More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene P9303_21721 on replicon NC_008820
Organism: Prochlorococcus marinus str. MIT 9303



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008820  P9303_21721  LysM domain-containing protein  100 
 
 
499 aa  999    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0486774 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0496  peptidoglycan-binding LysM  51.97 
 
 
337 aa  309  1.0000000000000001e-82  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0756826 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1839  peptidoglycan-binding LysM  48.16 
 
 
314 aa  285  1.0000000000000001e-75  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.955288  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03671  hypothetical protein  35.15 
 
 
287 aa  161  2e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.651012  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3241  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  35.14 
 
 
840 aa  129  9.000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  38.07 
 
 
661 aa  116  6.9999999999999995e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1096  cell wall hydrolase, SleB  43.02 
 
 
304 aa  114  3e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.345588  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  28 
 
 
1001 aa  110  6e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22030  Peptidoglycan-binding LysM  26.64 
 
 
409 aa  108  2e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04231  LysM domain-containing protein  25 
 
 
286 aa  105  3e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1708  peptidoglycan-binding LysM  25 
 
 
286 aa  103  8e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0335669  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  28.14 
 
 
1021 aa  103  9e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1124  Lytic transglycosylase catalytic  32.91 
 
 
596 aa  102  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.331825  normal  0.414792 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06410  cell wall hydrolase SleB  26.8 
 
 
546 aa  102  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2063  Lytic transglycosylase catalytic  34.84 
 
 
445 aa  102  2e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0100  LysM domain-containing protein  36.73 
 
 
324 aa  101  3e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.54299  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2008  Peptidase M23  35.62 
 
 
602 aa  99  2e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0223  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  32.07 
 
 
470 aa  97.8  4e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0644  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  28.62 
 
 
679 aa  96.7  9e-19  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.165193  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1853  mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  28.46 
 
 
568 aa  95.1  3e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000056221  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  33.19 
 
 
617 aa  94.4  4e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3005  peptidoglycan-binding LysM  27.2 
 
 
423 aa  93.2  9e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000564074  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1555  peptidoglycan-binding LysM  32.23 
 
 
399 aa  90.1  9e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.212463  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  32.19 
 
 
620 aa  89.4  1e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0925  peptidoglycan binding domain-containing protein  25.66 
 
 
327 aa  89  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  34.08 
 
 
554 aa  88.2  3e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0499  CHAP domain-containing protein  36.07 
 
 
334 aa  87.4  5e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000123555  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0486  CHAP domain-containing protein  36.07 
 
 
334 aa  87.4  5e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0271604  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.71 
 
 
532 aa  87  8e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  33.33 
 
 
527 aa  85.9  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  26.83 
 
 
1079 aa  85.1  0.000000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.33 
 
 
528 aa  84.7  0.000000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2898  Lytic transglycosylase catalytic  31.77 
 
 
849 aa  84  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.52326 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11320  Peptidoglycan-binding LysM  29.75 
 
 
173 aa  83.6  0.000000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00223945  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  33.9 
 
 
547 aa  83.6  0.000000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3231  Peptidoglycan-binding LysM  39.29 
 
 
390 aa  83.6  0.000000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0309569 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2988  lytic transglycosylase  41.07 
 
 
503 aa  82.8  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.351153  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06400  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  31.25 
 
 
797 aa  83.2  0.00000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00097  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  34.07 
 
 
576 aa  81.6  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  31.11 
 
 
519 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0326  muramidase  32.98 
 
 
372 aa  81.3  0.00000000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000174883  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3006  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  30.46 
 
 
289 aa  80.9  0.00000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  33.07 
 
 
612 aa  80.5  0.00000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.07 
 
 
612 aa  80.5  0.00000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.48 
 
 
517 aa  80.1  0.00000000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002256  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiB precursor  36.97 
 
 
571 aa  79.7  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000111797  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1271  peptidoglycan-binding LysM  32.93 
 
 
307 aa  79.3  0.0000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000333433 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  33.67 
 
