More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_1273 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  100 
 
 
1001 aa  2014    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  94.32 
 
 
1021 aa  1884    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  53.35 
 
 
1079 aa  995    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  37.6 
 
 
543 aa  265  2e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  48.7 
 
 
492 aa  263  2e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2530  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  47.33 
 
 
547 aa  261  6e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171076  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1189  SLT:MLTD_N  47.93 
 
 
507 aa  259  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.103616 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  45.79 
 
 
528 aa  259  2e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1177  lytic transglycosylase catalytic  46.15 
 
 
529 aa  258  3e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000111267  normal  0.0154135 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1165  lytic transglycosylase, catalytic  46.15 
 
 
529 aa  258  4e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000346061  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  33.97 
 
 
515 aa  258  5e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1378  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  47.57 
 
 
495 aa  257  7e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0871  lytic transglycosylase catalytic  45.42 
 
 
561 aa  257  7e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000448288  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4430  lytic transglycosylase like protein  45.79 
 
 
524 aa  257  8e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000408016  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  48.82 
 
 
530 aa  255  3e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2870  Lytic transglycosylase catalytic  46.88 
 
 
564 aa  255  3e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00000269929  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1254  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  47.06 
 
 
564 aa  255  3e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000724921  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  40.46 
 
 
534 aa  255  3e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  48.82 
 
 
534 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  45.42 
 
 
525 aa  254  5.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  45.42 
 
 
525 aa  254  5.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000451956  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0807  lytic transglycosylase, catalytic  45.42 
 
 
525 aa  254  6e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000488034  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  33.85 
 
 
580 aa  254  8.000000000000001e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  47.33 
 
 
476 aa  249  2e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  45.28 
 
 
498 aa  249  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  47.33 
 
 
476 aa  249  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  43.96 
 
 
552 aa  249  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2038  MLTD_N domain protein  45.99 
 
 
516 aa  249  2e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464579  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0592  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  43.96 
 
 
553 aa  249  3e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0766  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  43.96 
 
 
530 aa  248  3e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0559  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  43.96 
 
 
530 aa  248  3e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  43.96 
 
 
530 aa  248  3e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1469  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  43.96 
 
 
530 aa  248  3e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.554784  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  46.95 
 
 
476 aa  248  3e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1276  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  43.96 
 
 
530 aa  248  3e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.633105  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  45.49 
 
 
531 aa  248  4e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000442386  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  47.33 
 
 
473 aa  248  4e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1730  MLTD_N domain protein  45.99 
 
 
516 aa  248  4e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0587435  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2186  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic:MLTD_N  45.26 
 
 
557 aa  248  4.9999999999999997e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.27 
 
 
532 aa  248  4.9999999999999997e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  38.76 
 
 
548 aa  248  4.9999999999999997e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  43.97 
 
 
446 aa  246  9.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1973  lytic transglycosylase catalytic  43.87 
 
 
578 aa  246  1.9999999999999999e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.203467 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  43.59 
 
 
570 aa  245  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2028  membrane-bound lytic murein transglycosylase, putative  33.46 
 
 
562 aa  244  6e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4898  lytic transglycosylase catalytic  43.98 
 
 
511 aa  244  6e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0590  lytic transglycosylase, catalytic  44.07 
 
 
515 aa  242  2.9999999999999997e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1516  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase-like lipoprotein  43.22 
 
 
451 aa  241  4e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.892802  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1742  lytic transglycosylase, catalytic  44.53 
 
 
504 aa  238  4e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785643  normal  0.0879149 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1976  Lytic transglycosylase catalytic  44.49 
 
 
504 aa  237  1.0000000000000001e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  38.24 
 
 
552 aa  236  2.0000000000000002e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  45.67 
 
 
539 aa  236  2.0000000000000002e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1021  lytic transglycosylase, catalytic  44.66 
 
 
477 aa  234  4.0000000000000004e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.847474  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2278  lytic transglycosylase, catalytic  43.53 
 
 
467 aa  234  6e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2292  Lytic transglycosylase catalytic  45.7 
 
 
458 aa  234  8.000000000000001e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.376038  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1677  lytic transglycosylase, catalytic  44.02 
 
 
524 aa  233  1e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.728963 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2650  lytic transglycosylase, catalytic  44.53 
 
 
514 aa  233  1e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.012845 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  44.19 
 
 
455 aa  232  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0285  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  44.19 
 
 
406 aa  231  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0298  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  44.19 
 
 
406 aa  231  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349591  normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0290  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  44.19 
 
 
406 aa  231  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0283  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  44.19 
 
 
406 aa  231  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.632709  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2337  Lytic transglycosylase catalytic  42.75 
 
 
538 aa  230  8e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.627607  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1461  lytic transglycosylase, catalytic  40.81 
 
 
509 aa  229  1e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0063107  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  43.36 
 
 
472 aa  229  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  43.36 
 
 
459 aa  229  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.8 
 
 
452 aa  228  4e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.8 
 
 
452 aa  228  4e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.8 
 
 
452 aa  228  4e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.8 
 
 
452 aa  228  4e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  40.8 
 
 
452 aa  228  4e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.8 
 
 
452 aa  228  4e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  42.35 
 
 
518 aa  227  8e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  44.71 
 
 
501 aa  227  1e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  42.32 
 
 
455 aa  227  1e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  42.75 
 
 
395 aa  226  2e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  43.53 
 
 
406 aa  226  2e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  36.72 
 
 
554 aa  226  2e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  43.53 
 
 
406 aa  226  2e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  35.69 
 
 
524 aa  222  3e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.29 
 
 
475 aa  219  2e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  32.61 
 
 
550 aa  218  5e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  36.67 
 
 
527 aa  218  5e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  38.83 
 
 
556 aa  217  7e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.59 
 
 
464 aa  217  7e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  42.91 
 
 
457 aa  216  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  36.62 
 
 
527 aa  215  2.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  42.13 
 
 
457 aa  214  5.999999999999999e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  41.34 
 
 
465 aa  213  1e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  39.11 
 
 
511 aa  212  2e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  38.71 
 
 
528 aa  211  6e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  41.77 
 
 
553 aa  209  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  40.71 
 
 
485 aa  208  4e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  39.92 
 
 
474 aa  207  7e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  39.69 
 
 
517 aa  206  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  38.18 
 
 
519 aa  206  2e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  37.36 
 
 
517 aa  204  5e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1945  lytic transglycosylase  40.84 
 
 
445 aa  204  9.999999999999999e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106918  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1127  hypothetical protein  40.16 
 
 
442 aa  202  3.9999999999999996e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  38.52 
 
 
519 aa  201  6e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>