More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1522 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1522  Lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 		 561 aa  1155    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00867161  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1379  peptidoglycan-binding LysM  71.98 
 
 		 556 aa  673    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  65.1 
 
 		 570 aa  674    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1087  lytic transglycosylase, catalytic  57.8 
 
 		 650 aa  674    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.106498  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  53.24 
 
 		 661 aa  543  1e-153  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1124  Lytic transglycosylase catalytic  55.96 
 
 		 596 aa  543  1e-153  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.331825  normal  0.414792 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1174  peptidoglycan-binding LysM  50.5 
 
 		 522 aa  468  9.999999999999999e-131  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.106358 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  38.76 
 
 		 523 aa  318  1e-85  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  38.83 
 
 		 610 aa  317  3e-85  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0305  Lytic transglycosylase catalytic  41.13 
 
 		 440 aa  294  3e-78  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  39 
 
 		 451 aa  285  1.0000000000000001e-75  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.518176 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  37.14 
 
 		 495 aa  276  7e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3834  Lytic transglycosylase catalytic  38.6 
 
 		 405 aa  258  3e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  32.79 
 
 		 523 aa  237  4e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  30.06 
 
 		 498 aa  215  1.9999999999999998e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  36.81 
 
 		 733 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  29.68 
 
 		 638 aa  192  9e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.16 
 
 		 617 aa  176  9.999999999999999e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  29.96 
 
 		 544 aa  174  3.9999999999999995e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  31.33 
 
 		 547 aa  172  2e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  27.83 
 
 		 620 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  30.81 
 
 		 595 aa  162  1e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  30.79 
 
 		 492 aa  162  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  31.88 
 
 		 476 aa  159  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  29.1 
 
 		 543 aa  156  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1010  Slt family transglycosylase  28.84 
 
 		 506 aa  154  5.9999999999999996e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  29.73 
 
 		 587 aa  154  5.9999999999999996e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  31.62 
 
 		 473 aa  154  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  31.33 
 
 		 476 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0695  Lytic transglycosylase catalytic  27.9 
 
 		 499 aa  153  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000410524  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  27.83 
 
 		 534 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  27.59 
 
 		 448 aa  152  1e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  27.93 
 
 		 554 aa  152  1e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1334  Lytic transglycosylase catalytic  32.6 
 
 		 451 aa  152  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  31.08 
 
 		 476 aa  151  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  29.23 
 
 		 447 aa  151  3e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0489  Lytic transglycosylase catalytic  30.07 
 
 		 487 aa  151  3e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000573639 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  29.07 
 
 		 556 aa  150  5e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  30.09 
 
 		 580 aa  150  5e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.44 
 
 		 530 aa  150  6e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  27.53 
 
 		 552 aa  150  8e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2556  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  28.49 
 
 		 499 aa  149  9e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000626959  hitchhiker  0.0000000459399 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0486  lytic transglycosylase, catalytic  32.05 
 
 		 419 aa  149  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.232763  normal  0.0521482 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0472  lytic transglycosylase catalytic protein  29.43 
 
 		 484 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  32.04 
 
 		 446 aa  147  5e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  28.87 
 
 		 539 aa  145  1e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.28 
 
 		 515 aa  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.57 
 
 		 457 aa  145  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4010  lytic transglycosylase, catalytic  27.66 
 
 		 507 aa  145  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000241761  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  28.21 
 
 		 514 aa  144  5e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.57 
 
 		 457 aa  144  6e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  28.47 
 
 		 524 aa  143  9e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  28.86 
 
 		 546 aa  143  9e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.23 
 
 		 465 aa  143  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  29.82 
 
 		 534 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.44 
 
 		 532 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.42 
 
 		 452 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.42 
 
 		 452 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  28.42 
 
 		 452 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.42 
 
 		 452 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.42 
 
 		 452 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.42 
 
 		 406 aa  141  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.42 
 
 		 406 aa  141  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.42 
 
 		 452 aa  141  3e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  27.51 
 
 		 515 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1043  lytic transglycosylase, catalytic  34.51 
 
 		 281 aa  141  3.9999999999999997e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0755702  hitchhiker  0.000682757 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  26.97 
 
 		 464 aa  140  6e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2149  Slt family transglycosylase  28.92 
 
 		 442 aa  139  1e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.20197  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  30.69 
 
 		 527 aa  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4017  Slt family transglycosylase  29.55 
 
 		 477 aa  139  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0652  MltD domain-containing protein  27.93 
 
 		 483 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0625  MltD domain-containing protein  28.93 
 
 		 483 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3257  lytic transglycosylase, catalytic  28.28 
 
 		 471 aa  139  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3737  MltD domain-containing protein  27.68 
 
 		 483 aa  139  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0538  MltD domain-containing protein  28.06 
 
 		 474 aa  139  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0648  MLTD_N domain protein  27.68 
 
 		 483 aa  139  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  27.94 
 
 		 570 aa  138  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  28.18 
 
 		 515 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0298  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.41 
 
 		 406 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349591  normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29 
 
 		 455 aa  137  4e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  27.65 
 
 		 553 aa  137  4e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  28.51 
 
 		 548 aa  137  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  27.58 
 
 		 539 aa  136  8e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2218  Lytic transglycosylase catalytic  29.49 
 
 		 618 aa  137  8e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.70593 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  27.38 
 
 		 518 aa  136  8e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  28.18 
 
 		 515 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0285  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.68 
 
 		 406 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  25.27 
 
 		 528 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  26.53 
 
 		 511 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0290  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.68 
 
 		 406 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  27.95 
 
 		 544 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0496507 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0283  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.68 
 
 		 406 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.632709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.22 
 
 		 455 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  27.6 
 
 		 550 aa  135  3e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.53 
 
 		 475 aa  134  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  26.76 
 
 		 517 aa  134  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4898  lytic transglycosylase catalytic  31.13 
 
 		 511 aa  134  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28 
 
 		 459 aa  134  5e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  29.41 
 
 		 525 aa  134  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3414  MltD domain-containing protein  27.04 
 
 		 474 aa  134  5e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.387896 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>