More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1720 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  99.58 
 
 		 476 aa  967    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  62.76 
 
 		 530 aa  649    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  62.84 
 
 		 534 aa  648    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  66.33 
 
 		 492 aa  671    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  95.7 
 
 		 476 aa  914    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  92.02 
 
 		 473 aa  903    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  100 
 
 		 476 aa  974    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  56.02 
 
 		 534 aa  587  1e-166  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  57.34 
 
 		 515 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  54.38 
 
 		 498 aa  529  1e-149  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  54.65 
 
 		 446 aa  486  1e-136  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1378  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  53.74 
 
 		 495 aa  362  6e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1189  SLT:MLTD_N  52.42 
 
 		 507 aa  354  2e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.103616 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  40.41 
 
 		 543 aa  349  7e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  41.28 
 
 		 548 aa  341  2e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  40.96 
 
 		 556 aa  338  9.999999999999999e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  40.22 
 
 		 580 aa  330  4e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  39.28 
 
 		 554 aa  313  3.9999999999999997e-84  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  37.84 
 
 		 539 aa  313  3.9999999999999997e-84  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  36.97 
 
 		 552 aa  303  6.000000000000001e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.78 
 
 		 532 aa  302  7.000000000000001e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  38.3 
 
 		 528 aa  300  3e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.73 
 
 		 465 aa  300  3e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.99 
 
 		 452 aa  300  4e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.99 
 
 		 452 aa  300  4e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.39 
 
 		 464 aa  300  4e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  37.99 
 
 		 452 aa  300  4e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.99 
 
 		 452 aa  300  4e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.99 
 
 		 452 aa  300  4e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.99 
 
 		 452 aa  300  5e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4898  lytic transglycosylase catalytic  42.93 
 
 		 511 aa  300  5e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.74 
 
 		 455 aa  299  7e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  38.13 
 
 		 553 aa  299  7e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  34.35 
 
 		 519 aa  299  8e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36 
 
 		 472 aa  299  9e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.44 
 
 		 459 aa  299  9e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  34.58 
 
 		 517 aa  298  1e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0285  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.15 
 
 		 406 aa  297  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0290  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.15 
 
 		 406 aa  297  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0298  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.15 
 
 		 406 aa  297  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349591  normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0283  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.15 
 
 		 406 aa  297  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.632709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  38.31 
 
 		 455 aa  296  6e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.51 
 
 		 406 aa  293  3e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.51 
 
 		 406 aa  293  3e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.05 
 
 		 457 aa  293  4e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  38.56 
 
 		 518 aa  291  2e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.46 
 
 		 475 aa  290  3e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  40.92 
 
 		 501 aa  290  4e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  38.94 
 
 		 524 aa  289  6e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  38.59 
 
 		 457 aa  289  7e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  36.44 
 
 		 527 aa  287  2.9999999999999996e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1945  lytic transglycosylase  41.61 
 
 		 445 aa  286  4e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106918  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  35.62 
 
 		 519 aa  286  5e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0871  lytic transglycosylase catalytic  40.28 
 
 		 561 aa  286  5e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000448288  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  37.66 
 
 		 514 aa  286  7e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  40.86 
 
 		 525 aa  286  8e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  40.95 
 
 		 552 aa  285  9e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.54 
 
 		 395 aa  285  1.0000000000000001e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0766  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  40.95 
 
 		 530 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1276  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.95 
 
 		 530 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.633105  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0559  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.95 
 
 		 530 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  40.95 
 
 		 530 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0592  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.95 
 
 		 553 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1469  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  40.95 
 
 		 530 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.554784  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0807  lytic transglycosylase, catalytic  40.86 
 
 		 525 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000488034  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  40.86 
 
 		 525 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000451956  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  35.24 
 
 		 511 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  36.02 
 
 		 474 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  40.95 
 
 		 531 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000442386  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  37.23 
 
 		 515 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  37.85 
 
 		 515 aa  283  7.000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1254  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  41.61 
 
 		 564 aa  282  8.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000724921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1177  lytic transglycosylase catalytic  40.38 
 
 		 529 aa  282  9e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000111267  normal  0.0154135 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  36.97 
 
 		 515 aa  282  9e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4430  lytic transglycosylase like protein  40.14 
 
 		 524 aa  282  1e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000408016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2870  Lytic transglycosylase catalytic  40.05 
 
 		 564 aa  281  2e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00000269929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0590  lytic transglycosylase, catalytic  41.12 
 
 		 515 aa  281  2e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  39.9 
 
 		 528 aa  281  2e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  37.02 
 
 		 515 aa  281  2e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1165  lytic transglycosylase, catalytic  40.38 
 
 		 529 aa  281  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000346061  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  39.42 
 
 		 527 aa  280  6e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1976  Lytic transglycosylase catalytic  36.85 
 
 		 504 aa  279  9e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  36.54 
 
 		 517 aa  278  2e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2650  lytic transglycosylase, catalytic  40.24 
 
 		 514 aa  278  2e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.012845 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  36.58 
 
 		 479 aa  276  4e-73  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2530  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  40.66 
 
 		 547 aa  276  4e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171076  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1742  lytic transglycosylase, catalytic  36.65 
 
 		 504 aa  277  4e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785643  normal  0.0879149 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  40.38 
 
 		 570 aa  276  5e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2278  lytic transglycosylase, catalytic  39.76 
 
 		 467 aa  275  1.0000000000000001e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2186  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic:MLTD_N  39.5 
 
 		 557 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  36.1 
 
 		 479 aa  273  5.000000000000001e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1730  MLTD_N domain protein  39.64 
 
 		 516 aa  273  6e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0587435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  36.64 
 
 		 515 aa  273  6e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  36.96 
 
 		 550 aa  271  1e-71  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  36.25 
 
 		 515 aa  272  1e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2038  MLTD_N domain protein  39.41 
 
 		 516 aa  272  1e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  36.03 
 
 		 515 aa  271  2e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2337  Lytic transglycosylase catalytic  40.33 
 
 		 538 aa  271  2e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.627607  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  34.84 
 
 		 517 aa  271  2e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  35.82 
 
 		 519 aa  271  2e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>