More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_3580 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 
544 aa  1117    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2218  Lytic transglycosylase catalytic  49.58 
 
 
618 aa  556  1e-157  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.70593 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  48.93 
 
 
587 aa  530  1e-149  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  42.25 
 
 
620 aa  478  1e-133  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  44.26 
 
 
547 aa  424  1e-117  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0380  Lytic transglycosylase catalytic  41.67 
 
 
555 aa  364  3e-99  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  35.9 
 
 
617 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  32.74 
 
 
554 aa  268  2e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  33.02 
 
 
548 aa  253  5.000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  32.94 
 
 
553 aa  250  5e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  32.09 
 
 
543 aa  248  2e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  37.02 
 
 
515 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  35.71 
 
 
580 aa  245  1.9999999999999999e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  36.93 
 
 
534 aa  244  3e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  35.63 
 
 
539 aa  243  7.999999999999999e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  30.75 
 
 
552 aa  242  1e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  31.27 
 
 
511 aa  239  9e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.32 
 
 
532 aa  238  2e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.68 
 
 
528 aa  238  2e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  38.17 
 
 
498 aa  238  2e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  34.54 
 
 
556 aa  237  5.0000000000000005e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  34.58 
 
 
733 aa  237  5.0000000000000005e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  30.2 
 
 
638 aa  236  1.0000000000000001e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  31.27 
 
 
519 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  31.68 
 
 
517 aa  233  7.000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4010  lytic transglycosylase, catalytic  34.6 
 
 
507 aa  232  1e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000241761  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  32.34 
 
 
519 aa  231  2e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  35.12 
 
 
524 aa  231  2e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1010  Slt family transglycosylase  35.7 
 
 
506 aa  230  6e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  32.44 
 
 
518 aa  229  1e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  33.48 
 
 
527 aa  228  2e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2556  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  36.79 
 
 
499 aa  226  6e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000626959  hitchhiker  0.0000000459399 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  33.26 
 
 
523 aa  223  4.9999999999999996e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  31.42 
 
 
527 aa  221  1.9999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0695  Lytic transglycosylase catalytic  35.24 
 
 
499 aa  221  3e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000410524  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  29.04 
 
 
517 aa  218  2e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0489  Lytic transglycosylase catalytic  35.32 
 
 
487 aa  218  2.9999999999999998e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000573639 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  29.7 
 
 
517 aa  218  2.9999999999999998e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0393  lytic transglycosylase, catalytic  35.12 
 
 
498 aa  216  9e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00582053  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0472  lytic transglycosylase catalytic protein  35.57 
 
 
484 aa  214  3.9999999999999995e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  33.18 
 
 
595 aa  212  1e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  33.26 
 
 
447 aa  212  2e-53  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  32.99 
 
 
448 aa  211  3e-53  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  31.03 
 
 
514 aa  210  6e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  28.71 
 
 
518 aa  210  6e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  33.77 
 
 
550 aa  207  3e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  31.82 
 
 
515 aa  207  3e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.94 
 
 
530 aa  206  7e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  32.03 
 
 
495 aa  206  7e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  33.86 
 
 
534 aa  206  9e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  27.94 
 
 
546 aa  206  9e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  35.1 
 
 
544 aa  204  3e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0496507 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  30.17 
 
 
498 aa  204  4e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  32.44 
 
 
495 aa  203  6e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  31.81 
 
 
515 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0661  Lytic transglycosylase catalytic  33.15 
 
 
415 aa  202  1.9999999999999998e-50  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.398223  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  31.37 
 
 
515 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  29.65 
 
 
610 aa  201  1.9999999999999998e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  31.81 
 
 
515 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  36.96 
 
 
501 aa  200  5e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  30.72 
 
 
539 aa  200  5e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3789  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  34.1 
 
 
572 aa  199  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  30.8 
 
 
570 aa  199  1.0000000000000001e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2149  Slt family transglycosylase  34.41 
 
 
442 aa  197  3e-49  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.20197  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  34.62 
 
 
523 aa  195  1e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  30.22 
 
 
515 aa  195  2e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  30.22 
 
 
515 aa  195  2e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  31.13 
 
 
519 aa  194  4e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1124  Lytic transglycosylase catalytic  31 
 
 
596 aa  194  4e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.331825  normal  0.414792 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  30 
 
 
515 aa  194  5e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  27.33 
 
 
612 aa  189  8e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.33 
 
 
612 aa  189  8e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  29.5 
 
 
479 aa  189  1e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3846  Lytic transglycosylase catalytic  36.09 
 
 
573 aa  187  5e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3932  Lytic transglycosylase catalytic  36.09 
 
 
573 aa  186  7e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  31.21 
 
 
528 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  29.93 
 
 
479 aa  184  3e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1987  Dyp-type peroxidase  30.81 
 
 
403 aa  184  4.0000000000000006e-45  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0459  putative Signal recognition particle protein (Fifty-four-like protein)  29.02 
 
 
403 aa  183  7e-45  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0807  lytic transglycosylase, catalytic  30.98 
 
 
525 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000488034  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0305  Lytic transglycosylase catalytic  33.86 
 
 
440 aa  181  2.9999999999999997e-44  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  30.77 
 
 
525 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000451956  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  30.77 
 
 
525 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  31.12 
 
 
661 aa  179  1e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4430  lytic transglycosylase like protein  30.56 
 
 
524 aa  178  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000408016  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  26.64 
 
 
485 aa  178  2e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1177  lytic transglycosylase catalytic  29.91 
 
 
529 aa  177  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000111267  normal  0.0154135 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0590  lytic transglycosylase, catalytic  32.51 
 
 
515 aa  176  8e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1165  lytic transglycosylase, catalytic  29.91 
 
 
529 aa  176  8e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000346061  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  30.18 
 
 
552 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  30.18 
 
 
530 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  30.44 
 
 
531 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000442386  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  29.92 
 
 
474 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1469  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  30.18 
 
 
530 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.554784  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1087  lytic transglycosylase, catalytic  28.44 
 
 
650 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.106498  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1522  Lytic transglycosylase catalytic  29.96 
 
 
561 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00867161  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0592  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.96 
 
 
553 aa  174  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0766  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  29.96 
 
 
530 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0559  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.96 
 
 
530 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1276  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.96 
 
 
530 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.633105  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>