More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1894 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  58.86 
 
 		 554 aa  681    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 		 553 aa  1151    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  53.16 
 
 		 552 aa  593  1e-168  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  49.01 
 
 		 517 aa  538  1e-151  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  54.36 
 
 		 511 aa  532  1e-150  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  48.28 
 
 		 519 aa  529  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  51.3 
 
 		 519 aa  530  1e-149  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  52.69 
 
 		 532 aa  526  1e-148  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  51.36 
 
 		 517 aa  519  1e-146  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  47.76 
 
 		 527 aa  520  1e-146  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  48.29 
 
 		 528 aa  521  1e-146  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  45.5 
 
 		 548 aa  508  1e-143  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  48.73 
 
 		 543 aa  503  1e-141  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  49.46 
 
 		 580 aa  498  1e-139  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  46.88 
 
 		 556 aa  481  1e-134  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  47.42 
 
 		 518 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  47.84 
 
 		 524 aa  463  1e-129  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  44.53 
 
 		 519 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  46.85 
 
 		 515 aa  452  1e-125  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  46.85 
 
 		 515 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  41.35 
 
 		 539 aa  449  1e-125  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  46.85 
 
 		 515 aa  451  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  43.94 
 
 		 514 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  44.18 
 
 		 515 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  44.38 
 
 		 515 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  44.38 
 
 		 515 aa  448  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  43.49 
 
 		 515 aa  438  1e-121  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  45.34 
 
 		 517 aa  437  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  46.12 
 
 		 550 aa  433  1e-120  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  43.32 
 
 		 495 aa  380  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  43.26 
 
 		 485 aa  378  1e-103  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  39.43 
 
 		 479 aa  373  1e-102  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  39.43 
 
 		 479 aa  374  1e-102  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  42.2 
 
 		 474 aa  366  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1127  hypothetical protein  41.29 
 
 		 442 aa  353  5.9999999999999994e-96  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  41.25 
 
 		 498 aa  350  3e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1123  hypothetical protein  41.29 
 
 		 442 aa  350  4e-95  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  38.65 
 
 		 515 aa  349  7e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  38.46 
 
 		 534 aa  348  1e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  38.44 
 
 		 530 aa  326  6e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.9 
 
 		 455 aa  325  9e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.62 
 
 		 452 aa  325  1e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.62 
 
 		 475 aa  325  1e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.4 
 
 		 452 aa  323  4e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.4 
 
 		 452 aa  323  4e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.4 
 
 		 452 aa  323  4e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.4 
 
 		 452 aa  323  4e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  36.4 
 
 		 452 aa  323  4e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0298  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.66 
 
 		 406 aa  323  7e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349591  normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0290  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.66 
 
 		 406 aa  323  7e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0283  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.66 
 
 		 406 aa  323  7e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.632709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0285  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.66 
 
 		 406 aa  323  7e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  37.26 
 
 		 534 aa  322  8e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  37.45 
 
 		 546 aa  321  1.9999999999999998e-86  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.28 
 
 		 465 aa  322  1.9999999999999998e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  41.36 
 
 		 457 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.66 
 
 		 406 aa  320  3e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.66 
 
 		 406 aa  320  3e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.39 
 
 		 457 aa  320  5e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.1 
 
 		 472 aa  318  2e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.1 
 
 		 459 aa  318  2e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.61 
 
 		 464 aa  316  7e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40 
 
 		 395 aa  314  1.9999999999999998e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.93 
 
 		 455 aa  306  7e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  37.85 
 
 		 518 aa  304  3.0000000000000004e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  35.87 
 
 		 539 aa  302  1e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  37.9 
 
 		 476 aa  299  9e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  35 
 
 		 499 aa  298  2e-79  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  37.17 
 
 		 527 aa  298  2e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  35 
 
 		 487 aa  298  2e-79  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  37.67 
 
 		 473 aa  297  3e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  37.9 
 
 		 476 aa  296  7e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  37.9 
 
 		 476 aa  295  2e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  33.61 
 
 		 492 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1945  lytic transglycosylase  38.19 
 
 		 445 aa  276  8e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106918  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  36.68 
 
 		 446 aa  275  2.0000000000000002e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3257  lytic transglycosylase, catalytic  33.49 
 
 		 471 aa  269  8.999999999999999e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3414  MltD domain-containing protein  34.58 
 
 		 474 aa  268  2e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.387896 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0538  MltD domain-containing protein  34.35 
 
 		 474 aa  265  1e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3584  MltD domain-containing protein  34.74 
 
 		 474 aa  264  3e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0590  lytic transglycosylase, catalytic  36.18 
 
 		 515 aa  264  4e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2028  membrane-bound lytic murein transglycosylase, putative  34.81 
 
 		 562 aa  262  1e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0625  MltD domain-containing protein  33.57 
 
 		 483 aa  261  2e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3737  MltD domain-containing protein  32.85 
 
 		 483 aa  259  7e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0648  MLTD_N domain protein  32.85 
 
 		 483 aa  259  8e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0652  MltD domain-containing protein  32.85 
 
 		 483 aa  258  2e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1205  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  38.89 
 
 		 426 aa  258  2e-67  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.627815  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2278  lytic transglycosylase, catalytic  35.7 
 
 		 467 aa  257  3e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4017  Slt family transglycosylase  32.71 
 
 		 477 aa  257  4e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1742  lytic transglycosylase, catalytic  36.57 
 
 		 504 aa  255  1.0000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785643  normal  0.0879149 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1976  Lytic transglycosylase catalytic  36.32 
 
 		 504 aa  252  1e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  36.75 
 
 		 501 aa  252  2e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1973  lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 		 578 aa  250  4e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.203467 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2038  MLTD_N domain protein  36.49 
 
 		 516 aa  250  4e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464579  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1730  MLTD_N domain protein  36.07 
 
 		 516 aa  250  4e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0587435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  33.13 
 
 		 617 aa  250  6e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  32.94 
 
 		 544 aa  250  6e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  33.56 
 
 		 528 aa  249  7e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1461  lytic transglycosylase, catalytic  33.88 
 
 		 509 aa  249  8e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0063107  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  35.94 
 
 		 570 aa  249  8e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>