosine recombinase XerC subunit  27.89 
 
 		 295 aa  73.9  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1178  tyrosine recombinase XerC subunit  27.03 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0478  tyrosine recombinase XerD  29.91 
 
 		 319 aa  73.6  0.000000000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0728  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.11 
 
 		 330 aa  73.9  0.000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.442089  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  31.36 
 
 		 359 aa  73.9  0.000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  30.67 
 
 		 294 aa  73.6  0.000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  29.06 
 
 		 317 aa  73.2  0.000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>