143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0614 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_0614  integrase family protein  100 
 
 		 476 aa  979    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2240  Phage integrase  32.19 
 
 		 406 aa  211  3e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0065  hypothetical protein  31.21 
 
 		 417 aa  206  5e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1085  hypothetical protein  30.86 
 
 		 413 aa  192  1e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1227  integrase family protein  31.54 
 
 		 424 aa  182  2e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.149921  normal  0.536296 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3498  integrase family protein  30.12 
 
 		 486 aa  171  3e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1272  phage integrase family protein  25.93 
 
 		 425 aa  150  6e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000707551  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1370  phage integrase  25.17 
 
 		 423 aa  134  3e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000628694  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0919  integrase family protein  23.63 
 
 		 448 aa  124  5e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.295922  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1679  phage-related integrase  27.94 
 
 		 410 aa  115  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3493  integrase family protein  26.54 
 
 		 409 aa  114  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.247982  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2964  phage integrase  25.6 
 
 		 387 aa  101  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2136  phage integrase family protein  24.72 
 
 		 389 aa  88.2  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0404563  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1016  integrase family protein  45.45 
 
 		 412 aa  87.4  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2612  phage integrase family protein  24.52 
 
 		 443 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  25.84 
 
 		 404 aa  76.6  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2564  phage integrase family protein  27.83 
 
 		 417 aa  68.6  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.326638  hitchhiker  0.000921348 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  24.72 
 
 		 412 aa  67.8  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3323  integrase family protein  24.22 
 
 		 441 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  29.38 
 
 		 402 aa  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2956  integrase family protein  22 
 
 		 487 aa  64.3  0.000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3005  phage integrase family site specific recombinase  27.72 
 
 		 369 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3300  phage integrase family site specific recombinase  27.72 
 
 		 369 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248425  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1532  phage integrase family site specific recombinase  27.72 
 
 		 369 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3070  prophage DLP12 integrase  27.72 
 
 		 369 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3274  phage integrase family site specific recombinase  29.09 
 
 		 159 aa  63.5  0.000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1247  putative phage related integrase  21.68 
 
 		 434 aa  63.2  0.000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  27.42 
 
 		 367 aa  61.6  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1037  Phage integrase  27.71 
 
 		 338 aa  60.5  0.00000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2535  phage integrase  23.93 
 
 		 463 aa  60.5  0.00000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2211  phage integrase  41.46 
 
 		 423 aa  60.1  0.00000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.684899  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  26.26 
 
 		 353 aa  59.7  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3396  integrase family protein  22.03 
 
 		 414 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.194125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0272  phage integrase family site specific recombinase  26.87 
 
 		 386 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3114  phage integrase family protein  34.09 
 
 		 284 aa  59.3  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  23.57 
 
 		 400 aa  58.5  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  0.00000971423 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  23.11 
 
 		 411 aa  59.3  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0474  integrase family protein  23.53 
 
 		 442 aa  58.9  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3806  phage integrase  23.79 
 
 		 451 aa  58.2  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0304559  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0165  integrase family protein  25.81 
 
 		 369 aa  57.8  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  26.85 
 
 		 381 aa  57  0.0000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7820  putative phage integrase  23.11 
 
 		 451 aa  57.4  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0357  integrase family protein  38.46 
 
 		 389 aa  57.4  0.0000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  23.52 
 
 		 397 aa  57.4  0.0000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3853  integrase family protein  24.65 
 
 		 500 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3028  putative phage integrase family protein  21.68 
 
 		 486 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0596  integrase family protein  23.41 
 
 		 515 aa  56.6  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.687796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3995  phage integrase family protein  24.86 
 
 		 415 aa  55.8  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000158235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3683  phage integrase family protein  23.42 
 
 		 444 aa  55.5  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  29.81 
 
 		 397 aa  55.8  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0290  integrase  25.26 
 
 		 324 aa  54.7  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0955438  normal  0.658855 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2486  hypothetical protein  22.6 
 
 		 413 aa  54.3  0.000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  23.2 
 
 		 401 aa  53.9  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  21.55 
 
 		 429 aa  53.9  0.000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3091  phage integrase family protein  22.79 
 
