More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1885 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  100 
 
 
495 aa  1015    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  52.36 
 
 
511 aa  519  1e-146  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  49.8 
 
 
519 aa  503  1e-141  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  50.29 
 
 
517 aa  503  1e-141  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  49.52 
 
 
519 aa  487  1e-136  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  48.72 
 
 
515 aa  485  1e-136  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  47.77 
 
 
515 aa  482  1e-135  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  47.96 
 
 
515 aa  482  1e-135  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  47.35 
 
 
517 aa  483  1e-135  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  47.66 
 
 
515 aa  477  1e-133  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  47.66 
 
 
515 aa  476  1e-133  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  47.66 
 
 
515 aa  476  1e-133  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  47.54 
 
 
515 aa  474  1e-132  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  47.29 
 
 
519 aa  474  1e-132  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  46.65 
 
 
514 aa  473  1e-132  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  44.05 
 
 
518 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  42.65 
 
 
554 aa  433  1e-120  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  42.5 
 
 
527 aa  420  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  43.32 
 
 
553 aa  420  1e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  42.64 
 
 
532 aa  416  9.999999999999999e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  42.65 
 
 
552 aa  409  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  41.75 
 
 
528 aa  409  1e-113  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  41.22 
 
 
517 aa  407  1.0000000000000001e-112  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  45.02 
 
 
474 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  45.27 
 
 
524 aa  399  9.999999999999999e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  44.14 
 
 
543 aa  394  1e-108  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  40.2 
 
 
580 aa  389  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  46.58 
 
 
485 aa  385  1e-106  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  42.17 
 
 
548 aa  378  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  39.11 
 
 
539 aa  377  1e-103  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  39.66 
 
 
556 aa  356  3.9999999999999996e-97  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  42.23 
 
 
515 aa  346  6e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  38.1 
 
 
527 aa  343  2.9999999999999997e-93  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  42.05 
 
 
534 aa  342  7e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  38.77 
 
 
498 aa  340  4e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  41.18 
 
 
530 aa  339  7e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  41.04 
 
 
534 aa  332  7.000000000000001e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  39.29 
 
 
479 aa  326  6e-88  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  39.21 
 
 
550 aa  325  1e-87  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  38.82 
 
 
479 aa  323  5e-87  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.37 
 
 
475 aa  322  8e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.69 
 
 
464 aa  321  1.9999999999999998e-86  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  38.06 
 
 
457 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.05 
 
 
472 aa  315  9.999999999999999e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.05 
 
 
459 aa  315  9.999999999999999e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  38.78 
 
 
395 aa  311  2e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.73 
 
 
457 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  35.38 
 
 
546 aa  306  5.0000000000000004e-82  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  38.1 
 
 
465 aa  306  5.0000000000000004e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  36.38 
 
 
518 aa  299  6e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  40.36 
 
 
473 aa  296  7e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  39.2 
 
 
476 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  39.2 
 
 
476 aa  292  9e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  38.98 
 
 
476 aa  290  4e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0285  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.97 
 
 
406 aa  286  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0290  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.97 
 
 
406 aa  286  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.97 
 
 
455 aa  286  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0283  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.97 
 
 
406 aa  286  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.632709  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0298  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.97 
 
 
406 aa  286  8e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349591  normal  0.759355 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.72 
 
 
452 aa  278  1e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.72 
 
 
452 aa  278  1e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.72 
 
 
452 aa  278  1e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.72 
 
 
452 aa  278  1e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.72 
 
 
406 aa  278  1e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.72 
 
 
452 aa  278  1e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.72 
 
 
406 aa  278  1e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  37.72 
 
 
452 aa  278  1e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  34.83 
 
 
487 aa  277  3e-73  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  34.83 
 
 
499 aa  277  4e-73  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3257  lytic transglycosylase, catalytic  37.89 
 
 
471 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  37.77 
 
 
492 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.84 
 
 
455 aa  272  9e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.72 
 
 
612 aa  268  2e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  34.72 
 
 
612 aa  268  2e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3414  MltD domain-containing protein  35.96 
 
 
474 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.387896 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  40.3 
 
 
446 aa  266  7e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1945  lytic transglycosylase  40.05 
 
 
445 aa  265  1e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106918  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3584  MltD domain-containing protein  34.79 
 
 
474 aa  265  1e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1123  hypothetical protein  34.53 
 
 
442 aa  265  2e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1127  hypothetical protein  34.53 
 
 
442 aa  263  4e-69  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3737  MltD domain-containing protein  36.52 
 
 
483 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0648  MLTD_N domain protein  36.71 
 
 
483 aa  261  2e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0538  MltD domain-containing protein  35.15 
 
 
474 aa  261  2e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0625  MltD domain-containing protein  36.26 
 
 
483 aa  260  3e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  33.27 
 
 
539 aa  259  5.0000000000000005e-68  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4017  Slt family transglycosylase  33.7 
 
 
477 aa  256  8e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4898  lytic transglycosylase catalytic  36.8 
 
 
511 aa  251  2e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  36.61 
 
 
501 aa  249  6e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1973  lytic transglycosylase catalytic  36.36 
 
 
578 aa  249  9e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.203467 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1976  Lytic transglycosylase catalytic  34.27 
 
 
504 aa  245  1.9999999999999999e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1742  lytic transglycosylase, catalytic  34.05 
 
 
504 aa  244  3e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785643  normal  0.0879149 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2530  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  34.52 
 
 
547 aa  242  1e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171076  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2278  lytic transglycosylase, catalytic  33.77 
 
 
467 aa  239  9e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0590  lytic transglycosylase, catalytic  35.88 
 
 
515 aa  239  1e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  33.64 
 
 
531 aa  234  3e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000442386  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1205  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  39.38 
 
 
426 aa  233  9e-60  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.627815  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  33.18 
 
 
552 aa  232  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  34.21 
 
 
617 aa  232  1e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1254  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  36.04 
 
 
564 aa  231  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000724921  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1469  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  33.18 
 
 
530 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.554784  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>