More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01980 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  58.86 
 
 
553 aa  681    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  100 
 
 
554 aa  1148    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  53.28 
 
 
552 aa  609  1e-173  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  57.08 
 
 
511 aa  552  1e-156  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  50.55 
 
 
548 aa  549  1e-155  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  54.43 
 
 
519 aa  542  1e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  54.68 
 
 
532 aa  541  1e-153  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  50.99 
 
 
517 aa  543  1e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  54.76 
 
 
519 aa  536  1e-151  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  48.05 
 
 
527 aa  527  1e-148  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  52.55 
 
 
517 aa  516  1.0000000000000001e-145  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  46.58 
 
 
543 aa  517  1.0000000000000001e-145  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  52.46 
 
 
580 aa  517  1.0000000000000001e-145  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  48.52 
 
 
528 aa  513  1e-144  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  52.24 
 
 
539 aa  506  9.999999999999999e-143  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  50.87 
 
 
524 aa  505  9.999999999999999e-143  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  50.11 
 
 
556 aa  484  1e-135  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  45.62 
 
 
519 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  49.35 
 
 
515 aa  476  1e-133  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  49.35 
 
 
515 aa  475  1e-133  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  49.57 
 
 
515 aa  477  1e-133  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  50 
 
 
514 aa  472  1e-132  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  48.79 
 
 
518 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  49.02 
 
 
515 aa  463  1e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  49.34 
 
 
515 aa  464  1e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  49.02 
 
 
515 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  48.02 
 
 
550 aa  457  1e-127  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  48.16 
 
 
515 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  46.51 
 
 
517 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  46.41 
 
 
485 aa  410  1e-113  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  47.32 
 
 
474 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  42.65 
 
 
495 aa  395  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  41.24 
 
 
479 aa  379  1e-104  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  41.46 
 
 
479 aa  381  1e-104  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  41.42 
 
 
515 aa  357  5e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  41.08 
 
 
498 aa  355  8.999999999999999e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  41.42 
 
 
534 aa  354  2e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  38.89 
 
 
534 aa  344  2e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1127  hypothetical protein  39.9 
 
 
442 aa  343  5e-93  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.01 
 
 
530 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1123  hypothetical protein  39.43 
 
 
442 aa  339  9e-92  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  41.25 
 
 
475 aa  336  5.999999999999999e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  42.69 
 
 
472 aa  330  5.0000000000000004e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  42.36 
 
 
457 aa  330  6e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  37.34 
 
 
518 aa  330  6e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  42.69 
 
 
459 aa  330  6e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  38.39 
 
 
527 aa  327  2.0000000000000001e-88  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  42.79 
 
 
395 aa  328  2.0000000000000001e-88  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  41.63 
 
 
457 aa  327  4.0000000000000003e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  36.54 
 
 
546 aa  322  1.9999999999999998e-86  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.96 
 
 
465 aa  319  9e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  41.99 
 
 
455 aa  318  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  37.97 
 
 
499 aa  317  4e-85  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  37.97 
 
 
487 aa  316  7e-85  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0283  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  41.5 
 
 
406 aa  315  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.632709  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0285  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  41.5 
 
 
406 aa  315  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0290  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  41.5 
 
 
406 aa  315  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0298  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  41.5 
 
 
406 aa  315  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349591  normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  38.85 
 
 
476 aa  313  5.999999999999999e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  38.7 
 
 
464 aa  312  7.999999999999999e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  40.48 
 
 
473 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  38.85 
 
 
476 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.53 
 
 
455 aa  308  2.0000000000000002e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  37.52 
 
 
476 aa  306  7e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  36.64 
 
 
492 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.42 
 
 
452 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  37.42 
 
 
452 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.42 
 
 
452 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.42 
 
 
452 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.42 
 
 
452 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.42 
 
 
452 aa  302  1e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.45 
 
 
406 aa  301  2e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.45 
 
 
406 aa  301  2e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  36.17 
 
 
539 aa  298  2e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1945  lytic transglycosylase  40.85 
 
 
445 aa  297  3e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106918  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0625  MltD domain-containing protein  34.41 
 
 
483 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.52 
 
 
612 aa  282  1e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  33.52 
 
 
612 aa  282  1e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  39.04 
 
 
446 aa  281  2e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1205  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  39.72 
 
 
426 aa  281  2e-74  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.627815  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3257  lytic transglycosylase, catalytic  36.63 
 
 
471 aa  281  2e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  37.72 
 
 
501 aa  280  6e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  38.94 
 
 
570 aa  280  7e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4898  lytic transglycosylase catalytic  36.36 
 
 
511 aa  276  1.0000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2186  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic:MLTD_N  36.68 
 
 
557 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1177  lytic transglycosylase catalytic  37.74 
 
 
529 aa  276  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000111267  normal  0.0154135 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3414  MltD domain-containing protein  32.93 
 
 
474 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.387896 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  37.32 
 
 
528 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0592  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.85 
 
 
553 aa  274  3e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1976  Lytic transglycosylase catalytic  38.97 
 
 
504 aa  274  4.0000000000000004e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  36.85 
 
 
552 aa  274  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1165  lytic transglycosylase, catalytic  37.74 
 
 
529 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000346061  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1469  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  36.85 
 
 
530 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.554784  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1276  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.85 
 
 
530 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.633105  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0766  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  36.85 
 
 
530 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0559  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.85 
 
 
530 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4430  lytic transglycosylase like protein  37.74 
 
 
524 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000408016  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  36.85 
 
 
530 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  37.26 
 
 
525 aa  273  6e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  37.26 
 
 
525 aa  273  6e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000451956  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>