More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2063 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 
498 aa  1020    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  61.39 
 
 
515 aa  628  1e-179  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  60.2 
 
 
534 aa  618  1e-176  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  58.42 
 
 
530 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  58.27 
 
 
534 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  56.77 
 
 
473 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  54 
 
 
492 aa  532  1e-150  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  53.75 
 
 
476 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  54.6 
 
 
476 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  54.2 
 
 
476 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  58.51 
 
 
446 aa  469  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  43.83 
 
 
543 aa  386  1e-106  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  42.67 
 
 
580 aa  375  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  43.64 
 
 
556 aa  378  1e-103  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  41.34 
 
 
515 aa  373  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  40.94 
 
 
515 aa  372  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  41.34 
 
 
515 aa  372  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  40.9 
 
 
519 aa  369  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  41.98 
 
 
548 aa  365  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  37.27 
 
 
552 aa  363  3e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  40.75 
 
 
515 aa  363  3e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  39.61 
 
 
514 aa  362  6e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  39.61 
 
 
519 aa  360  5e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  40.39 
 
 
539 aa  359  6e-98  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  40.16 
 
 
515 aa  358  9e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  40.35 
 
 
515 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  40.35 
 
 
515 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  38.33 
 
 
517 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  41.08 
 
 
554 aa  355  7.999999999999999e-97  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.14 
 
 
528 aa  351  2e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  41.25 
 
 
553 aa  350  2e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  39.34 
 
 
524 aa  347  2e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  38.55 
 
 
511 aa  348  2e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  37.4 
 
 
519 aa  347  2e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  37.79 
 
 
527 aa  347  3e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  38.99 
 
 
527 aa  347  3e-94  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  36.65 
 
 
517 aa  346  6e-94  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  36.49 
 
 
517 aa  345  7e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.24 
 
 
532 aa  343  5.999999999999999e-93  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  43.51 
 
 
501 aa  331  2e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  36.72 
 
 
518 aa  329  9e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.94 
 
 
464 aa  322  8e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  40.77 
 
 
518 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  38.15 
 
 
479 aa  320  5e-86  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  41.05 
 
 
550 aa  319  6e-86  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  38.79 
 
 
479 aa  319  7.999999999999999e-86  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1378  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  56.82 
 
 
495 aa  318  1e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1189  SLT:MLTD_N  48.77 
 
 
507 aa  312  1e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.103616 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  38.77 
 
 
495 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1945  lytic transglycosylase  44.02 
 
 
445 aa  308  1.0000000000000001e-82  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106918  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  38.46 
 
 
475 aa  307  2.0000000000000002e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.65 
 
 
465 aa  305  1.0000000000000001e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.14 
 
 
457 aa  303  5.000000000000001e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.11 
 
 
455 aa  301  2e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2186  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic:MLTD_N  42.59 
 
 
557 aa  301  2e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.55 
 
 
459 aa  300  3e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.55 
 
 
472 aa  300  3e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  43.22 
 
 
570 aa  300  6e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  37.61 
 
 
474 aa  298  1e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.26 
 
 
455 aa  297  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.37 
 
 
457 aa  298  2e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  34.51 
 
 
539 aa  295  1e-78  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  38.03 
 
 
485 aa  295  1e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0283  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  42.04 
 
 
406 aa  293  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.632709  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0298  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  42.04 
 
 
406 aa  294  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349591  normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0285  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  42.04 
 
 
406 aa  293  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0290  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  42.04 
 
 
406 aa  293  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.7 
 
 
395 aa  292  8e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.98 
 
 
452 aa  290  4e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  37.98 
 
 
452 aa  290  4e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.98 
 
 
452 aa  290  4e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.98 
 
 
452 aa  290  4e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.98 
 
 
452 aa  290  4e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1254  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  40.59 
 
 
564 aa  290  4e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000724921  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.98 
 
 
452 aa  290  6e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2870  Lytic transglycosylase catalytic  40.59 
 
 
564 aa  290  6e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00000269929  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1730  MLTD_N domain protein  38.55 
 
 
516 aa  289  8e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0587435  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2038  MLTD_N domain protein  38.33 
 
 
516 aa  287  2.9999999999999996e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464579  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0871  lytic transglycosylase catalytic  40.6 
 
 
561 aa  287  4e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000448288  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2530  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  40.55 
 
 
547 aa  286  5.999999999999999e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171076  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.45 
 
 
406 aa  283  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.45 
 
 
406 aa  283  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3414  MltD domain-containing protein  35.82 
 
 
474 aa  282  9e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.387896 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  40.6 
 
 
525 aa  281  2e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0538  MltD domain-containing protein  35.6 
 
 
474 aa  281  2e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0807  lytic transglycosylase, catalytic  40.35 
 
 
525 aa  280  5e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000488034  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  39.46 
 
 
525 aa  280  6e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000451956  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0625  MltD domain-containing protein  34.98 
 
 
483 aa  279  8e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  38.97 
 
 
531 aa  279  9e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000442386  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4430  lytic transglycosylase like protein  40.1 
 
 
524 aa  279  1e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000408016  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1177  lytic transglycosylase catalytic  38.97 
 
 
529 aa  278  1e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000111267  normal  0.0154135 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1165  lytic transglycosylase, catalytic  38.97 
 
 
529 aa  278  1e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000346061  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3584  MltD domain-containing protein  34.64 
 
 
474 aa  278  1e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1469  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  38.97 
 
 
530 aa  278  2e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.554784  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  39.22 
 
 
528 aa  278  2e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1123  hypothetical protein  37.35 
 
 
442 aa  276  4e-73  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  38.97 
 
 
552 aa  277  4e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2650  lytic transglycosylase, catalytic  41.25 
 
 
514 aa  277  4e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.012845 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  38.97 
 
 
530 aa  276  5e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0592  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  45.03 
 
 
553 aa  276  6e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>