50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2529 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_2529  phage integrase  100 
 
 
375 aa  769    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153189  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0474  integrase family protein  27.75 
 
 
442 aa  105  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0596  integrase family protein  27.18 
 
 
515 aa  100  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.687796  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0606  hypothetical protein  27.25 
 
 
505 aa  92  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0175699  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0402  hypothetical protein  27.25 
 
 
505 aa  92  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.124303  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2240  Phage integrase  26.39 
 
 
406 aa  83.6  0.000000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2964  phage integrase  26.42 
 
 
387 aa  82  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1085  hypothetical protein  22.96 
 
 
413 aa  80.5  0.00000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0065  hypothetical protein  24.75 
 
 
417 aa  78.6  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3498  integrase family protein  27.02 
 
 
486 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2535  phage integrase  23.06 
 
 
463 aa  66.6  0.0000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1272  phage integrase family protein  26.2 
 
 
425 aa  63.9  0.000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000707551  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3493  integrase family protein  22.56 
 
 
409 aa  63.9  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.247982  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1016  integrase family protein  23.84 
 
 
412 aa  62  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0569  hypothetical protein  43.37 
 
 
114 aa  61.6  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  25.83 
 
 
295 aa  60.5  0.00000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1227  integrase family protein  25.63 
 
 
424 aa  59.7  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.149921  normal  0.536296 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0919  integrase family protein  26.79 
 
 
448 aa  57.4  0.0000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.295922  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2136  phage integrase family protein  22.51 
 
 
389 aa  56.6  0.0000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0404563  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3295  hypothetical protein  25.68 
 
 
255 aa  55.5  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.435139 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2093  integrase family protein  25.17 
 
 
400 aa  55.5  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1326  phage integrase family protein  23.47 
 
 
457 aa  53.5  0.000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.558955  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0845  phage integrase  23.47 
 
 
457 aa  53.5  0.000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1370  phage integrase  22.61 
 
 
423 aa  53.1  0.000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000628694  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3323  integrase family protein  23.86 
 
 
441 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0686  integrase family protein  23.58 
 
 
472 aa  49.7  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  29.08 
 
 
397 aa  48.9  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0476  integrase family protein  27.27 
 
 
371 aa  48.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  24.87 
 
 
337 aa  47.8  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.88 
 
 
301 aa  46.6  0.0008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1639  phage integrase family protein  20.23 
 
 
403 aa  46.6  0.0008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0427266  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.41 
 
 
299 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2844  integrase family protein  23.74 
 
 
329 aa  45.1  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.41 
 
 
299 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.41 
 
 
299 aa  45.1  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.41 
 
 
299 aa  45.1  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.41 
 
 
299 aa  45.4  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  25.79 
 
 
351 aa  45.4  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.41 
 
 
299 aa  45.1  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001829  integrase  22.12 
 
 
405 aa  44.3  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.854488  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1170  phage integrase family protein  25.48 
 
 
412 aa  44.3  0.003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00333929  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.04 
 
 
299 aa  44.3  0.004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.41 
 
 
299 aa  44.3  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.41 
 
 
299 aa  44.3  0.004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0110  integrase family protein  23.9 
 
 
324 aa  43.9  0.004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126491  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2612  phage integrase family protein  21.48 
 
 
443 aa  43.9  0.004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3540  phage integrase family protein  26.97 
 
 
420 aa  43.9  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.216413  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0094  Phage integrase  25.99 
 
 
449 aa  43.5  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000297047  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.93 
 
 
299 aa  43.1  0.008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2015  phage integrase family site specific recombinase  21.63 
 
 
390 aa  43.1  0.009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>