94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_2399 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_2399  hypothetical protein  100 
 
 
137 aa  279  1e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.229698  normal  0.0250128 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3752  phage integrase family protein  78.99 
 
 
422 aa  202  2e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.538338  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  49.06 
 
 
411 aa  107  5e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1864  integrase family protein  47.9 
 
 
429 aa  106  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0620  integrase family protein  45.04 
 
 
452 aa  102  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7820  putative phage integrase  44.54 
 
 
451 aa  95.5  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2770  integrase family protein  46.09 
 
 
452 aa  95.1  3e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.251515  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  45.45 
 
 
397 aa  94  6e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2535  phage integrase  52.78 
 
 
463 aa  91.7  3e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0154  phage integrase family protein  41.38 
 
 
451 aa  90.9  5e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.543339  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3806  phage integrase  41.74 
 
 
451 aa  90.5  6e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0304559  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2622  integrase protein  45.79 
 
 
400 aa  87.4  6e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.561112  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3747  integrase  42.99 
 
 
399 aa  84  6e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0341835  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  42.06 
 
 
393 aa  83.6  8e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3724  putative integrase protein  42.86 
 
 
143 aa  82.8  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1182  putative phage integrase  42.99 
 
 
400 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.383522  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4137  phage integrase family protein  42.99 
 
 
400 aa  81.6  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.031573  normal  0.207643 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1244  phage integrase family protein  43.93 
 
 
399 aa  82  0.000000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.797454  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0671  phage integrase family protein  42.06 
 
 
401 aa  81.3  0.000000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.707055 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4157  integrase family protein  42.61 
 
 
432 aa  80.5  0.000000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.225884  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2959  phage integrase family protein  40.54 
 
 
444 aa  80.1  0.000000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0924112  normal  0.542634 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3091  phage integrase family protein  45.95 
 
 
384 aa  79  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36120  Phage integrase  41.12 
 
 
400 aa  78.6  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1236  phage integrase  41.12 
 
 
399 aa  78.2  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449507  normal  0.10874 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3738  hypothetical protein  44.14 
 
 
384 aa  77.8  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  37.84 
 
 
388 aa  77.8  0.00000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2240  Phage integrase  38.4 
 
 
406 aa  77.8  0.00000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2601  integrase family protein  42.99 
 
 
399 aa  77.4  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.533125 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2625  phage integrase family protein  41.12 
 
 
400 aa  77.4  0.00000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.046264 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3045  phage integrase  42.99 
 
 
415 aa  77.4  0.00000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.172973 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2745  integrase family protein  42.99 
 
 
415 aa  77.4  0.00000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.99512  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3540  integrase family protein  42.06 
 
 
399 aa  77  0.00000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4029  integrase family protein  38.53 
 
 
467 aa  76.3  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161912  normal  0.0270341 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31280  putative integrase  41.12 
 
 
401 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000488668  unclonable  4.84268e-22 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1865  integrase family protein  41.12 
 
 
401 aa  75.9  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.94549  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1227  integrase family protein  43.64 
 
 
424 aa  74.3  0.0000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.149921  normal  0.536296 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1679  phage-related integrase  45.98 
 
 
410 aa  74.3  0.0000000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0919  integrase family protein  35.9 
 
 
448 aa  73.9  0.0000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.295922  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0807  integrase protein  41.12 
 
 
181 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3853  integrase family protein  39.64 
 
 
500 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1844  phage integrase family protein  38.46 
 
 
426 aa  68.6  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1170  phage integrase family protein  41.18 
 
 
412 aa  68.9  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00333929  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0497  integrase family protein  42.99 
 
 
412 aa  68.6  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1016  integrase family protein  35.14 
 
 
412 aa  66.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0306  phage integrase  39 
 
 
417 aa  64.7  0.0000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  35.19 
 
 
400 aa  64.7  0.0000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  0.00000971423 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4340  phage integrase family protein  40.8 
 
 
420 aa  63.2  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.185587  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0065  hypothetical protein  32.84 
 
 
417 aa  61.6  0.000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0112  phage integrase family protein  33.33 
 
 
413 aa  61.6  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.525516  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1247  putative phage related integrase  36.52 
 
 
434 aa  59.7  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5073  hypothetical protein  40 
 
 
159 aa  57.4  0.00000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3498  integrase family protein  34.02 
 
 
486 aa  57  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0366  integrase family protein  37.36 
 
 
439 aa  55.8  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.134449 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0805  integrase family protein  38.14 
 
 
433 aa  55.8  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00339873 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0217  phage-related integrase  38.04 
 
 
413 aa  55.1  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838235  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3683  phage integrase family protein  34.45 
 
 
444 aa  54.7  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3493  integrase family protein  29.36 
 
 
409 aa  52.8  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.247982  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  32.22 
 
 
379 aa  53.5  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0064  integrative genetic element Gsu32, integrase  33.33 
 
 
439 aa  53.1  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2136  phage integrase family protein  32.73 
 
 
389 aa  52.4  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0404563  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0255  phage integrase  38.26 
 
 
430 aa  51.6  0.000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0357  integrase family protein  34.83 
 
 
389 aa  51.2  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2964  phage integrase  36.45 
 
 
387 aa  50.1  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2460  integrase family protein  30.08 
 
 
415 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  34.21 
 
 
402 aa  49.7  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3396  integrase family protein  38.04 
 
 
414 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.194125  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3121  phage integrase family protein  38.3 
 
 
449 aa  48.1  0.00004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2416  integrase family protein  34.02 
 
 
443 aa  47.8  0.00006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1371  phage integrase family protein  46.43 
 
 
453 aa  47.4  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  33.62 
 
 
401 aa  46.6  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0614  integrase family protein  41.49 
 
 
476 aa  46.6  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1085  hypothetical protein  29.82 
 
 
413 aa  46.6  0.0001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2486  hypothetical protein  32.69 
 
 
413 aa  46.2  0.0001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2900  phage integrase  35.34 
 
 
391 aa  45.8  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.211341  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3082  phage integrase family protein  36.36 
 
 
437 aa  45.8  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1326  phage integrase family protein  33.63 
 
 
457 aa  45.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.558955  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0845  phage integrase  33.63 
 
 
457 aa  45.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2496  hypothetical protein  44.68 
 
 
77 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00388576  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1997  site specific recombinase  37.5 
 
 
279 aa  44.3  0.0006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.151252 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3737  hypothetical protein  32 
 
 
150 aa  43.5  0.0009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1584  phage integrase family protein  27.66 
 
 
376 aa  43.5  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3658  putative bacteriophage integrase  36.76 
 
 
444 aa  43.5  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4399  integrase family protein  30.56 
 
 
376 aa  43.5  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.685705  normal  0.0426652 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3721  phage integrase family protein  30.56 
 
 
376 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2211  phage integrase  34.23 
 
 
423 aa  43.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.684899  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0044  phage integrase family site specific recombinase  30.56 
 
 
376 aa  43.5  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374231  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0094  Phage integrase  33.33 
 
 
449 aa  42.4  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000297047  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  25.37 
 
 
429 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  36.47 
 
 
404 aa  41.6  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3306  Phage integrase  31.9 
 
 
450 aa  41.2  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.889733  normal  0.962231 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2626  phage integrase family protein  34.94 
 
 
393 aa  41.2  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000269871  normal  0.0831358 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2428  phage integrase family protein  33.96 
 
 
398 aa  40.8  0.006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0129894  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2942  phage integrase family protein  31.46 
 
 
392 aa  40.8  0.007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000983731 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2292  phage integrase family protein  31.25 
 
 
393 aa  40.4  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.919949  normal  0.20238 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>