More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1988 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  60.19 
 
 		 519 aa  641    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  60.12 
 
 		 515 aa  640    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  75.53 
 
 		 517 aa  815    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  72.12 
 
 		 519 aa  768    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  59.81 
 
 		 515 aa  640    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  59.81 
 
 		 515 aa  640    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  68.02 
 
 		 511 aa  725    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  59.92 
 
 		 515 aa  639    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  60.34 
 
 		 515 aa  641    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  59.92 
 
 		 515 aa  637    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 		 519 aa  1062    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  59.15 
 
 		 515 aa  628  1e-179  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  58.05 
 
 		 514 aa  625  1e-178  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  51.55 
 
 		 517 aa  548  1e-155  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  54.43 
 
 		 554 aa  542  1e-153  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  52.1 
 
 		 552 aa  543  1e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  50.98 
 
 		 517 aa  535  1e-151  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  50 
 
 		 518 aa  536  1e-151  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  48.28 
 
 		 553 aa  529  1e-149  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  51.15 
 
 		 527 aa  526  1e-148  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  51.06 
 
 		 528 aa  522  1e-147  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  49.43 
 
 		 532 aa  513  1e-144  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  53.88 
 
 		 474 aa  509  1e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  50.61 
 
 		 485 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  47.97 
 
 		 580 aa  471  1.0000000000000001e-131  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  48.28 
 
 		 543 aa  469  1.0000000000000001e-131  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  49.8 
 
 		 495 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  46.28 
 
 		 556 aa  463  1e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  46.11 
 
 		 548 aa  454  1.0000000000000001e-126  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  44.47 
 
 		 539 aa  454  1.0000000000000001e-126  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  43.88 
 
 		 524 aa  451  1e-125  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  45.34 
 
 		 550 aa  414  1e-114  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  40.9 
 
 		 498 aa  369  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  41.18 
 
 		 479 aa  351  2e-95  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  41.39 
 
 		 479 aa  351  2e-95  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  37.07 
 
 		 515 aa  349  7e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  36.36 
 
 		 534 aa  347  3e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  37.76 
 
 		 527 aa  339  5.9999999999999996e-92  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.69 
 
 		 530 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  36.43 
 
 		 534 aa  335  2e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  37.91 
 
 		 546 aa  324  2e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  38.49 
 
 		 518 aa  312  9e-84  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.29 
 
 		 472 aa  312  1e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.29 
 
 		 459 aa  311  2e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  37.56 
 
 		 499 aa  307  3e-82  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.98 
 
 		 395 aa  305  1.0000000000000001e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  37.33 
 
 		 487 aa  305  2.0000000000000002e-81  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.87 
 
 		 475 aa  303  4.0000000000000003e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  34.67 
 
 		 476 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1127  hypothetical protein  37.28 
 
 		 442 aa  299  1e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  34.1 
 
 		 476 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1123  hypothetical protein  37.28 
 
 		 442 aa  296  5e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  36.27 
 
 		 473 aa  296  5e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  33.91 
 
 		 476 aa  295  2e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.13 
 
 		 464 aa  293  5e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.97 
 
 		 457 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.02 
 
 		 457 aa  288  2e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1945  lytic transglycosylase  40.4 
 
 		 445 aa  288  2e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106918  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  38.66 
 
 		 465 aa  288  2e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  33.89 
 
 		 492 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.9 
 
 		 455 aa  280  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3257  lytic transglycosylase, catalytic  36.3 
 
 		 471 aa  278  1e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0283  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.41 
 
 		 406 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.632709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0285  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.41 
 
 		 406 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0298  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.41 
 
 		 406 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349591  normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0290  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.41 
 
 		 406 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.33 
 
 		 455 aa  278  2e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3737  MltD domain-containing protein  33.69 
 
 		 483 aa  276  5e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0648  MLTD_N domain protein  34.39 
 
 		 483 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0652  MltD domain-containing protein  33.69 
 
 		 483 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0625  MltD domain-containing protein  33.69 
 
 		 483 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.75 
 
 		 452 aa  275  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.75 
 
 		 452 aa  275  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.75 
 
 		 452 aa  275  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.75 
 
 		 452 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  34.75 
 
 		 452 aa  275  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.75 
 
 		 452 aa  275  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3584  MltD domain-containing protein  34.27 
 
 		 474 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.65 
 
 		 406 aa  274  3e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.65 
 
 		 406 aa  274  3e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0538  MltD domain-containing protein  34.35 
 
 		 474 aa  273  7e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3414  MltD domain-containing protein  35.42 
 
 		 474 aa  273  8.000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.387896 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4017  Slt family transglycosylase  33.47 
 
 		 477 aa  270  5e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  31.38 
 
 		 539 aa  268  1e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  33.97 
 
 		 612 aa  266  8.999999999999999e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.97 
 
 		 612 aa  266  8.999999999999999e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  36.43 
 
 		 446 aa  265  1e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0590  lytic transglycosylase, catalytic  34.94 
 
 		 515 aa  259  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4898  lytic transglycosylase catalytic  34.14 
 
 		 511 aa  258  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2186  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic:MLTD_N  33.83 
 
 		 557 aa  255  2.0000000000000002e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2278  lytic transglycosylase, catalytic  33.03 
 
 		 467 aa  252  1e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  36.96 
 
 		 570 aa  251  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  36.02 
 
 		 501 aa  251  3e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2530  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  35.25 
 
 		 547 aa  249  8e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171076  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  35.08 
 
 		 528 aa  248  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1742  lytic transglycosylase, catalytic  32.76 
 
 		 504 aa  248  2e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785643  normal  0.0879149 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2650  lytic transglycosylase, catalytic  32.41 
 
 		 514 aa  246  8e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.012845 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1976  Lytic transglycosylase catalytic  32.55 
 
 		 504 aa  246  9e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  34.4 
 
 		 525 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  34.4 
 
 		 525 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000451956  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>