159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3498 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_3498  integrase family protein  100 
 
 
486 aa  998    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0065  hypothetical protein  37.42 
 
 
417 aa  292  9e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2240  Phage integrase  35.99 
 
 
406 aa  265  1e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1085  hypothetical protein  35.1 
 
 
413 aa  261  2e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3493  integrase family protein  33.82 
 
 
409 aa  239  9e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.247982  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1227  integrase family protein  33.99 
 
 
424 aa  226  1e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.149921  normal  0.536296 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1370  phage integrase  28.18 
 
 
423 aa  182  8.000000000000001e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000628694  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1272  phage integrase family protein  28.45 
 
 
425 aa  179  1e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000707551  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0614  integrase family protein  30.32 
 
 
476 aa  172  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1679  phage-related integrase  29.23 
 
 
410 aa  147  4.0000000000000006e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2136  phage integrase family protein  28.9 
 
 
389 aa  145  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0404563  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1016  integrase family protein  27.06 
 
 
412 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0845  phage integrase  29.95 
 
 
457 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1326  phage integrase family protein  29.95 
 
 
457 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.558955  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0686  integrase family protein  26.28 
 
 
472 aa  97.8  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2717  Phage integrase  26.5 
 
 
479 aa  97.8  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0919  integrase family protein  23.18 
 
 
448 aa  95.5  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.295922  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2956  integrase family protein  24.09 
 
 
487 aa  92.4  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3028  putative phage integrase family protein  24.84 
 
 
486 aa  91.3  4e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2964  phage integrase  24.58 
 
 
387 aa  90.5  6e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0596  integrase family protein  24.18 
 
 
515 aa  90.1  8e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.687796  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3806  phage integrase  25.8 
 
 
451 aa  89.4  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0304559  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0620  integrase family protein  25.56 
 
 
452 aa  86.3  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3340  phage integrase family protein  24.59 
 
 
452 aa  85.5  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.58116  normal  0.0453376 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1864  integrase family protein  27.01 
 
 
429 aa  77.4  0.0000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2612  phage integrase family protein  25.67 
 
 
443 aa  77  0.0000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0154  phage integrase family protein  27.69 
 
 
451 aa  76.3  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.543339  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2535  phage integrase  28.27 
 
 
463 aa  73.9  0.000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2770  integrase family protein  23.96 
 
 
452 aa  73.2  0.00000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.251515  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0402  hypothetical protein  22.25 
 
 
505 aa  72.4  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.124303  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0606  hypothetical protein  22.25 
 
 
505 aa  72.4  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0175699  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0094  Phage integrase  23.96 
 
 
449 aa  71.2  0.00000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000297047  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2529  phage integrase  26.96 
 
 
375 aa  71.2  0.00000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153189  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4157  integrase family protein  26.23 
 
 
432 aa  71.2  0.00000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.225884  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  27.27 
 
 
402 aa  71.2  0.00000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0474  integrase family protein  22.34 
 
 
442 aa  70.5  0.00000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3091  phage integrase family protein  24.28 
 
 
384 aa  70.5  0.00000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2359  integrase family protein  23.5 
 
 
398 aa  69.7  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.522134  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7820  putative phage integrase  24.3 
 
 
451 aa  68.9  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1844  phage integrase family protein  24.63 
 
 
426 aa  69.3  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0357  integrase family protein  25.89 
 
 
389 aa  68.6  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  23.81 
 
 
367 aa  67.8  0.0000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3323  integrase family protein  24.38 
 
 
441 aa  66.6  0.0000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3867  phage integrase  23.74 
 
 
400 aa  65.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3805  integrase family protein  29.03 
 
 
450 aa  65.5  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  25.1 
 
 
388 aa  65.1  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2564  phage integrase family protein  22.73 
 
 
417 aa  65.1  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.326638  hitchhiker  0.000921348 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1526  phage integrase  23.88 
 
 
440 aa  64.7  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  23.21 
 
 
393 aa  64.3  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4340  phage integrase family protein  24.79 
 
