More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_0498 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 
527 aa  1063    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  43.97 
 
 
556 aa  376  1e-103  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  39.31 
 
 
517 aa  363  5.0000000000000005e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  40.3 
 
 
539 aa  359  8e-98  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  38.68 
 
 
511 aa  351  2e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  40.45 
 
 
580 aa  348  1e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  38.99 
 
 
498 aa  347  3e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  37.64 
 
 
515 aa  346  5e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  40.52 
 
 
543 aa  345  8e-94  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  37.07 
 
 
515 aa  344  2e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  37.07 
 
 
515 aa  344  2.9999999999999997e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  36.88 
 
 
515 aa  343  5.999999999999999e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  37 
 
 
514 aa  342  8e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  37.67 
 
 
517 aa  340  2.9999999999999998e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  37.76 
 
 
519 aa  339  5.9999999999999996e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  37.5 
 
 
519 aa  332  1e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.8 
 
 
528 aa  332  1e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  38.39 
 
 
554 aa  327  2.0000000000000001e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  39.05 
 
 
515 aa  327  5e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  35.24 
 
 
517 aa  324  3e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  36.59 
 
 
527 aa  324  3e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  39.96 
 
 
524 aa  323  5e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.97 
 
 
530 aa  322  8e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  36.08 
 
 
534 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  37.98 
 
 
534 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.33 
 
 
532 aa  320  3.9999999999999996e-86  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  35.44 
 
 
552 aa  317  3e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  36.12 
 
 
515 aa  317  4e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  36.12 
 
 
515 aa  317  5e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  37.47 
 
 
515 aa  316  8e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  35.42 
 
 
519 aa  315  9e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  36.67 
 
 
548 aa  311  2e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  38.1 
 
 
495 aa  310  5e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  40.22 
 
 
550 aa  309  8e-83  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  36.71 
 
 
518 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  34.57 
 
 
518 aa  298  1e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  37.17 
 
 
553 aa  298  2e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  35.64 
 
 
492 aa  293  7e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  33.99 
 
 
485 aa  289  9e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  40.29 
 
 
476 aa  286  8e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.63 
 
 
457 aa  283  8.000000000000001e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.48 
 
 
457 aa  281  3e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  39.42 
 
 
476 aa  280  6e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  39.42 
 
 
476 aa  279  1e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  35.15 
 
 
473 aa  277  4e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  34.39 
 
 
546 aa  271  2e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  36.27 
 
 
474 aa  271  2e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.96 
 
 
465 aa  266  8e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.05 
 
 
464 aa  265  1e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.03 
 
 
472 aa  264  3e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.03 
 
 
459 aa  264  3e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.95 
 
 
475 aa  264  3e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.03 
 
 
395 aa  263  4e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1945  lytic transglycosylase  38.01 
 
 
445 aa  262  1e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106918  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1469  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  35.78 
 
 
530 aa  259  1e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.554784  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  36.12 
 
 
531 aa  258  2e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000442386  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  35.78 
 
 
530 aa  257  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  35.78 
 
 
552 aa  256  5e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0766  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  35.78 
 
 
530 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0559  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.78 
 
 
530 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1276  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.78 
 
 
530 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.633105  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0592  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.78 
 
 
553 aa  255  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4898  lytic transglycosylase catalytic  35.37 
 
 
511 aa  254  3e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  35.11 
 
 
528 aa  253  7e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  34.58 
 
 
525 aa  253  7e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0807  lytic transglycosylase, catalytic  34.58 
 
 
525 aa  253  7e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000488034  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  34.58 
 
 
525 aa  253  8.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000451956  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1177  lytic transglycosylase catalytic  35.67 
 
 
529 aa  252  9.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000111267  normal  0.0154135 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  32.56 
 
 
479 aa  252  1e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1254  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  34.62 
 
 
564 aa  251  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000724921  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1165  lytic transglycosylase, catalytic  35.67 
 
 
529 aa  251  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000346061  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2870  Lytic transglycosylase catalytic  34.09 
 
 
564 aa  251  3e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00000269929  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  32.56 
 
 
479 aa  250  5e-65  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4430  lytic transglycosylase like protein  35.67 
 
 
524 aa  249  6e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000408016  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  33.26 
 
 
539 aa  249  1e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0298  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.14 
 
 
406 aa  248  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349591  normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.34 
 
 
455 aa  245  9.999999999999999e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0283  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.14 
 
 
406 aa  245  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.632709  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.33 
 
 
455 aa  245  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0285  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.14 
 
 
406 aa  245  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0290  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.14 
 
 
406 aa  245  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.720037 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.6 
 
 
452 aa  244  3e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.6 
 
 
452 aa  244  3e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.6 
 
 
406 aa  244  3e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  36.48 
 
 
446 aa  244  3e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.6 
 
 
406 aa  244  3e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.6 
 
 
452 aa  244  3e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.6 
 
 
452 aa  244  3e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.6 
 
 
452 aa  244  3e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  36.6 
 
 
452 aa  244  3e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1976  Lytic transglycosylase catalytic  33.62 
 
 
504 aa  242  1e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0871  lytic transglycosylase catalytic  32.64 
 
 
561 aa  241  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000448288  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  31.47 
 
 
499 aa  241  2e-62  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  36.13 
 
 
570 aa  241  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2292  Lytic transglycosylase catalytic  40.41 
 
 
458 aa  241  2e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.376038  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0590  lytic transglycosylase, catalytic  35.7 
 
 
515 aa  241  2.9999999999999997e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1742  lytic transglycosylase, catalytic  33.41 
 
 
504 aa  241  2.9999999999999997e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785643  normal  0.0879149 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1730  MLTD_N domain protein  36.08 
 
 
516 aa  239  5.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0587435  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  31.25 
 
 
487 aa  239  6.999999999999999e-62  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2038  MLTD_N domain protein  35.82 
 
 
516 aa  238  1e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464579  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>