222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_1838 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_1838  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 443 aa  892    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.858327  unclonable  0.000000000675364 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0436  peptidoglycan-binding LysM  59.02 
 
 		 371 aa  219  8.999999999999998e-56  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.780334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0471  peptidoglycan-binding LysM  58.38 
 
 		 398 aa  216  5.9999999999999996e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.581865 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  35.33 
 
 		 1001 aa  78.6  0.0000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  34.67 
 
 		 1021 aa  77  0.0000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2755  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  35.8 
 
 		 581 aa  72.8  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00949544  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  35.97 
 
 		 1079 aa  73.2  0.00000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0223  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  32.37 
 
 		 470 aa  70.5  0.00000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0489  cell wall hydrolase/autolysin  33.77 
 
 		 560 aa  69.3  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000671829  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2378  peptidoglycan-binding LysM  32.35 
 
 		 634 aa  69.3  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.903959  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0122  NLP/P60 protein  34.59 
 
 		 301 aa  66.2  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.806641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  28.25 
 
 		 620 aa  66.2  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3724  cell wall hydrolase/autolysin  34.48 
 
 		 557 aa  66.2  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0816524  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  32.84 
 
 		 556 aa  66.2  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1297  LysM/M23/M37 peptidase  26.67 
 
 		 301 aa  64.7  0.000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000265037  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0532  cell wall hydrolase/autolysin  33.09 
 
 		 563 aa  62.8  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00749255  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2634  peptidoglycan-binding LysM  33.33 
 
 		 302 aa  62.8  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.258799 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3922  cell wall hydrolase/autolysin  32.24 
 
 		 542 aa  62  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00766484  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11320  Peptidoglycan-binding LysM  27.22 
 
 		 173 aa  61.6  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00223945  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  31.85 
 
 		 539 aa  61.6  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  29.55 
 
 		 554 aa  61.2  0.00000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.6 
 
 		 532 aa  61.2  0.00000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22030  Peptidoglycan-binding LysM  30.83 
 
 		 409 aa  60.1  0.00000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4147  peptidoglycan-binding LysM  27.41 
 
 		 250 aa  59.7  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0392634 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1238  Peptidoglycan-binding LysM  29.24 
 
 		 179 aa  59.3  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000457742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0014  glycoside hydrolase family 18  29.85 
 
 		 428 aa  59.3  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07930  cell wall hydrolase SleB  25.42 
 
 		 310 aa  58.9  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  29.55 
 
 		 553 aa  58.9  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2842  LysM repeat-containing protein  35.11 
 
 		 389 aa  57.4  0.0000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3802  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  33.83 
 
 		 637 aa  57.4  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0514476  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00097  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  33.11 
 
 		 576 aa  57  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.15 
 
 		 528 aa  57  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0925  peptidoglycan binding domain-containing protein  28.06 
 
 		 327 aa  57  0.0000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  26.09 
 
 		 546 aa  56.6  0.0000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0702  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  33.08 
 
 		 631 aa  56.6  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00039621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.66 
 
 		 527 aa  56.2  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002256  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiB precursor  33.59 
 
 		 571 aa  55.8  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000111797  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3656  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  33.08 
 
 		 593 aa  56.2  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000106561  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0017  glycoside hydrolase family 18  27.94 
 
 		 428 aa  55.8  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000350058  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06440  polysaccharide deacetylase  27.33 
 
 		 405 aa  55.8  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.467697  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  27.85 
 
 		 547 aa  56.2  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  36.43 
 
 		 595 aa  56.2  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1096  cell wall hydrolase, SleB  28.03 
 
 		 304 aa  55.8  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.345588  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 		 447 aa  55.5  0.000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06400  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  28 
 
 		 797 aa  54.3  0.000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  30.6 
 
 		 550 aa  54.3  0.000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  31.91 
 
 		 495 aa  53.9  0.000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1082  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.35 
 
 		 400 aa  54.3  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.690054  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1800  peptidoglycan-binding LysM  30.3 
 
 		 503 aa  53.9  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.199953  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  31.3 
 