 
420 aa  63.9  0.000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.185587  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3752  phage integrase family protein  37.11 
 
 
422 aa  63.2  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.538338  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1247  putative phage related integrase  24.1 
 
 
434 aa  62  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3853  integrase family protein  25.69 
 
 
500 aa  62.4  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  26.4 
 
 
421 aa  62.4  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  24.35 
 
 
397 aa  62.4  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0112  phage integrase family protein  24.95 
 
 
413 aa  61.6  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.525516  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2460  integrase family protein  24.84 
 
 
415 aa  61.2  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2486  hypothetical protein  23.15 
 
 
413 aa  60.1  0.00000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  25.71 
 
 
397 aa  60.1  0.00000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0292  phage integrase family protein  24.13 
 
 
440 aa  59.7  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3995  phage integrase family protein  23 
 
 
415 aa  58.2  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000158235  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  22.93 
 
 
400 aa  57.8  0.0000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  0.00000971423 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0395  phage integrase family protein  23.7 
 
 
396 aa  57.4  0.0000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436905  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4029  integrase family protein  28.97 
 
 
467 aa  57.4  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161912  normal  0.0270341 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1673  integrase family protein  23.78 
 
 
374 aa  57  0.0000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000152851  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2399  hypothetical protein  34.02 
 
 
137 aa  57  0.0000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.229698  normal  0.0250128 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3738  hypothetical protein  23.66 
 
 
384 aa  57  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3461  integrase family protein  23.16 
 
 
435 aa  57  0.0000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.538189  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3114  phage integrase family protein  25.96 
 
 
284 aa  56.2  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6722  integrase family protein  22.05 
 
 
413 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1170  phage integrase family protein  31.21 
 
 
412 aa  56.2  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00333929  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3274  phage integrase family site specific recombinase  31.44 
 
 
159 aa  55.5  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  26.15 
 
 
401 aa  55.8  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1905  hypothetical protein  24.62 
 
 
366 aa  55.1  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.397006  hitchhiker  0.00000424663 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  23.23 
 
 
411 aa  54.7  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4935  putative phage-like integrase  24.68 
 
 
434 aa  55.1  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3986  phage integrase family site specific recombinase  30.41 
 
 
172 aa  54.7  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2093  integrase family protein  22.44 
 
 
400 aa  52.8  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  26.44 
 
 
381 aa  53.1  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3747  integrase  23.39 
 
 
399 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0341835  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2622  integrase protein  23.77 
 
 
400 aa  52.4  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.561112  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1646  integrase family protein  28.49 
 
 
330 aa  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3306  Phage integrase  26.81 
 
 
450 aa  52.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.889733  normal  0.962231 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0255  phage integrase  23.64 
 
 
430 aa  52.8  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0318  hypothetical protein  26.47 
 
 
515 aa  52.4  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2959  phage integrase family protein  23.39 
 
 
444 aa  51.2  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0924112  normal  0.542634 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4605  phage integrase family protein  33.61 
 
 
418 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.801465  normal  0.0167588 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1111  phage integrase family protein  25.54 
 
 
329 aa  50.4  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.30334  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004301  phage integrase  22.49 
 
 
415 aa  50.1  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3683  phage integrase family protein  23.84 
 
 
444 aa  50.4  0.00008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4162  integrase family protein  27.14 
 
 
396 aa  50.1  0.00009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0372  phage family integrase  24 
 
 
422 aa  50.1  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0747  Phage integrase  30.08 
 
 
418 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.236649  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1761  integrase family protein  25.78 
 
 
361 aa  49.7  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2480  integrase, phage family  29.37 
 
 
413 aa  49.7  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00704938  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2665  integrase family protein  29.19 
 
 
407 aa  48.9  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000119591  normal  0.757223 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  33.82 
 
 
339 aa  49.3  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3121  phage integrase family protein  23.25 
 
 
449 aa  48.9  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0671  phage integrase family protein  24.01 
 
 
401 aa  48.5  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.707055 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4137  phage integrase family protein  35.05 
 
 
400 aa  48.9  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.031573  normal  0.207643 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>