 
544 aa  79  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0496507 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  32.97 
 
 
519 aa  78.6  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2780  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  35.43 
 
 
579 aa  78.6  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.395604  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  31.55 
 
 
543 aa  77.8  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1363  Peptidase M23  34.57 
 
 
402 aa  77.8  0.0000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.498283  normal  0.685593 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2172  peptidase M23B  41.28 
 
 
284 aa  76.3  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  33.87 
 
 
539 aa  75.9  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  30.77 
 
 
595 aa  76.3  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1754  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  40.59 
 
 
448 aa  75.9  0.000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0659855  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1448  Peptidase M23  21.19 
 
 
509 aa  75.5  0.000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000360423  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  39.49 
 
 
733 aa  75.5  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  32.29 
 
 
556 aa  75.1  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2378  peptidoglycan-binding LysM  30.08 
 
 
634 aa  74.3  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.903959  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06440  polysaccharide deacetylase  28.04 
 
 
405 aa  74.7  0.000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.467697  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1211  NLP/P60 protein  32.16 
 
 
338 aa  74.7  0.000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000171376  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  31.87 
 
 
550 aa  73.9  0.000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03571  LysM domain-containing protein  27.82 
 
 
253 aa  73.9  0.000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0538  muramidase (flagellum-specific)  29.7 
 
 
361 aa  73.6  0.000000000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000149562  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  31.35 
 
 
580 aa  73.6  0.000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1153  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  40.59 
 
 
429 aa  73.6  0.000000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0116595  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03561  LysM domain-containing protein  30.7 
 
 
253 aa  72.8  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1238  Peptidoglycan-binding LysM  26.63 
 
 
179 aa  72.8  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000457742  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4147  peptidoglycan-binding LysM  40.4 
 
 
250 aa  72.8  0.00000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0392634 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03621  LysM domain-containing protein  29.53 
 
 
253 aa  72.8  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.624755  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  28.65 
 
 
515 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  28.8 
 
 
515 aa  71.2  0.00000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1556  Lytic transglycosylase catalytic  29.79 
 
 
440 aa  71.2  0.00000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  29.94 
 
 
511 aa  70.9  0.00000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  29.78 
 
 
517 aa  70.9  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  28.81 
 
 
514 aa  70.9  0.00000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  31.61 
 
 
546 aa  70.9  0.00000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  28.65 
 
 
515 aa  70.5  0.00000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  30.73 
 
 
518 aa  70.5  0.00000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  28.65 
 
 
515 aa  70.5  0.00000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  28.65 
 
 
519 aa  70.9  0.00000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2039  Peptidase M23  33.74 
 
 
414 aa  70.5  0.00000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0205491  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  32.84 
 
 
498 aa  70.1  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  28.65 
 
 
515 aa  70.1  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  28.09 
 
 
515 aa  69.7  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3656  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  38.1 
 
 
593 aa  68.6  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000106561  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3802  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  38.1 
 
 
637 aa  68.9  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0514476  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  28.09 
 
 
515 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3560  Peptidoglycan-binding LysM  26.6 
 
 
446 aa  68.2  0.0000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  31.19 
 
 
570 aa  68.2  0.0000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0702  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  38.1 
 
 
631 aa  68.6  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00039621  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3173  peptidase M23B  39.39 
 
 
314 aa  67.8  0.0000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000536198  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1767  peptidase M23B  35.92 
 
 
465 aa  67.8  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  29.6 
 
 
534 aa  68.2  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0532  cell wall hydrolase/autolysin  41.07 
 
 
563 aa  67.8  0.0000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00749255  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0625  NLP/P60 protein  36.17 
 
 
466 aa  67.4  0.0000000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00171515  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13740  soluble lytic murein transglycosylase-like protein  31.72 
 
 
390 aa  67.4  0.0000000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10980  peptidase M23B  31.62 
 
 
274 aa  67.4  0.0000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000310987  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  29.06 
 
 
515 aa  67  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>