 		 661 aa  53.9  0.000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  31.82 
 
 		 517 aa  53.5  0.000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0625  NLP/P60 protein  30.37 
 
 		 466 aa  53.5  0.000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00171515  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  26.45 
 
 		 514 aa  53.5  0.000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  31.85 
 
 		 534 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0704  CHAP domain-containing protein  32.54 
 
 		 265 aa  53.1  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000444371  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0689  CHAP domain-containing protein  32.54 
 
 		 265 aa  53.1  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00699042  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  26.42 
 
 		 523 aa  52.8  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3314  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.94 
 
 		 447 aa  52.8  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000664916  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1087  lytic transglycosylase, catalytic  31.13 
 
 		 650 aa  52.8  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.106498  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  26.95 
 
 		 587 aa  52.4  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1840  cell wall hydrolase SleB  26.11 
 
 		 264 aa  52.4  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000645557  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2089  Peptidase M23  31.78 
 
 		 751 aa  51.6  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000016694 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  26.72 
 
 		 518 aa  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  29.21 
 
 		 733 aa  52.4  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3241  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  32.35 
 
 		 840 aa  52  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  27.68 
 
 		 476 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01000  LysM-repeat domain protein  25.38 
 
 		 651 aa  51.6  0.00003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3606  cell wall hydrolase  26.21 
 
 		 265 aa  51.2  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000000694282  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3503  cell wall hydrolase  26.21 
 
 		 265 aa  51.2  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  9.350139999999999e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3893  cell wall hydrolase  26.21 
 
 		 265 aa  51.2  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000146791  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0380  Lytic transglycosylase catalytic  27.1 
 
 		 555 aa  51.6  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1065  peptidase M23B  27.67 
 
 		 373 aa  51.6  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0161444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1793  peptidase M23B  37.35 
 
 		 426 aa  51.6  0.00003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.532041  normal  0.0360441 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0538  MltD domain-containing protein  28.87 
 
 		 474 aa  51.6  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3774  putative cell wall hydrolase  26.21 
 
 		 265 aa  51.2  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000351199 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06410  cell wall hydrolase SleB  27.56 
 
 		 546 aa  51.6  0.00003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2137  Peptidase M23  29.08 
 
 		 466 aa  51.6  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000635965 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  25.93 
 
 		 552 aa  51.2  0.00004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  29.32 
 
 		 570 aa  50.8  0.00004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1388  NLP/P60  43.64 
 
 		 303 aa  50.8  0.00004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.297937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  25.85 
 
 		 515 aa  50.8  0.00004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  24.34 
 
 		 580 aa  51.2  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3006  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  21.86 
 
 		 289 aa  50.8  0.00004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  27.68 
 
 		 476 aa  50.8  0.00005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  30.66 
 
 		 515 aa  50.8  0.00005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3033  peptidase M23B  25.37 
 
 		 328 aa  50.8  0.00005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  33.83 
 
 		 523 aa  50.4  0.00006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2898  Lytic transglycosylase catalytic  28.15 
 
 		 849 aa  50.4  0.00006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.52326 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  23.53 
 
 		 617 aa  50.4  0.00006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2522  peptidase M23B  31.37 
 
 		 464 aa  50.4  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158439  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1839  peptidoglycan-binding LysM  29.92 
 
 		 314 aa  50.1  0.00007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.955288  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3862  putative cell wall hydrolase  25.95 
 
 		 265 aa  50.4  0.00007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000210035  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21721  LysM domain-containing protein  28.79 
 
 		 499 aa  50.4  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0486774 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1954  NLP/P60 protein  30.37 
 
 		 384 aa  50.4  0.00007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  21.94 
 
 		 543 aa  50.1  0.00008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1436  putative cell wall hydrolase  25 
 
 		 265 aa  50.1  0.00008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000951619  hitchhiker  0.000921187 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3414  MltD domain-containing protein  27.59 
 
 		 474 aa  50.1  0.00008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.387896 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  30.37 
 
 		 515 aa  50.1  0.00008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  28.57 
 
 		 498 aa  50.1  0.00008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2149  Slt family transglycosylase  25 
 
 		 442 aa  50.1  0.00009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.20197  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>