 		 384 aa  53.5  0.000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0089  phage integrase family protein  29.09 
 
 		 400 aa  53.5  0.000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0366  site-specific recombinase, phage integrase family  24.23 
 
 		 387 aa  53.5  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  hitchhiker  0.00000000819042 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00486  predicted integrase  23.94 
 
 		 387 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0255  phage integrase  22.81 
 
 		 430 aa  52.8  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3579  integrase  30.6 
 
 		 389 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000745226 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0112  phage integrase family protein  23.5 
 
 		 413 aa  52.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.525516  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00491  hypothetical protein  23.94 
 
 		 387 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3986  phage integrase family site specific recombinase  26.38 
 
 		 172 aa  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4029  integrase family protein  31.01 
 
 		 467 aa  52.4  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161912  normal  0.0270341 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  24.29 
 
 		 251 aa  51.6  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3779  phage integrase family protein  26.82 
 
 		 404 aa  51.6  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.794944 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1905  hypothetical protein  27.69 
 
 		 366 aa  51.2  0.00004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.397006  hitchhiker  0.00000424663 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2959  phage integrase family protein  27.61 
 
 		 444 aa  50.8  0.00005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0924112  normal  0.542634 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2717  Phage integrase  23.43 
 
 		 479 aa  50.8  0.00006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3493  integrase  42.59 
 
 		 571 aa  50.4  0.00006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  22.91 
 
 		 388 aa  50.8  0.00006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0792  integrase family protein  23.23 
 
 		 417 aa  50.4  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.637485 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0845  phage integrase  21.16 
 
 		 457 aa  49.7  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1326  phage integrase family protein  21.16 
 
 		 457 aa  49.7  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.558955  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0996  phage integrase family protein  25.37 
 
 		 387 aa  49.7  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000294682 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0154  phage integrase family protein  22.27 
 
 		 451 aa  49.7  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.543339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0402  hypothetical protein  22.22 
 
 		 505 aa  49.7  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.124303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0606  hypothetical protein  22.22 
 
 		 505 aa  49.7  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0175699  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  26.01 
 
 		 354 aa  49.3  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  26.01 
 
 		 354 aa  49.3  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2359  integrase family protein  26.19 
 
 		 398 aa  48.5  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.522134  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2069  phage integrase family protein  22.78 
 
 		 419 aa  49.3  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0530977  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0805  integrase family protein  35.23 
 
 		 433 aa  48.5  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00339873 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0686  integrase family protein  23 
 
 		 472 aa  48.5  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1526  phage integrase  21.88 
 
 		 440 aa  48.5  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  28.57 
 
 		 337 aa  48.5  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4070  site-specific recombinase, phage integrase family  26.35 
 
 		 439 aa  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2526  Phage integrase  24.56 
 
 		 481 aa  47.8  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000237436  normal  0.0434699 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3658  putative bacteriophage integrase  23.36 
 
 		 444 aa  47.8  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0317  phage integrase  27.03 
 
 		 404 aa  47.8  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3340  phage integrase family protein  38.46 
 
 		 452 aa  48.1  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.58116  normal  0.0453376 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0620  integrase family protein  22.38 
 
 		 452 aa  47.8  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1046  integrase family protein  22.22 
 
 		 410 aa  48.1  0.0004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000192278  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3997  integrase family protein  24.31 
 
 		 419 aa  47.8  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3295  hypothetical protein  29.65 
 
 		 255 aa  47.4  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.435139 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3654  Phage integrase  23.64 
 
 		 340 aa  47.4  0.0006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000207497  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2770  integrase family protein  24.01 
 
 		 452 aa  47  0.0007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.251515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0600  prophage DLP12 integrase  23.2 
 
 		 387 aa  47  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000371504 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3935  site-specific recombinase, phage integrase family  25 
 
 		 420 aa  47  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.191126  decreased coverage  0.00000299734 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0995  site-specific recombinase, phage integrase family  23.78 
 
 		 349 aa  47  0.0008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00503137  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>