More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0669 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0669  phage integrase family protein  100 
 
 		 343 aa  709    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0636  phage integrase family site specific recombinase  67.24 
 
 		 308 aa  403  1e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0631  phage integrase family site specific recombinase  66.9 
 
 		 308 aa  401  1e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.45439  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2647  phage integrase family protein  64.24 
 
 		 315 aa  393  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2244  phage integrase family protein  34.8 
 
 		 348 aa  126  5e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.16735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1465  integrase family protein  34.3 
 
 		 334 aa  123  5e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.890522 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2297  integrative genetic element Ppu40, integrase  31.47 
 
 		 274 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.880812  normal  0.023746 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  31.72 
 
 		 353 aa  94.7  2e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4348  site-specific recombinase, phage integrase family  31.56 
 
 		 326 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.175546  hitchhiker  0.00000000567763 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  32.78 
 
 		 367 aa  94  3e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  30.68 
 
 		 404 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3848  integrase family protein  30.95 
 
 		 327 aa  88.2  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.250043  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  33.81 
 
 		 251 aa  88.2  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  31.95 
 
 		 402 aa  88.2  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2622  integrase family protein  29 
 
 		 335 aa  87.8  3e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.647869  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2649  integrase family protein  29.82 
 
 		 333 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.413706  hitchhiker  0.000000656425 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  29.69 
 
 		 429 aa  87.4  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3066  integrase  29.21 
 
 		 337 aa  86.7  6e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0315896  hitchhiker  0.000000103666 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4307  phage integrase family site specific recombinase  30.85 
 
 		 326 aa  86.3  7e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0756066  hitchhiker  0.00146275 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0716  integrase  28.29 
 
 		 394 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3507  phage integrase family protein  28.99 
 
 		 345 aa  83.2  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000014558 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  33.33 
 
 		 337 aa  82.8  0.000000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  28.47 
 
 		 351 aa  82.8  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2810  integrase  29.27 
 
 		 336 aa  82.8  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  31.05 
 
 		 421 aa  82  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  29.17 
 
 		 412 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0981  phage integrase family site specific recombinase  28.79 
 
 		 331 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.896677  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5364  integrase  30 
 
 		 332 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.301624  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2307  integrase family protein  32.46 
 
 		 335 aa  80.5  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.109793  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0272  phage integrase family site specific recombinase  31.22 
 
 		 386 aa  80.5  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  30.18 
 
 		 351 aa  79.7  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3561  Phage integrase  32.11 
 
 		 275 aa  79.7  0.00000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0805  site-specific recombinase/integrase  30.93 
 
 		 396 aa  79  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0116297  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7273  integrase family protein  31.61 
 
 		 380 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.488643  normal  0.163849 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  30.74 
 
 		 347 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  30.74 
 
 		 347 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  27.65 
 
 		 337 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1247  Phage integrase  27.44 
 
 		 278 aa  77.8  0.0000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48880  putative bacteriophage integrase  29.04 
 
 		 338 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000942528  hitchhiker  0.000000101575 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  27.92 
 
 		 291 aa  77  0.0000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  31.55 
 
 		 375 aa  77  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1633  Phage integrase  32.94 
 
 		 368 aa  76.6  0.0000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.576304  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0810  site-specific recombinase/integrase  30.6 
 
 		 482 aa  76.3  0.0000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0879139  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  29.74 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  26.32 
 
 		 294 aa  76.3  0.0000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  31.28 
 
 		 397 aa  75.9  0.0000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0269  integrase family protein  32.12 
 
 		 405 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0447  phage integrase  27.3 
 
 		 381 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0926  phage integrase family protein  27.3 
 
 		 381 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1679  phage integrase family site specific recombinase  28.46 
 
 		 356 aa  74.7  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.229259  normal  0.0687632 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2110  phage integrase family protein  30.45 
 
 		 335 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.717737  hitchhiker  0.00928356 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1001  integrase family protein  39.26 
 
 		 333 aa  75.1  0.000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  28.11 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  33.79 
 
 		 310 aa  74.3  0.000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  27.31 
 
 		 347 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3047  phage integrase  26.98 
 
 		 381 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.182322  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  31.8 
 
 		 334 aa  73.6  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3921  phage integrase family protein  27.44 
 
 		 327 aa  73.6  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470105  hitchhiker  0.00183347 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2932  integrase family protein  35.71 
 
 		 318 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2210  integrase family protein  29.3 
 
 		 295 aa  73.2  0.000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000241024 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0900  phage integrase family site specific recombinase  26.79 
 
 		 334 aa  73.2  0.000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.198351  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  28.06 
 
 		 293 aa  73.2  0.000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6626  putative prophage integrase  28.69 
 
 		 386 aa  72.8  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.351385 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1079  integrase  25 
 
 		 343 aa  72.8  0.000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  27.7 
 
 		 293 aa  72.4  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00445  tyrosine type site-specific recombinase  27.92 
 
 		 405 aa  72.4  0.00000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.459489  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0996  phage integrase family protein  31.11 
 
 		 387 aa  72.4  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000294682 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2954  integrase family protein  31.02 
 
 		 409 aa  72  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09860  tyrosine recombinase XerC subunit  27.87 
 
 		 329 aa  72.4  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2882  phage integrase  29.07 
 
 		 341 aa  72.4  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.948794  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0358  integrase family protein  26.75 
 
 		 287 aa  71.6  0.00000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1808  phage integrase family site specific recombinase  29.43 
 
 		 352 aa  71.2  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.595703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0251  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.44 
 
 		 355 aa  71.6  0.00000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00631913  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0092  Fels-2 prophage protein  36.88 
 
 		 191 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000678287  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  27.75 
 
 		 296 aa  72  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2427  phage integrase family protein  28.45 
 
 		 414 aa  72  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1970  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.1 
 
 		 300 aa  70.9  0.00000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1917  integrase  27.03 
 
 		 375 aa  70.9  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2847  phage integrase  28.42 
 
 		 366 aa  70.9  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  26.29 
 
 		 379 aa  71.2  0.00000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00815  integrase for prophage  25.67 
 
 		 314 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0720843  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3066  phage integrase  28.63 
 
 		 341 aa  70.5  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2951  phage integrase  24.73 
 
 		 336 aa  70.5  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.339524  hitchhiker  3.4545800000000002e-18 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00832  hypothetical protein  25.67 
 
 		 338 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0428035  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5040  prophage CP-933T integrase  31.67 
 
 		 371 aa  70.1  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.530892  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0832  Phage integrase  29.44 
 
 		 341 aa  70.1  0.00000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2797  phage integrase family protein  26.84 
 
 		 451 aa  69.7  0.00000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  28.81 
 
 		 407 aa  69.7  0.00000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  31.73 
 
 		 302 aa  69.7  0.00000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1026  integrase family protein  24.24 
 
 		 283 aa  69.3  0.00000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319361  normal  0.791294 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  30.86 
 
 		 401 aa  69.7  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3048  integrase family protein  28.43 
 
 		 374 aa  69.3  0.00000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  29.65 
 
 		 295 aa  69.3  0.00000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4135  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.57 
 
 		 300 aa  69.7  0.00000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.383086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0909  phage integrase family site specific recombinase  25.29 
 
 		 343 aa  69.7  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.046478  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0788  phage integrase family protein  30.99 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1990  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.74 
 
 		 300 aa  69.3  0.00000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2795  integrase family protein  25.29 
 
 		 350 aa  69.3  0.00000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0861235  normal  0.105042 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2036  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.74 
 
 		 300 aa  69.3  0.00000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0541579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0421  integrase family protein  27.89 
 
 		 329 aa  69.3  0.00000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>